[日本語] English
万見
- EMDB-13950: S.c. Condensin peripheral Ycg1 subcomplex bound to DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13950
タイトルS.c. Condensin peripheral Ycg1 subcomplex bound to DNA
マップデータcryoEM half map 1 of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
試料
  • 複合体: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2
    • DNA: Synthetic DNA ligand
    • DNA: synthetic DNA ligand
キーワードSMC-motor protein / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / cell division / chromatin binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear condensin complex subunit 3, C-terminal domain / Condensin complex subunit 3 / Nuclear condensing complex subunits, C-term domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 2 / Condensin complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Lecomte L / Hassler M / Haering C / Eustermann S
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)681365European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: A hold-and-feed mechanism drives directional DNA loop extrusion by condensin.
著者: Indra A Shaltiel / Sumanjit Datta / Léa Lecomte / Markus Hassler / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Catherine Stober / Jenny Ormanns / Sebastian Eustermann / Christian H Haering /
要旨: Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that ...Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that the active condensin complex entraps the bases of a DNA loop transiently in two separate chambers. Single-molecule imaging and cryo-electron microscopy suggest a putative power-stroke movement at the first chamber that feeds DNA into the SMC-kleisin ring upon adenosine triphosphate binding, whereas the second chamber holds on upstream of the same DNA double helix. Unlocking the strict separation of "motor" and "anchor" chambers turns condensin from a one-sided into a bidirectional DNA loop extruder. We conclude that the orientation of two topologically bound DNA segments during the SMC reaction cycle determines the directionality of DNA loop extrusion.
履歴
登録2021年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_13950.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM half map 1 of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.029856963 - 2.2384748
平均 (標準偏差)0.0011120869 (±0.025230687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_13950_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: cryoEM map of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex...

ファイルemd_13950_additional_1.map
注釈cryoEM map of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA local-resolution filtered and postprocessed cryo map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened cryoEM map of S.c. condensin peripheral Ycg1...

ファイルemd_13950_additional_2.map
注釈unsharpened cryoEM map of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: cryoEM half map 2 of S.c. condensin peripheral...

ファイルemd_13950_half_map_1.map
注釈cryoEM half map 2 of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: cryoEM half map 2 of S.c. condensin peripheral...

ファイルemd_13950_half_map_2.map
注釈cryoEM half map 2 of S.c. condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA

全体名称: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
要素
  • 複合体: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2
    • DNA: Synthetic DNA ligand
    • DNA: synthetic DNA ligand

-
超分子 #1: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA

超分子名称: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 707 KDa

-
分子 #1: Condensin complex subunit 3

分子名称: Condensin complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 117.981 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MQDPDGIDIN TKIFNSVAEV FQKAQGSYAG HRKHIAVLKK IQSKAVEQGY EDAFNFWFDK LVTKILPLKK NEIIGDRIVK LVAAFIASL ERELILAKKQ NYKLTNDEEG IFSRFVDQFI RHVLRGVESP DKNVRFRVLQ LLAVIMDNIG EIDESLFNLL I LSLNKRIY ...文字列:
MQDPDGIDIN TKIFNSVAEV FQKAQGSYAG HRKHIAVLKK IQSKAVEQGY EDAFNFWFDK LVTKILPLKK NEIIGDRIVK LVAAFIASL ERELILAKKQ NYKLTNDEEG IFSRFVDQFI RHVLRGVESP DKNVRFRVLQ LLAVIMDNIG EIDESLFNLL I LSLNKRIY DREPTVRIQA VFCLTKFQDE EQTEHLTELS DNEENFEATR TLVASIQNDP SAEVRRAAML NLINDNNTRP YI LERARDV NIVNRRLVYS RILKSMGRKC FDDIEPHIFD QLIEWGLEDR ELSVRNACKR LIAHDWLNAL DGDLIELLEK LDV SRSSVC VKAIEALFQS RPDILSKIKF PESIWKDFTV EIAFLFRAIY LYCLDNNITE MLEENFPEAS KLSEHLNHYI LLRY HHNDI SNDSQSHFDY NTLEFIIEQL SIAAERYDYS DEVGRRSMLT VVRNMLALTT LSEPLIKIGI RVMKSLSINE KDFVT MAIE IINDIRDDDI EKQEQEEKIK SKKINRRNET SVDEEDENGT HNDEVNEDEE DDNISSFHSA VENLVQGNGN VSESDI INN LPPEKEASSA TIVLCLTRSS YMLELVNTPL TENILIASLM DTLITPAVRN TAPNIRELGV KNLGLCCLLD VKLAIDN MY ILGMCVSKGN ASLKYIALQV IVDIFSVHGN TVVDGEGKVD SISLHKIFYK VLKNNGLPEC QVIAAEGLCK LFLADVFT D DDLFETLVLS YFSPINSSNE ALVQAFAFCI PVYCFSHPAH QQRMSRTAAD ILLRLCVLWD DLQSSVIPEV DREAMLKPN IIFQQLLFWT DPRNLVNQTG STKKDTVQLT FLIDVLKIYA QIEKKEIKKM IITNINAIFL SSEQDYSTLK ELLEYSDDIA ENDNLDNVS KNALDKLRNN LNSLIEEINE RSETQTKDEN NTANDQYSSI LGNSFNKSSN DTIEHAADIT DGNNTELTKT T VNISAVDN TTEQSNSRKR TRSEAEQIDT SKNLENMSIQ DTSTVAKNVS FVLPDEKSDA MSIDEEDKDS ESFSEVC

UniProtKB: Condensin complex subunit 3

-
分子 #2: Condensin complex subunit 2

分子名称: Condensin complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 92.721219 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV ...文字列:
MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV EFETIKMKEL DQELIIDPLF KKALVDFDEG GAKSLLLNTL NIDNTARVIF DASIKDTQNV GQGKLQRKEE EL IERDSLV DDENEPSQSL ISTRNDSTVN DSVISAPSME DEILSLGMDF IKFDQIAVCE ISGSIEQLRN VVEDINQAKD FIE NVNNRF DNFLTEEELQ AAVPDNAEDD SDGFDMGMQQ ELCYPDENHD NTSHDEQDDD NVNSTTGSIF EKDLMAYFDE NLNR NWRGR EHWKVRNFKK ANLVNKESDL LEETRTTIGD TTDKNTTDDK SMDTKKKHKQ KKVLEIDFFK TDDSFEDKVF ASKGR TKID MPIKNRKNDT HYLLPDDFHF STDRITRLFI KPAQKMSLFS HRKHTRGDVS SGLFEKSTVS ANHSNNDIPT IADEHF WAD NYERKEQEEK EKEQSKEVGD VVGGALDNPF EDDMDGVDFN QAFEGTDDNE EASVKLDLQD DEDHKFPIRE NKVTYSR VS KKVDVRRLKK NVWRSINNLI QEHDSRKNRE QSSNDSETHT EDESTKELKF SDIIQGISKM YSDDTLKDIS TSFCFICL L HLANEHGLQI THTENYNDLI VNYEDLATTQ AASLVGGGHH RPHHGGHHHH HHGGRIFYPY DVPDYAGYPY DVPDYAGSY PYDVPNYAAG H

UniProtKB: Condensin complex subunit 2

-
分子 #3: Synthetic DNA ligand

分子名称: Synthetic DNA ligand / タイプ: dna / ID: 3
詳細: 50bp synthetic DNA ligand with the sequence: 5'-GTTGACAGTG TCGCAACCTG CACAGGCAAG CTGCTGAGTC TGGTGTAGAC-3' The DNA ligand was modelled as poly(dA) as the register could not be determined by cryoEM density.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.615376 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)

-
分子 #4: synthetic DNA ligand

分子名称: synthetic DNA ligand / タイプ: dna / ID: 4
詳細: 50bp synthetic DNA ligand with the sequence: 5'-GTCTACACCAGACTCAGCAGCTTGCCTGTGCAGGTTGCGACACTGTCAAC-3' The DNA ligand was modelled as poly(dT) as the register could not be determined by cryoEM density.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.164683 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.707 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHepesHepes
1.0 mMDTTDithiothreitol
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6544 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 91522
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 27701
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 95000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5oqn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qfw:
S.c. Condensin peripheral Ycg1 subcomplex bound to DNA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る