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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1394 | |||||||||
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タイトル | Snapshots of nuclear pore complexes in action captured by cryo-electron tomography. | |||||||||
マップデータ | asymmetric unit of Dictyostelium discoideum nuclear pore complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 58.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Beck M / Lucic V / Forster F / Baumeister W / Medalia O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Snapshots of nuclear pore complexes in action captured by cryo-electron tomography. 著者: Martin Beck / Vladan Lucić / Friedrich Förster / Wolfgang Baumeister / Ohad Medalia / 要旨: Nuclear pore complexes reside in the nuclear envelope of eukaryotic cells and mediate the nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. Traffic is regulated by mobile transport receptors that target ...Nuclear pore complexes reside in the nuclear envelope of eukaryotic cells and mediate the nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. Traffic is regulated by mobile transport receptors that target their cargo to the central translocation channel, where phenylalanine-glycine-rich repeats serve as binding sites. The structural analysis of the nuclear pore is a formidable challenge given its size, its location in a membranous environment and its dynamic nature. Here we have used cryo-electron tomography to study the structure of nuclear pore complexes in their functional environment, that is, in intact nuclei of Dictyostelium discoideum. A new image-processing strategy compensating for deviations of the asymmetric units (protomers) from a perfect eight-fold symmetry enabled us to refine the structure and to identify new features. Furthermore, the superposition of a large number of tomograms taken in the presence of cargo, which was rendered visible by gold nanoparticles, has yielded a map outlining the trajectories of import cargo. Finally, we have performed single-molecule Monte Carlo simulations of nuclear import to interpret the experimentally observed cargo distribution in the light of existing models for nuclear import. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1394.map.gz | 684.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1394-v30.xml emd-1394.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1394.png | 273.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1394 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1394_validation.pdf.gz | 208 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1394_full_validation.pdf.gz | 207.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1394_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1394 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1394 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | asymmetric unit of Dictyostelium discoideum nuclear pore complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 16.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : nuclear pore complex
全体 | 名称: nuclear pore complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: nuclear pore complex
超分子 | 名称: nuclear pore complex / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: octamer (actual refined structure represents an asymmetric unit of the NPC) Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: nuclear pore
超分子 | 名称: nuclear pore / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: nuclear pore / 集合状態: octamer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 株: AX2 / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: nuclear enveope |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 50 mM Tris pH 7.6, 25 mM KCl, 5mM MgCl2, 50 mM sucrose |
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グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Rudolf Gatz plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 平均: 90 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF2002 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -63 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 63 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Average number of projections used in the 3D reconstructions: 4184. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 58.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM |