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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14097 | |||||||||
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タイトル | 3D map of the crystalline organisation of Deinococcus radiodurans' cell envelope | |||||||||
マップデータ | 3D map of the crystalline cell wall of Deinococcus radiodurans | |||||||||
試料 |
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生物種 | Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Farci D / Piano D | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: The structured organization of ' cell envelope. 著者: Domenica Farci / Patrycja Haniewicz / Dario Piano / 要旨: Surface layers (S-layers) are highly ordered coats of proteins localized on the cell surface of many bacterial species. In these structures, one or more proteins form elementary units that self- ...Surface layers (S-layers) are highly ordered coats of proteins localized on the cell surface of many bacterial species. In these structures, one or more proteins form elementary units that self-assemble into a crystalline monolayer tiling the entire cell surface. Here, the cell envelope of the radiation-resistant bacterium was studied by cryo-electron microscopy, finding the crystalline regularity of the S-layer extended into the layers below (outer membrane, periplasm, and inner membrane). The cell envelope appears to be highly packed and resulting from a three-dimensional crystalline distribution of protein complexes organized in close continuity yet allowing a certain degree of free space. The presented results suggest how S-layers, at least in some species, are mesoscale assemblies behaving as structural and functional scaffolds essential for the entire cell envelope. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14097.map.gz | 43.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14097-v30.xml emd-14097.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14097.png | 77.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14097 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14097 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14097_validation.pdf.gz | 518 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14097_full_validation.pdf.gz | 517.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14097_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14097_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14097 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14097 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 110.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D map of the crystalline cell wall of Deinococcus radiodurans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cell wall's of Deinococcus radiodurans
全体 | 名称: Cell wall's of Deinococcus radiodurans |
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要素 |
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-超分子 #1: Cell wall's of Deinococcus radiodurans
超分子 | 名称: Cell wall's of Deinococcus radiodurans / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 40 / 回折像の数: 73 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 21000 / カメラ長: 800 mm |
試料ステージ | 傾斜角度: 0.0, 3.0, -3.0, 6.0, -6.0, 9.0, -9.0, 12.0, -12.0, 15.0, -15.0, 18.0, -18.0, 21.0, -21.0, 24.0, -24.0, 27.0, -27.0, 30.0, -30.0, 33.0, -36.0, 39.0, -39.0, 42.0, -42.0, 45.0, -45.0 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: FOCUS |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 190 Å / 単位格子 - B: 190 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - C sampling length: 200 Å / 単位格子 - γ: 120 ° / 面群: P 6 |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 818327 / Number structure factors: 12261 / Fourier space coverage: 95 / R merge: 4.21 / Overall phase residual: 0 Phase error rejection criteria: PHASE ERROR (0/180, 45 is random) High resolution: 4.00293 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 329.1 Å / 殻 - Low resolution: 4.00293 Å / 殻 - Number structure factors: 12261 / 殻 - Phase residual: 74.731 / 殻 - Fourier space coverage: 95 / 殻 - Multiplicity: 1 |