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万見
- EMDB-13883: Broad-spectrum virus-trapping with heparan sulfate-modified DNA o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13883
タイトルBroad-spectrum virus-trapping with heparan sulfate-modified DNA origami shells: T1 shell trapping a chikungunya VLP
マップデータT=1 shell trapping chikungunya
試料
  • 複合体: T1 shell trapping a chikungunya VLP
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.3 Å
データ登録者Monferrer A / Kretzmann JA / Sigl C / Sapelza P / Liedl A / Dietz H
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2022
タイトル: Broad-Spectrum Virus Trapping with Heparan Sulfate-Modified DNA Origami Shells.
著者: Alba Monferrer / Jessica A Kretzmann / Christian Sigl / Pia Sapelza / Anna Liedl / Barbara Wittmann / Hendrik Dietz /
要旨: Effective broadband antiviral platforms that can act on existing viruses and viruses yet to emerge are not available, creating a need to explore treatment strategies beyond the trodden paths. Here, ...Effective broadband antiviral platforms that can act on existing viruses and viruses yet to emerge are not available, creating a need to explore treatment strategies beyond the trodden paths. Here, we report virus-encapsulating DNA origami shells that achieve broadband virus trapping properties by exploiting avidity and a widespread background affinity of viruses to heparan sulfate proteoglycans (HSPG). With a calibrated density of heparin and heparan sulfate (HS) derivatives crafted to the interior of DNA origami shells, we could encapsulate adeno, adeno-associated, chikungunya, dengue, human papilloma, noro, polio, rubella, and SARS-CoV-2 viruses or virus-like particles, in one and the same HS-functionalized shell system. Additional virus-type-specific binders were not needed for the trapping. Depending on the relative dimensions of shell to virus particles, multiple virus particles may be trapped per shell, and multiple shells can cover the surface of clusters of virus particles. The steric occlusion provided by the heparan sulfate-coated DNA origami shells can prevent viruses from further interactions with receptors, possibly including those found on cell surfaces.
履歴
登録2021年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T=1 shell trapping chikungunya
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 1740. Å		5.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 1740. Å		5.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 1740. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0339
最小 - 最大-0.12809037 - 0.18709844
平均 (標準偏差)0.0032024058 (±0.016888538)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 1740.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T1 shell trapping a chikungunya VLP

全体名称: T1 shell trapping a chikungunya VLP
要素
  • 複合体: T1 shell trapping a chikungunya VLP

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超分子 #1: T1 shell trapping a chikungunya VLP

超分子名称: T1 shell trapping a chikungunya VLP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1259
初期 角度割当タイプ: OTHER
詳細: maximum a posteriori (MAP), Regularized Likelihood OptimizatioN (Relion)
最終 角度割当タイプ: OTHER
詳細: maximum a posteriori (MAP), Regularized Likelihood OptimizatioN (Relion)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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