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万見
- EMDB-14096: Symmetrized subtomogram average of Deinococcus radiodurans' cell ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14096
タイトルSymmetrized subtomogram average of Deinococcus radiodurans' cell envelope
マップデータSymmetrized subtomogram average of Deinococcus radiodurans' cell wall
試料
  • 複合体: Cell wall's of Deinococcus radiodurans
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Farci D / Piano D
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science CentrePRO-2017/26/E/NZ1/00344 ポーランド
Polish National Science CentrePRO-2018/30/M/NZ1/00284 ポーランド
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: The structured organization of ' cell envelope.
著者: Domenica Farci / Patrycja Haniewicz / Dario Piano /
要旨: Surface layers (S-layers) are highly ordered coats of proteins localized on the cell surface of many bacterial species. In these structures, one or more proteins form elementary units that self- ...Surface layers (S-layers) are highly ordered coats of proteins localized on the cell surface of many bacterial species. In these structures, one or more proteins form elementary units that self-assemble into a crystalline monolayer tiling the entire cell surface. Here, the cell envelope of the radiation-resistant bacterium was studied by cryo-electron microscopy, finding the crystalline regularity of the S-layer extended into the layers below (outer membrane, periplasm, and inner membrane). The cell envelope appears to be highly packed and resulting from a three-dimensional crystalline distribution of protein complexes organized in close continuity yet allowing a certain degree of free space. The presented results suggest how S-layers, at least in some species, are mesoscale assemblies behaving as structural and functional scaffolds essential for the entire cell envelope.
履歴
登録2021年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年1月18日-
現状2023年1月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14096.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Symmetrized subtomogram average of Deinococcus radiodurans' cell wall
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.28 Å/pix.
x 225 pix.
= 513. Å		2.28 Å/pix.
x 198 pix.
= 451.44 Å		2.28 Å/pix.
x 218 pix.
= 497.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1400.0
最小 - 最大-4630.449 - 514.76135
平均 (標準偏差)-2348.3528 (±428.87512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin14640
サイズ198218225
Spacing218198225
セルA: 497.04 Å / B: 451.44 Å / C: 513.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cell wall's of Deinococcus radiodurans

全体名称: Cell wall's of Deinococcus radiodurans
要素
  • 複合体: Cell wall's of Deinococcus radiodurans

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超分子 #1: Cell wall's of Deinococcus radiodurans

超分子名称: Cell wall's of Deinococcus radiodurans / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 21000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 68000
抽出トモグラム数: 40 / 使用した粒子像数: 4000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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