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万見- EMDB-14112: Tip1, Tea2 and Mal3 in presence of PEG without tubulin or microtubules -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14112 | |||||||||
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タイトル | Tip1, Tea2 and Mal3 in presence of PEG without tubulin or microtubules | |||||||||
マップデータ | Tip1, Tea2 and Mal3 in presence of PEG without tubulin or microtubules | |||||||||
試料 |
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生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Volkov VA | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2023 タイトル: Multivalent interactions facilitate motor-dependent protein accumulation at growing microtubule plus-ends. 著者: Renu Maan / Louis Reese / Vladimir A Volkov / Matthew R King / Eli O van der Sluis / Nemo Andrea / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi / Marileen Dogterom / 要旨: Growing microtubule ends organize end-tracking proteins into comets of mixed composition. Here using a reconstituted fission yeast system consisting of end-binding protein Mal3, kinesin Tea2 and ...Growing microtubule ends organize end-tracking proteins into comets of mixed composition. Here using a reconstituted fission yeast system consisting of end-binding protein Mal3, kinesin Tea2 and cargo Tip1, we found that these proteins can be driven into liquid-phase droplets both in solution and at microtubule ends under crowding conditions. In the absence of crowding agents, cryo-electron tomography revealed that motor-dependent comets consist of disordered networks where multivalent interactions may facilitate non-stoichiometric accumulation of cargo Tip1. We found that two disordered protein regions in Mal3 are required for the formation of droplets and motor-dependent accumulation of Tip1, while autonomous Mal3 comet formation requires only one of them. Using theoretical modelling, we explore possible mechanisms by which motor activity and multivalent interactions may lead to the observed enrichment of Tip1 at microtubule ends. We conclude that microtubule ends may act as platforms where multivalent interactions condense microtubule-associated proteins into large multi-protein complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14112.map.gz | 3.5 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14112-v30.xml emd-14112.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14112.png | 207 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14112 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14112_validation.pdf.gz | 411.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14112_full_validation.pdf.gz | 411.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14112_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14112_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Tip1, Tea2 and Mal3 in presence of PEG without tubulin or microtubules | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
全体 | 名称: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
超分子 | 名称: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Sigma / 直径: 5 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 10000 |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 61 |
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