EMDB-13889: SARS-CoV-2 Spike in complex with the neutralizing nanobody VHH-12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-13889

タイトル

SARS-CoV-2 Spike in complex with the neutralizing nanobody VHH-12

マップデータ

試料

複合体: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12
- 複合体: VHH-12
- 複合体: HexaPro Spike

キーワード

coronavirus / VHH / nanobody / VIRAL PROTEIN

生物種

Vicugna pacos (アルパカ) /

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å

データ登録者

Guardado-Calvo P / Fernandez I / Rey FA

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobodies against SARS-CoV-2 neutralize variants of concern and explore conformational differences on the Spike protein
著者: Fernandez I / Buchrieser J

履歴

登録	2021年11月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月30日	-
マップ公開	2022年11月30日	-
更新	2023年12月13日	-
現状	2023年12月13日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_13889.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_13889.map.gz	162.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-13889-v30.xml emd-13889.xml	7.2 KB 7.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_13889.png	58.3 KB
Filedesc metadata	emd-13889.cif.gz	3.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13889 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13889	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_13889_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_13889_full_validation.pdf.gz	488.6 KB	表示
XML形式データ	emd_13889_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_13889_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13889 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13889	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	13890C 13891C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_13889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	X (Sec.)	Y (Row.)	Z (Col.)
	0.96 Å/pix. x 360 pix. = 345.6 Å	0.96 Å/pix. x 360 pix. = 345.6 Å	0.96 Å/pix. x 360 pix. = 345.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.96 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 2.96
最小 - 最大	-32.24926 - 44.389107000000003
平均 (標準偏差)	0.000000000000898 (±1.0)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

全体	名称: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12
要素	複合体: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12 複合体: VHH-12 複合体: HexaPro Spike

-
超分子 #1: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

超分子	名称: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: One trimeric Spike with a nanobody on each protomer

-
超分子 #2: VHH-12

超分子	名称: VHH-12 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)	生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

-
超分子 #3: HexaPro Spike

超分子	名称: HexaPro Spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)	生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 230713
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-
超分子 #1: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-
超分子 #2: VHH-12

-
超分子 #3: HexaPro Spike

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-試料の構成要素

-全体 : HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-超分子 #1: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-超分子 #2: VHH-12

-超分子 #3: HexaPro Spike

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-
超分子 #1: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-12

-
超分子 #2: VHH-12

-
超分子 #3: HexaPro Spike

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)