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- EMDB-14002: Specific features and methylation sites of a plant ribosome. 40S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14002
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant ribosome. 40S body ribosomal subunit.
マップデータ
試料
  • 複合体: 40S body ribosomal subunit
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
  • リガンド: x 4種
キーワードSolanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S27 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S8 ...40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S27 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L41 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein / 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein eS17 / Ribosomal protein S14
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Cottilli P / Itoh Y / Amunts A
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14002.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0316
最小 - 最大-0.20487916 - 0.4392152
平均 (標準偏差)-0.0007611457 (±0.005607971)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 448.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14002_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14002_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14002_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 40S body ribosomal subunit

全体名称: 40S body ribosomal subunit
要素
  • 複合体: 40S body ribosomal subunit
    • RNA: 18S rRNA body
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: 40S body ribosomal protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_S17_N domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 40S body ribosomal protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: S5 DRBM domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S body ribosomal protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a-1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 40S body ribosomal subunit

超分子名称: 40S body ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

+
分子 #1: 18S rRNA body

分子名称: 18S rRNA body / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 583.16075 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC) ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC)GGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAAU ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGAAGGG AUGCAUUUA (PSU)UAGAUAAAA GGUCGACGCG GGCUCUGCCC GUUGCUGC(OMG)A UGAUUCA(PSU)GA (PSU)AACUCGACG GAUC GCACG GCCAUCGUGC CGGCGACGCA UCA(PSU)UCAAA(PSU) UUCUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGUGGCC UA CCAUGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAUUAG GGUUCGA(PSU)UC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGGCUA CCA CAU(OMC)CAAGGA AGGCAGCAGG CGCGC(A2M)AAUU ACCCAA(PSU)CCU GACACGGGGA GGU(A2M)GUGA (OMC) AAUAAAUAAC AAUACCGGGC UCUAUGAGUC UGGUAAUUGG AAUGAGUACA AUCUAAAUCC CUUAACGAGG (A2M) UCCAUUGG AGGGCAAGUC UGGUGCCAGC AGCCGCGG(OMU)A A(PSU)UCCAGCUC CAAUA(OMG)CGUA (UY1)(UY1) A(PSU)UUAAG UUG(OMU)UGCAGU U(A2M)AAAAGCUC GUAG(PSU)UGGAC UUUGGGAUGG GCCGGCCGGU CCGCCCU AG GUGUGCACCG GUCGUCUCGU CCCUUCUGUC GGCGAUGCGC UCCUGGCCUU AAUUGGCCGG GUCGUGCCUC CGGCGCUG U UACU(PSU)UGAAG AAA(PSU)UAGAGU GCUCAAAGCA AGCCUACGCU CUGUAUACAU U(A2M)GCAUGGGA (PSU)AA CAUUAU AGGAUUUCGG UCCUAUUACG UUGGCCUUCG GGAUCGGAGU AAUGAUUAAC AGGGACAGUC GGGGGCAUUC GUAU UUCAU AGUCAGAGGU GAAAU(PSU)CUUG GAUUUAUGAA AGACGAACAA CUGCGAAAGC AU(PSU)(PSU)GCCAAG GAU GUUUUC AUUAAUCAAG A(A2M)CGAAAGUU GGGGGCUCGA AGACGA(PSU)CAG AUACCG(OMU)CCU AGUCUCAACC A (PSU)AAACGAU GCCGACCAGG GAUCGGCGGA UGUUGCUUUU AGGACUCCGC CGGCACCUUA UGAGAAAUCA AAGUUUUU G GG(PSU)UCCGGGG GGAGUA(PSU)GGU CGCAAGGCUG AAACUUAAAG GAAUUGACGG AAGGGCACCA CCAGGAGUGG A GCC(PSU)GCGG C(PSU)UAAUU(PSU)GA CCAACACGGG GAAACU(PSU)ACC AGG(PSU)(OMC)CAGAC AUAGUAAG G AUUGACAGAC UGAGAGCUCU UUCUUGAUUC (OMU)A(OMU)GGGUGG(OMU) G(OMG)UGCAUGGC GUUCUUAGU (PSU)GGUGGAGCG A(PSU)UUG(PSU)CUGG (PSU)UAAUUCCGU UAACGA(A2M)CGA GACCUCAGCC UGCUAACUAG CUAUGCGGA GGUAUCCCUU CGCGGCCAGC U(OMU)CUUAGAGG GACUACGGCC UUUUAGGCCG CGGAAGUUUG AGGCAAU AA CA(OMG)GUCUGUG AUGCCC(OMU)UAG AUGUUCUGGG CCGCACGCGC GCUACACUGA UGUA(PSU)UCAAC GAGCUU AUA GCCUUGGCCG ACAGGCCCGG GUAAUCUUUG AAAUU(PSU)CA(PSU)C GUGAUGGGGA UAGAUCAUUG CAAUUGU (PSU)G GUCUUCAACG (A2M)G(7MG)AAUUCCU AGUAAGCGCG AGUCAUCAGC UCGCGUUGAC UACGUCCCUG CCCUU (PSU)GUA CACACCG(OMC)CC GUCGCUCCUA CCGAUUGAAU GAUCCGGUGA AAUGUUCGGA UCGCGGCGAC GUGGGCGG U UCGCUGCCCG CGACGUCGCG AGAAGUCCAU UGAACCUUAU CAUUUAGAGG A(A2M)GGAGAAGU CGUA(6MZ)CAAGG U UUC(4AC)GUAG GUG(MA6)(MA6)CCUGC GGAAGGAUCA UUG

