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万見
- EMDB-1415: Cryo-EM study of the Pseudomonas bacteriophage phiKZ. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1415
タイトルCryo-EM study of the Pseudomonas bacteriophage phiKZ.
マップデータThis is a 3D model of the bacteriophage phiKZ based on the previously deposited reconstructions of the capsid (EMD-1392) and the tail (EMD-1393)
試料
  • 試料: Bacteriophage phiKZ
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Fokine A / Battisti A / Bowman V / Efimov A / Kurochkina L / Chipman P / Mesyanzhinov V / Rossmann M
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Cryo-EM study of the Pseudomonas bacteriophage phiKZ.
著者: Andrei Fokine / Anthony J Battisti / Valorie D Bowman / Andrei V Efimov / Lidia P Kurochkina / Paul R Chipman / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The phiKZ virus is one of the largest known bacteriophages. It infects Pseudomonas aeruginosa, which is frequently pathogenic in humans, and, therefore, has potential for phage therapy. The phiKZ ...The phiKZ virus is one of the largest known bacteriophages. It infects Pseudomonas aeruginosa, which is frequently pathogenic in humans, and, therefore, has potential for phage therapy. The phiKZ virion consists of an approximately 1450 A diameter icosahedral head and an approximately 2000 A long contractile tail. The structure of the phiKZ tail has been determined using cryo-electron microscopy. The phiKZ tail is much longer than that of bacteriophage T4. However, the helical parameters of their contractile sheaths, surrounding their tail tubes, are comparable. Although there is no recognizable sequence similarity between the phiKZ and T4 tail sheath proteins, they are similar in size and shape, suggesting that they evolved from a common ancestor. The phiKZ baseplate is significantly larger than that of T4 and has a flatter shape. Nevertheless, phiKZ, similar to T4, has a cell-puncturing device in the middle of its baseplate.
履歴
登録2007年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年8月30日-
マップ公開2007年8月30日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1415.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D model of the bacteriophage phiKZ based on the previously deposited reconstructions of the capsid (EMD-1392) and the tail (EMD-1393)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.48 Å/pix.
x 400 pix.
= 3393.92 Å		8.48 Å/pix.
x 180 pix.
= 1527.264 Å		8.48 Å/pix.
x 180 pix.
= 1527.264 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.4848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.303 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.598439 - 1.00275
平均 (標準偏差)0.0350662 (±0.121433)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-200
サイズ180180400
Spacing180180400
セルA: 1527.26 Å / B: 1527.26 Å / C: 3393.92 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.48488.48488.4848
M x/y/z180180400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1527.2641527.2643393.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-90
NX/NY/NZ181181181
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-90-90-200
NC/NR/NS180180400
D min/max/mean-0.5981.0030.035

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phiKZ

全体名称: Bacteriophage phiKZ
要素
  • 試料: Bacteriophage phiKZ
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage phiKZ

超分子名称: Bacteriophage phiKZ / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one / Number unique components: 1

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超分子 #1: Pseudomonas phage phiKZ

超分子名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 169683 / 生物種: Pseudomonas phage phiKZ / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM tris-Acetate-EDTA buffer (pH 7.5)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: in house manufactured / 手法: hand blot 3 seconds, plugging during blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
アライメント法Legacy - 非点収差: live fft
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 112 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: This is a model of the phiKZ virion based on the previously deposited reconstructions of the phiKZ capsid and the tail part.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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