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万見
- EMDB-14064: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - nicotine-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14064
タイトルTorpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - nicotine-bound conformation
マップデータSharpened map from refinement
試料
  • 複合体: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit beta / Acetylcholine receptor subunit gamma / Acetylcholine receptor subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ) / Pacific electric ray (エイ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zarkadas E / Pebay-Peyroula E / Baenziger J / Nury H
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)637733 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)113312 カナダ
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2022
タイトル: Conformational transitions and ligand-binding to a muscle-type nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Eleftherios Zarkadas / Eva Pebay-Peyroula / Mackenzie John Thompson / Guy Schoehn / Tomasz Uchański / Jan Steyaert / Christophe Chipot / Francois Dehez / John Edward Baenziger / Hugues Nury /
要旨: Fast synaptic communication requires receptors that respond to the presence of neurotransmitter by opening an ion channel across the post-synaptic membrane. The muscle-type nicotinic acetylcholine ...Fast synaptic communication requires receptors that respond to the presence of neurotransmitter by opening an ion channel across the post-synaptic membrane. The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor from the electric fish, Torpedo, is the prototypic ligand-gated ion channel, yet the structural changes underlying channel activation remain undefined. Here we use cryo-EM to solve apo and agonist-bound structures of the Torpedo nicotinic receptor embedded in a lipid nanodisc. Using both a direct biochemical assay to define the conformational landscape and molecular dynamics simulations to assay flux through the pore, we correlate structures with functional states and elucidate the motions that lead to pore activation of a heteromeric nicotinic receptor. We highlight an underappreciated role for the complementary subunit in channel gating, establish the structural basis for the differential agonist affinities of α/δ versus α /γ sites, and explain why nicotine is less potent at muscle nicotinic receptors compared to neuronal ones.
履歴
登録2021年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2022年5月4日-
現状2022年5月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ql5
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14064.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map from refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 291.104 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 291.104 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 291.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.44 / ムービー #1: 0.44
最小 - 最大-1.0663491 - 2.5034378
平均 (標準偏差)0.0043899496 (±0.07380181)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 291.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.104291.104291.104
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-1.0662.5030.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14064_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_14064_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from refinement

ファイルemd_14064_additional_1.map
注釈Unsharpened map from refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_14064_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_14064_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor

全体名称: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
要素
  • 複合体: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor

超分子名称: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Native receptor reconstituted in lipidic nanodiscs.
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha

分子名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 50.168164 KDa
配列文字列: SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS ...文字列:
SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS TFMESGEWVM KDYRGWKHWV YYTCCPDTPY LDITYHFIMQ RIPLYFVVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMIFVIS SIIITVVVIN THHRSPSTHT MPQWVRKIFI DTI PNVMFF STMKRASKEK QENKIFADDI DISDISGKQV TGEVIFQTPL IKNPDVKSAI EGVKYIAEHM KSDEESSNAA EEWK YVAMV IDHILLCVFM LICIIGTVSV FAGRLIELSQ EG

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分子 #2: Acetylcholine receptor subunit beta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 53.731773 KDa
配列文字列: SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER ...文字列:
SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER EVKEIVINKD AFTENGQWSI EHKPSRKNWR SDDPSYEDVT FYLIIQRKPL FYIVYTIIPC ILISILAILV FY LPPDAGE KMSLSISALL AVTVFLLLLA DKVPETSLSV PIIIRYLMFI MILVAFSVIL SVVVLNLHHR SPNTHTMPNW IRQ IFIETL PPFLWIQRPV TTPSPDSKPT IISRANDEYF IRKPAGDFVC PVDNARVAVQ PERLFSEMKW HLNGLTQPVT LPQD LKEAV EAIKYIAEQL ESASEFDDLK KDWQYVAMVA DRLFLYVFFV ICSIGTFSIF LDASHNVPPD NPFA

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分子 #3: Acetylcholine receptor subunit delta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 57.625711 KDa
配列文字列: VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID ...文字列:
VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID GKDYPIEWII IDPEAFTENG EWEIIHKPAK KNIYPDKFPN GTNYQDVTFY LIIRRKPLFY VINFITPCVL IS FLASLAF YLPAESGEKM STAISVLLAQ AVFLLLTSQR LPETALAVPL IGKYLMFIMS LVTGVIVNCG IVLNFHFRTP STH VLSTRV KQIFLEKLPR ILHMSRADES EQPDWQNDLK LRRSSSVGYI SKAQEYFNIK SRSELMFEKQ SERHGLVPRV TPRI GFGNN NENIAASDQL HDEIKSGIDS TNYIVKQIKE KNAYDEEVGN WNLVGQTIDR LSMFIITPVM VLGTIFIFVM GNFNH PPAK PFEGDPFDYS SDHPRCA

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分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma

分子名称: Acetylcholine receptor subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pacific electric ray (エイ)
分子量理論値: 56.335684 KDa
配列文字列: ENEEGRLIEK LLGDYDKRII PAKTLDHIID VTLKLTLTNL ISLNEKEEAL TTNVWIEIQW NDYRLSWNTS EYEGIDLVRI PSELLWLPD VVLENNVDGQ FEVAYYANVL VYNDGSMYWL PPAIYRSTCP IAVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAHEVNLQ L SAEEGEAV ...文字列:
ENEEGRLIEK LLGDYDKRII PAKTLDHIID VTLKLTLTNL ISLNEKEEAL TTNVWIEIQW NDYRLSWNTS EYEGIDLVRI PSELLWLPD VVLENNVDGQ FEVAYYANVL VYNDGSMYWL PPAIYRSTCP IAVTYFPFDW QNCSLVFRSQ TYNAHEVNLQ L SAEEGEAV EWIHIDPEDF TENGEWTIRH RPAKKNYNWQ LTKDDTDFQE IIFFLIIQRK PLFYIINIIA PCVLISSLVV LV YFLPAQA GGQKCTLSIS VLLAQTIFLF LIAQKVPETS LNVPLIGKYL IFVMFVSMLI VMNCVIVLNV SLRTPNTHSL SEK IKHLFL GFLPKYLGMQ LEPSEETPEK PQPRRRSSFG IMIKAEEYIL KKPRSELMFE EQKDRHGLKR VNKMTSDIDI GTTV DLYKD LANFAPEIKS CVEACNFIAK STKEQNDSGS ENENWVLIGK VIDKACFWIA LLLFSIGTLA IFLTGHFNQV PEFPF PGDP RKYVP

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分子 #9: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE

分子名称: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: NCT
分子量理論値: 162.232 Da
Chemical component information

ChemComp-NCT:
(S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / ニコチン / alkaloid*YM

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分子 #10: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 11 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.65 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70577
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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