+
分子 #2: 60S ribosomal protein L41

分子名称: 60S ribosomal protein L41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 3.445437 KDa
配列文字列:
MRAKWKKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L41

+
分子 #3: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 32.21625 KDa
配列文字列: MATQDVRTLS TKEADIQMML AAEVHLGTKN CDFQMERYAF KRRNDGIYII NLGKTWEKLQ MAARVIVAIE NPQDIIVQSA RPYGQRAVL KFAQYTGAHA IAGRHTPGTF TNQLQTSYSE PRLLILTDPR TDHQPIKEAA LGNIPTIAFC DTDSPMRYVD I GIPANNKG ...文字列:
MATQDVRTLS TKEADIQMML AAEVHLGTKN CDFQMERYAF KRRNDGIYII NLGKTWEKLQ MAARVIVAIE NPQDIIVQSA RPYGQRAVL KFAQYTGAHA IAGRHTPGTF TNQLQTSYSE PRLLILTDPR TDHQPIKEAA LGNIPTIAFC DTDSPMRYVD I GIPANNKG KHSIGVLFWI LARMVLQMRG AINQGPKWDV MVDLFFYREP EEAKEQEEEV PAIADYADYS ASAALGGDWT SS QIPEAQW TADAAAPAVG GGWAGDGAAD GGWDAAAAPA PVPLPVPDVA PTSGATGWE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 29.741465 KDa
配列文字列: MAVGKNKRIS KGKKGGKKKA ADPYAKKDWY DIKAPSVFEV RNVGKTLVTR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDHS FRKIRLRAE DVQGRNVLTN FHGMDFTTDK LRSLVKKWQS LIEAHVDVKT TDSYTLRMFC IAFTKKRPNQ QKRTCYAQSS Q IRQIRRKM ...文字列:
MAVGKNKRIS KGKKGGKKKA ADPYAKKDWY DIKAPSVFEV RNVGKTLVTR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQNDEDHS FRKIRLRAE DVQGRNVLTN FHGMDFTTDK LRSLVKKWQS LIEAHVDVKT TDSYTLRMFC IAFTKKRPNQ QKRTCYAQSS Q IRQIRRKM VEIMRNQAQS CDLKDLVLKF IPESIGREIE KATSSIFPLQ NVFIRKVKIL KAPKFDLGRL MEVHGDYSED VG VKVDRPA EDIATEPTEV VGA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #5: 40S body ribosomal protein eS4

分子名称: 40S body ribosomal protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 29.95915 KDa
配列文字列: MARGLKKHLK RLNAPKHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKSRE CLPLVIILRN RLKYALTYRE VISILMQRQV MVDGKVRTDK TYPAGFMDV VTIPKTNESF RLLYDTKGRF RLHSLRDEEA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLDSNK ...文字列:
MARGLKKHLK RLNAPKHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKSRE CLPLVIILRN RLKYALTYRE VISILMQRQV MVDGKVRTDK TYPAGFMDV VTIPKTNESF RLLYDTKGRF RLHSLRDEEA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLDSNK IVDFIKFDVG NVVMVTGGRN RGRVGILKNR EKHKGSFETV HIQDSQGHEF ATRLGNVFTL GKGSKPWVSL PK GKGIKLS IIEEARKRMA AQSATPA

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 22.088475 KDa
配列文字列: MYTSKQKIHK DKAAEPSEHE VSVGQAFFDL ENTNQELKSE LKDLYINSAT QIDVSGNRKA VVIHVPYRLR KAFRKVHVRL VRELEKKFS GKDVIFIATR RIVRPPKRGS AAQRPRTRTL TSVHDAILED LVVPAEIVGK RTRYRVDGSK IMKVYLDPKE R NNTEYKLE ...文字列:
MYTSKQKIHK DKAAEPSEHE VSVGQAFFDL ENTNQELKSE LKDLYINSAT QIDVSGNRKA VVIHVPYRLR KAFRKVHVRL VRELEKKFS GKDVIFIATR RIVRPPKRGS AAQRPRTRTL TSVHDAILED LVVPAEIVGK RTRYRVDGSK IMKVYLDPKE R NNTEYKLE TFSAVYRKLS GKDVVFEYPI TEA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 24.918656 KDa
配列文字列: MGISRDSMHK RRATGGKKKS WRKKRKYELG RQPANTKISS NKTVRRIRVR GGNVKWRALR LDTGNFSWGS EAVTRKTRIL DVVYNASNN ELVRTQTLVK SAIVQVDAAP FKQWYLQHYG IDIGRKKKGA AKKETTTEEG DAAEEAKKSN HVVRKIENRQ A DRKLDSHL ...文字列:
MGISRDSMHK RRATGGKKKS WRKKRKYELG RQPANTKISS NKTVRRIRVR GGNVKWRALR LDTGNFSWGS EAVTRKTRIL DVVYNASNN ELVRTQTLVK SAIVQVDAAP FKQWYLQHYG IDIGRKKKGA AKKETTTEEG DAAEEAKKSN HVVRKIENRQ A DRKLDSHL EEQFASGRLL ACISSRPGQC GRADGYILEG KELEFYMKKL QKKKGKASGA SA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #8: Ribosomal_S17_N domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_S17_N domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 17.740814 KDa
配列文字列:
MAEQTEKAFL KQPGVFLSSK KTGKGKRPGK GGNRYFKSIG LGFKTPREAT EGTYIDKKCP FTGNVSIRGR ILAGTCHSAK MNRTIIVRR NYLHYVKKYQ RYEKRHSNIP AHISPCFRVK EGDHVTIGQC RPLSKTVRFN VLKVIPAGSG GVGKKAFTGM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.265969 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KSSRQVIERY YSKMTLDFHT NKKILEEVAI IPSKRLRNKI AGFSTHLMKR IQKGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPEES AIKTDLIEVD KETLDMLSAL GMSDLPGVVK QAAEPQAVAA LPSYGRGGGG FGRKY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 9.163203 KDa
配列文字列:
MQNDEGQNMD LYIPRKCSAT NRLITSKDHA SVQLNVGHLD ESGVYTGQFT TYALCGFIRA QGDADSAMDR LWQKKKAEVG QQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #11: 40S body ribosomal protein uS12

分子名称: 40S body ribosomal protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.771567 KDa
配列文字列:
MGKTRGMGAG RKLKSHRRRQ RWADKSYKKS HLGNEWKKPF AGSSHAKGIV LEKIGIEAKQ PNSAIRKCAR VQLIKNGKKI AAFVPNDGC LNYIEENDEV LIAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVSGVSL LALFKEKKEK PRS

UniProtKB: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 14.608212 KDa
配列文字列:
MTFKRRNGGR NKHGRGHVKF IRCSNCGKCC PKDKAIKRFL VRNIVEQAAV RDVQEACAFE LYTLPKLYLK MQYCVSCAIH SKVVRVRSR TDRRVREPPQ RFRRPRDDLP KTGQAPRPAG GPPAAPRT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #13: S5 DRBM domain-containing protein

分子名称: S5 DRBM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 30.630678 KDa
配列文字列: MAERGAGDRG GFGRGFGGRG GRGGDRGGRG RGGRRPRRET EEEKWVPVTK LGRLVKDGKI RSLEQIYLHS LPIKEFQIID TLIGPSLKD EVMKIMPVQK QTRAGQRTRF KAFVVVGDGN GHVGLGVKCS KEVATAIRGG IILAKLSVIP VRRGYWGNKI G KPHTVPCK ...文字列:
MAERGAGDRG GFGRGFGGRG GRGGDRGGRG RGGRRPRRET EEEKWVPVTK LGRLVKDGKI RSLEQIYLHS LPIKEFQIID TLIGPSLKD EVMKIMPVQK QTRAGQRTRF KAFVVVGDGN GHVGLGVKCS KEVATAIRGG IILAKLSVIP VRRGYWGNKI G KPHTVPCK VTGKCGSVTV RMVPAPRGAG IVAARVPKKV LQFAGIEDVF TSSRGSTKTL GNFVKATFDC LMKTYGFLTP DF WKETRFT KSPFQEYFDI LAKPANKVIV YATEEAAPER VEA

