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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13924 | |||||||||
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タイトル | Shape-morphing of an artificial protein cage with unusual geometry induced by a single amino acid change | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRAP / protein cage / complex / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / Transcription attenuation protein MtrB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Biela AP / Sharma M / Kowalczyk A / Borzecka-Solarz K / Piette BMAG / Bishop J / Kukura P / Benesch J / Imamura M / Scheuring S / Heddle JG | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: ACS Nanosci Au / 年: 2022 タイトル: Shape-Morphing of an Artificial Protein Cage with Unusual Geometry Induced by a Single Amino Acid Change. 著者: Mohit Sharma / Artur P Biela / Agnieszka Kowalczyk / Kinga Borzęcka-Solarz / Bernard M A G Piette / Szymon Gaweł / Joshua Bishop / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Motonori Imamura / ...著者: Mohit Sharma / Artur P Biela / Agnieszka Kowalczyk / Kinga Borzęcka-Solarz / Bernard M A G Piette / Szymon Gaweł / Joshua Bishop / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Motonori Imamura / Simon Scheuring / Jonathan G Heddle / 要旨: Artificial protein cages are constructed from multiple protein subunits. The interaction between the subunits, notably the angle formed between them, controls the geometry of the resulting cage. ...Artificial protein cages are constructed from multiple protein subunits. The interaction between the subunits, notably the angle formed between them, controls the geometry of the resulting cage. Here, using the artificial protein cage, "TRAP-cage", we show that a simple alteration in the position of a single amino acid responsible for Au(I)-mediated subunit-subunit interactions in the constituent ring-shaped building blocks results in a more acute dihedral angle between them. In turn, this causes a dramatic shift in the structure from a 24-ring cage with an octahedral symmetry to a 20-ring cage with a C2 symmetry. This symmetry change is accompanied by a decrease in the number of Au(I)-mediated bonds between cysteines and a concomitant change in biophysical properties of the cage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13924.map.gz | 324.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13924-v30.xml emd-13924.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13924_fsc.xml | 16.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13924.png | 58.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13924.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13924 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13924 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13924_validation.pdf.gz | 585.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13924_full_validation.pdf.gz | 584.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13924_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13924_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13924 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13924 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
全体 | 名称: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring |
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要素 |
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-超分子 #1: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
超分子 | 名称: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.8 MDa |
-分子 #1: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings
分子 | 名称: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYTNSDFVVI KALEDGVNVI GLTRGADTRF HHCEKLDKGE VLIAQFTEHT SAIKVRGKAY IQTSHGVIES EGKK UniProtKB: Transcription attenuation protein MtrB |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |