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- EMDB-14179: HeLa cell expressing NSP3, NSP4 and NSP6 of SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14179
タイトルHeLa cell expressing NSP3, NSP4 and NSP6 of SARS-CoV-2
マップデータEM tomography of HeLa cell expressing NSP3, NSP4 and NSP6 of SARS-CoV-2
試料
  • 細胞: Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-CoV-2 NSP3/4/6.
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Polishchuk R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: The role of NSP6 in the biogenesis of the SARS-CoV-2 replication organelle.
著者: Simona Ricciardi / Andrea Maria Guarino / Laura Giaquinto / Elena V Polishchuk / Michele Santoro / Giuseppe Di Tullio / Cathal Wilson / Francesco Panariello / Vinicius C Soares / Suelen S G ...著者: Simona Ricciardi / Andrea Maria Guarino / Laura Giaquinto / Elena V Polishchuk / Michele Santoro / Giuseppe Di Tullio / Cathal Wilson / Francesco Panariello / Vinicius C Soares / Suelen S G Dias / Julia C Santos / Thiago M L Souza / Giovanna Fusco / Maurizio Viscardi / Sergio Brandi / Patrícia T Bozza / Roman S Polishchuk / Rossella Venditti / Maria Antonietta De Matteis /
要旨: SARS-CoV-2, like other coronaviruses, builds a membrane-bound replication organelle to enable RNA replication. The SARS-CoV-2 replication organelle is composed of double-membrane vesicles (DMVs) that ...SARS-CoV-2, like other coronaviruses, builds a membrane-bound replication organelle to enable RNA replication. The SARS-CoV-2 replication organelle is composed of double-membrane vesicles (DMVs) that are tethered to the endoplasmic reticulum (ER) by thin membrane connectors, but the viral proteins and the host factors involved remain unknown. Here we identify the viral non-structural proteins (NSPs) that generate the SARS-CoV-2 replication organelle. NSP3 and NSP4 generate the DMVs, whereas NSP6, through oligomerization and an amphipathic helix, zippers ER membranes and establishes the connectors. The NSP6(ΔSGF) mutant, which arose independently in the Alpha, Beta, Gamma, Eta, Iota and Lambda variants of SARS-CoV-2, behaves as a gain-of-function mutant with a higher ER-zippering activity. We identified three main roles for NSP6: first, to act as a filter in communication between the replication organelle and the ER, by allowing lipid flow but restricting the access of ER luminal proteins to the DMVs; second, to position and organize DMV clusters; and third, to mediate contact with lipid droplets (LDs) through the LD-tethering complex DFCP1-RAB18. NSP6 thus acts as an organizer of DMV clusters and can provide a selective means of refurbishing them with LD-derived lipids. Notably, both properly formed NSP6 connectors and LDs are required for the replication of SARS-CoV-2. Our findings provide insight into the biological activity of NSP6 of SARS-CoV-2 and of other coronaviruses, and have the potential to fuel the search for broad antiviral agents.
履歴
登録2022年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2022年7月6日-
現状2022年7月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_14179.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈EM tomography of HeLa cell expressing NSP3, NSP4 and NSP6 of SARS-CoV-2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.91 Å/pix.
x 2048 pix.
= 14147.584 Å		6.91 Å/pix.
x 156 pix.
= 1077.648 Å		6.91 Å/pix.
x 2048 pix.
= 14147.584 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.908 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-5358.0 - 3973.0
平均 (標準偏差)278.88428 (±205.02829)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin7800
サイズ15620482048
Spacing20481562048
セルA: 14147.584 Å / B: 1077.648 Å / C: 14147.584 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z6.9086.9086.908
M x/y/z20481562048
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14147.5841077.64814147.584
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0780
NC/NR/NS20481562048
D min/max/mean-5358.0003973.000278.884

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-C...

全体名称: Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-CoV-2 NSP3/4/6.
要素
  • 細胞: Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-CoV-2 NSP3/4/6.

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超分子 #1: Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-C...

超分子名称: Thick section of plastic embedded HeLa cells co-expressing SARS-CoV-2 NSP3/4/6.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The tomogram shows double membrane vesicles connected to zippered ER domain.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl Acetate, OsO4
糖包埋材質: Epon
詳細Epon embedded pellet from cultured HeLa cells
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 20 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 250 nm
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FISCHIONE 2550

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画像解析

詳細IMOD
最終 再構成使用した粒子像数: 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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