[日本語] English
万見
- EMDB-14077: Structure of PLA2R at pH 6.2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14077
タイトルStructure of PLA2R at pH 6.2
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Secretory phospholipase A2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Secretory phospholipase A2 receptor
キーワードMembranous nephropathy / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of phospholipase A2 activity / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process ...negative regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of phospholipase A2 activity / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / positive regulation of podocyte apoptotic process / positive regulation of arachidonic acid secretion / oxidative stress-induced premature senescence / phospholipase binding / ヘイフリック限界 / reactive oxygen species metabolic process / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of cytokine production / signaling receptor activity / carbohydrate binding / receptor complex / 細胞膜 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Secretory phospholipase A2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lockhart-Cairns MP / Rhoden SJ / Fresquet M / Jowitt TA / Briggs DC / Baldock C / Brenchley P / Lennon R
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Kidney Research UKRP31/2015 英国
Kidney Research UKST8/2015 英国
European Union (EU)30560 英国
Wellcome Trust097820 英国
Wellcome Trust202860/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of PLA2R reveals presentation of the dominant membranous nephropathy epitope and an immunogenic patch.
著者: Maryline Fresquet / Michael P Lockhart-Cairns / Samuel J Rhoden / Thomas A Jowitt / David C Briggs / Clair Baldock / Paul E Brenchley / Rachel Lennon /
要旨: Membranous nephropathy is an autoimmune kidney disease caused by autoantibodies targeting antigens present on glomerular podocytes, instigating a cascade leading to glomerular injury. The most ...Membranous nephropathy is an autoimmune kidney disease caused by autoantibodies targeting antigens present on glomerular podocytes, instigating a cascade leading to glomerular injury. The most prevalent circulating autoantibodies in membranous nephropathy are against phospholipase A2 receptor (PLA2R), a cell surface receptor. The dominant epitope in PLA2R is located within the cysteine-rich domain, yet high-resolution structure-based mapping is lacking. In this study, we define the key nonredundant amino acids in the dominant epitope of PLA2R involved in autoantibody binding. We further describe two essential regions within the dominant epitope and spacer requirements for a synthetic peptide of the epitope for drug discovery. In addition, using cryo-electron microscopy, we have determined the high-resolution structure of PLA2R to 3.4 Å resolution, which shows that the dominant epitope and key residues within the cysteine-rich domain are accessible at the cell surface. In addition, the structure of PLA2R not only suggests a different orientation of domains but also implicates a unique immunogenic signature in PLA2R responsible for inducing autoantibody formation and recognition.
履歴
登録2021年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_14077.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 298.803 Å		1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 298.803 Å		1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 298.803 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1672 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.227
最小 - 最大-0.42695343 - 1.3637415
平均 (標準偏差)-0.000081828715 (±0.036338206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 298.8032 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_14077_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイルemd_14077_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14077_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14077_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Secretory phospholipase A2 receptor

全体名称: Secretory phospholipase A2 receptor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Secretory phospholipase A2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Secretory phospholipase A2 receptor

-
超分子 #1: Secretory phospholipase A2 receptor

超分子名称: Secretory phospholipase A2 receptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Truncated protein produced in HEK293 EBNA cells and purified in pH 6.2 buffer.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

-
分子 #1: Secretory phospholipase A2 receptor

分子名称: Secretory phospholipase A2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNHG LFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT IKGNTHGMPC MFPFQYNHQW ...文字列:
EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNHG LFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT IKGNTHGMPC MFPFQYNHQW HHECTREGRE DD LLWCATT SRYERDEKWG FCPDPTSAEV GCDTIWEKDL NSHICYQFNL LSSLSWSEAH SSC QMQGGT LLSITDETEE NFIREHMSSK TVEVWMGLNQ LDEHAGWQWS DGTPLNYLNW SPEV NFEPF VEDHCGTFSS FMPSAWRSRD CESTLPYICK KYLNHIDHEI VEKDAWKYYA THCEP GWNP YNRNCYKLQK EEKTWHEALR SCQADNSALI DITSLAEVEF LVTLLGDENA SETWIG LSS NKIPVSFEWS NDSSVIFTNW HTLEPHIFPN RSQLCVSAEQ SEGHWKVKNC EERLFYI CK KAGHVLSDAE SGCQEGWERH GGFCYKIDTV LRSFDQASSG YYCPPALVTI TNRFEQAF I TSLISSVVKM KDSYFWIALQ DQNDTGEYTW KPVGQKPEPV QYTHWNTHQP RYSGGCVAM RGRHPLGRWE VKHCRHFKAM SLCKQPVENQ EKAEYEERWP FHPCYLDWES EPGLASCFKV FHSEKVLMK RTWREAEAFC EEFGAHLASF AHIEEENFVN ELLHSKFNWT EERQFWIGFN K RNPLNAGS WEWSDRTPVV SSFLDNTYFG EDARNCAVYK ANKTLLPLHC GSKREWICKI PR DVKPKIP FWYQYDVPWL FYQDAEYLFH TFASEWLNFE FVCSWLHSDL LTIHSAHEQE FIH SKIKAL SKYGASWWIG LQEERANDEF RWRDGTPVIY QNWDTGRERT VNNQSQRCGF ISSI TGLWG SEECSVSMPS ICKRKKVWLI EKKKDTPKQH GTCPKGWLYF NYKCLLLNIP KDPSS WKNW THAQHFCAEE GGTLVAIESE VEQAFITMNL FGQTTSVWIG LQNDDYETWL NGKPVV YSN WSPFDIINIP SHNTTEVQKH IPLCALLSSN PNFHFTGKWY FEDCGKEGYG FVCEKMQ DT SGHGVNTSDM YPMPNTLEYG NRTYKIINAN MTWYAAIKTC LMHKAQLVSI TDQYHQSF L TVVLNRLGYA HWIGLFTTDN GLNFDWSDGT KSSFTFWKDE ESSLLGDCVF ADSNGRWHS TACESFLQGA ICHVPPETRQ SEHPELCSET SIPWIKFKSN CYSFSTVLDS MSFEAAHEFC KKEGSNLLT IKDEAENAFL LEELFAFGSS VQMVWLNAQF DGNNETIKWF DGTPTDQSNW G IRKPDTDY FKPHHCVALR IPEGLWQLSP CQEKKGFICK MEADIHTAEA LPEKGPSHS

UniProtKB: UNIPROTKB: Q1301

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H19NO5Bis-trisBis-tris methane
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム

詳細: 10 mM Bis-Tris, pH 6.2, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample were applied to the grid in the chamber and blotted for 3 seconds..
詳細Sample was purified from secreted mammalian media with Ni affinity. The sample was further purified with SEC and buffer exchanged to pH 6.2.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細30 degree tilt of stage
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 42.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 950000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 250000

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qsr:
CryoEM structure of the Ectodomain of Human PLA2R

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る