+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1410 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The EM structure of human DNA polymerase gamma reveals a localized contact between the catalytic and accessory subunits. | |||||||||
マップデータ | This is a map of human mitochondrial DNA polymerase gamma | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yakubovskaya E / Lukin M / Chen Z / Berriman J / Wall JS / Kobayashi R / Kisker C / Bogenhagen DF | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2007 タイトル: The EM structure of human DNA polymerase gamma reveals a localized contact between the catalytic and accessory subunits. 著者: Elena Yakubovskaya / Mark Lukin / Zhixin Chen / John Berriman / Joseph S Wall / Ryuji Kobayashi / Caroline Kisker / Daniel F Bogenhagen / 要旨: We used electron microscopy to examine the structure of human DNA pol gamma, the heterotrimeric mtDNA replicase implicated in certain mitochondrial diseases and aging models. Separate analysis of ...We used electron microscopy to examine the structure of human DNA pol gamma, the heterotrimeric mtDNA replicase implicated in certain mitochondrial diseases and aging models. Separate analysis of negatively stained preparations of the catalytic subunit, pol gammaA, and of the holoenzyme including a dimeric accessory factor, pol gammaB(2), permitted unambiguous identification of the position of the accessory factor within the holoenzyme. The model explains protection of a partial chymotryptic cleavage site after residue L(549) of pol gammaA upon binding of the accessory subunit. This interaction region is near residue 467 of pol gammaA, where a disease-related mutation has been reported to impair binding of the B subunit. One pol gammaB subunit dominates contacts with the catalytic subunit, while the second B subunit is largely exposed to solvent. A model for pol gamma is discussed that considers the effects of known mutations in the accessory subunit and the interaction of the enzyme with DNA. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1410.map.gz | 788.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1410-v30.xml emd-1410.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1410.gif | 46.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1410 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1410 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1410_validation.pdf.gz | 207.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1410_full_validation.pdf.gz | 207 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1410_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1410 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1410 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a map of human mitochondrial DNA polymerase gamma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.488 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial DNA polymerase gamma polymerase gamma
全体 | 名称: Human mitochondrial DNA polymerase gamma polymerase gamma |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Human mitochondrial DNA polymerase gamma polymerase gamma
超分子 | 名称: Human mitochondrial DNA polymerase gamma polymerase gamma タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterotrimer / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit
分子 | 名称: human mitochondrial DNA polymerase gamma, catalytic subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: mitochondria |
分子量 | 実験値: 145 KDa / 理論値: 145 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: SF9 |
-分子 #2: human mitochondrial DNA polymerase gamma, dimeric accessory subunit
分子 | 名称: human mitochondrial DNA polymerase gamma, dimeric accessory subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: dimer / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: mitochondria |
分子量 | 実験値: 110 KDa / 理論値: 110 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.025 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Hepes, 150 mM KCl, 1 mM EDTA, 5 mM DTT buffer. |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 2% uranyl acetate for 60 seconds. |
グリッド | 詳細: 300-mesh copper grids (Ted Pella) coated with carbon film that were glow-discharged for 10 s. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200T |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 実像数: 48 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 76000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.85 µm |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt angle min: 60 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8652 |
最終 2次元分類 | クラス数: 48 |