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万見
- EMDB-13924: Shape-morphing of an artificial protein cage with unusual geometr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13924
タイトルShape-morphing of an artificial protein cage with unusual geometry induced by a single amino acid change
マップデータmain map
試料
  • 複合体: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
    • タンパク質・ペプチド: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings
キーワードTRAP / protein cage / complex / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / Transcription attenuation protein MtrB
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.13 Å
データ登録者Biela AP / Sharma M / Kowalczyk A / Borzecka-Solarz K / Piette BMAG / Bishop J / Kukura P / Benesch J / Imamura M / Scheuring S / Heddle JG
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2016/20/W/NZ1/00095 ポーランド
Polish National Science Centre2019/34/A/NZ1/00196 ポーランド
引用ジャーナル: ACS Nanosci Au / 年: 2022
タイトル: Shape-Morphing of an Artificial Protein Cage with Unusual Geometry Induced by a Single Amino Acid Change.
著者: Mohit Sharma / Artur P Biela / Agnieszka Kowalczyk / Kinga Borzęcka-Solarz / Bernard M A G Piette / Szymon Gaweł / Joshua Bishop / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Motonori Imamura / ...著者: Mohit Sharma / Artur P Biela / Agnieszka Kowalczyk / Kinga Borzęcka-Solarz / Bernard M A G Piette / Szymon Gaweł / Joshua Bishop / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Motonori Imamura / Simon Scheuring / Jonathan G Heddle /
要旨: Artificial protein cages are constructed from multiple protein subunits. The interaction between the subunits, notably the angle formed between them, controls the geometry of the resulting cage. ...Artificial protein cages are constructed from multiple protein subunits. The interaction between the subunits, notably the angle formed between them, controls the geometry of the resulting cage. Here, using the artificial protein cage, "TRAP-cage", we show that a simple alteration in the position of a single amino acid responsible for Au(I)-mediated subunit-subunit interactions in the constituent ring-shaped building blocks results in a more acute dihedral angle between them. In turn, this causes a dramatic shift in the structure from a 24-ring cage with an octahedral symmetry to a 20-ring cage with a C2 symmetry. This symmetry change is accompanied by a decrease in the number of Au(I)-mediated bonds between cysteines and a concomitant change in biophysical properties of the cage.
履歴
登録2021年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 450 pix.
= 387. Å		0.86 Å/pix.
x 450 pix.
= 387. Å		0.86 Å/pix.
x 450 pix.
= 387. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.077
最小 - 最大-0.15781957 - 0.25684986
平均 (標準偏差)0.00093048264 (±0.021951739)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 387.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring

全体名称: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
要素
  • 複合体: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
    • タンパク質・ペプチド: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings

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超分子 #1: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring

超分子名称: artificail protein cage made out of 20 copies of TRAP ring
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings

分子名称: artificial protein cage made out of 20 TRAP protein rings
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYTNSDFVVI KALEDGVNVI GLTRGADTRF HHCEKLDKGE VLIAQFTEHT SAIKVRGKAY IQTSHGVIES EGKK

UniProtKB: Transcription attenuation protein MtrB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1013 / 詳細: manually picked particles
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 113296
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 詳細: class1 - 118,270 class2 - 17,672 class3 - 21,706
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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