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万見
- EMDB-13984: Structure of Fibrillin Microfibrils from Cryo-Electron Microscopy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13984
タイトルStructure of Fibrillin Microfibrils from Cryo-Electron Microscopy reveals the site of latent TGFbeta binding and structural perturbations in disease-linked mutations
マップデータFibrillin-1 microfibril bead region.
試料
  • 組織: Fibrillin-1 microfibril bead region
キーワードMicrofibril / Extra-Cellular-Matrix / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Godwin ARF / Thomson J / Holmes DF / Adamo CS / Sengle G / Sherratt MJ / Roseman AM / Baldock C
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N015398/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S015779/1 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Fibrillin microfibril structure identifies long-range effects of inherited pathogenic mutations affecting a key regulatory latent TGFβ-binding site.
著者: Alan R F Godwin / Rana Dajani / Xinyang Zhang / Jennifer Thomson / David F Holmes / Christin S Adamo / Gerhard Sengle / Michael J Sherratt / Alan M Roseman / Clair Baldock /
要旨: Genetic mutations in fibrillin microfibrils cause serious inherited diseases, such as Marfan syndrome and Weill-Marchesani syndrome (WMS). These diseases typically show major dysregulation of tissue ...Genetic mutations in fibrillin microfibrils cause serious inherited diseases, such as Marfan syndrome and Weill-Marchesani syndrome (WMS). These diseases typically show major dysregulation of tissue development and growth, particularly in skeletal long bones, but links between the mutations and the diseases are unknown. Here we describe a detailed structural analysis of native fibrillin microfibrils from mammalian tissue by cryogenic electron microscopy. The major bead region showed pseudo eightfold symmetry where the amino and carboxy termini reside. On the basis of this structure, we show that a WMS deletion mutation leads to the induction of a structural rearrangement that blocks interaction with latent TGFβ-binding protein-1 at a remote site. Separate deletion of this binding site resulted in the assembly of shorter fibrillin microfibrils with structural alterations. The integrin αβ-binding site was also mapped onto the microfibril structure. These results establish that in complex extracellular assemblies, such as fibrillin microfibrils, mutations may have long-range structural consequences leading to the disruption of growth factor signaling and the development of disease.
履歴
登録2021年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Fibrillin-1 microfibril bead region.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 568.32 Å		2.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 568.32 Å		2.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 568.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0559
最小 - 最大-0.0064214203 - 0.09260598
平均 (標準偏差)0.0005380506 (±0.0049677556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 568.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fibrillin-1 microfibril bead region

全体名称: Fibrillin-1 microfibril bead region
要素
  • 組織: Fibrillin-1 microfibril bead region

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超分子 #1: Fibrillin-1 microfibril bead region

超分子名称: Fibrillin-1 microfibril bead region / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Microfibrils generated from sonication of bovine ciliary zonule tissue.
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTis-HClTris base
2.0 mMCaCl2Calcium Chloride

詳細: Solutions were made fresh and filtered using 0.2 um filters.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 / 詳細: Movies were collected in counting mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 27737
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A negative stain reconstruction of a microfibril was used as an initial model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 7139
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Model was refined using cryosparc using homogeneous refine
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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