UniProtKB: S5 DRBM domain-containing protein

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 28.38423 KDa
配列文字列: MKFNIANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFFDK RISQEVSGDS LGEEFKGYVF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLYRG TPCFRGYGR RNGERRRKSV RGCIVSPDLS VLNLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIRKLFNL SKEDDVRKYV N TYRRNFTT ...文字列:
MKFNIANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFFDK RISQEVSGDS LGEEFKGYVF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLYRG TPCFRGYGR RNGERRRKSV RGCIVSPDLS VLNLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIRKLFNL SKEDDVRKYV N TYRRNFTT KTGKNASKAP KIQRLVTPLT LQRKRARIAD KKKRIAKAKS EAADYQKLLA SRLKEQRERR SESLAKKRSR LS AASKPSI AA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #15: 40S body ribosomal protein uS4

分子名称: 40S body ribosomal protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 23.051686 KDa
配列文字列: MVHVSFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARM LLTLDEKDPR RIFEGEALLR RMNRYGLLD ESQNKLDYVL ALTVENFLER RLQTLVFKTG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQVVNVASFM VRVDSQKHID F SLTSPFGG ...文字列:
MVHVSFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARM LLTLDEKDPR RIFEGEALLR RMNRYGLLD ESQNKLDYVL ALTVENFLER RLQTLVFKTG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQVVNVASFM VRVDSQKHID F SLTSPFGG GRPGRVKRKN QKSAAKKAAG GDGDEEDEE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 17.099254 KDa
配列文字列:
MGRMHSRGKG ISASALPYKR TPPSWLKISA PDVEDNICKF AKKGLTPSQI GVILRDSHGI AQVKSVTGSK ILRILKAHGL APEIPEDLY HLIKKAVAIR KHLERNRKDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY KKTKKLPPVW KYESTTASTL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #17: Ribosomal protein S14

分子名称: Ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.389855 KDa
配列文字列:
MSKRRTREPK EETVTLGPSV REGELVFGVA HIFASFNDTF IHVTDLSGRE TMVRITGGMK VKADRDESSP YAAMLAAQDV SQRCKELGI NALHIKLRAT GGNKTKTPGP GAQSALRALA RSGMKIGRIE DVTPIPT(IAS)ST RRKGGRRGRR L

UniProtKB: Ribosomal protein S14

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.445315 KDa
配列文字列:
MADKAVTIRT RKFMTNRLLA RKQFIIDVLH PGRANVSKAE LKEKLSRMYE VKDPNAIFVF KFRTHFGGGK STGFGLIYDS VENAKKYEP KYRLIRNGLD TKVEKSRKQM KERKNRAKKV RGVKKTKAGD AKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 9.620199 KDa
配列文字列:
MVLPNDVDLL NPPAEHEKKK HKLKRLVQSP NSFFMDVKCQ GCFNITTVFS HSQTVVVCGN CQTVLCQPTG GRARLIEGCS FRRKGD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 6.953253 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVRGQTPK VAKQDKKKKP RGRAHKRMQY NRRFVTAVVG FGKKRGPNSS EK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S15a-1

分子名称: 40S ribosomal protein S15a-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 14.551979 KDa
配列文字列:
MVRVSVLNDA LKSMYNAEKA GKAQVELRPS SKVIIKFLIV MQKHGYIGDF QYVDDHRVGK IVVELNGRLN KCGVISPRFD VGVATIEGW TARLLPSRQF GYIVLTTSAG IMDHEEARRK NVGGKVLGFF Y

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15a-1

+
分子 #22: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 24.786572 KDa
配列文字列: MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRL RVLRRLLRKY RESKKIDKHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA ...文字列:
MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRL RVLRRLLRKY RESKKIDKHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA SRERKFARRK KRLAQGPGGE KPVQPAAPAA AAPAQPAQGS KKSKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #23: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 19 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #24: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 60 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #25: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #26: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 570 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3883

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335806
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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