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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13881 | |||||||||
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タイトル | CS-TV2-reconstructed tomogram of a C. crescentus stalk covered by an S-layer | |||||||||
マップデータ | CS-TV2 reconstruction of a C. crescentus stalk covered by an S-layer of RsaA hexamers. The tomogram was cropped and rotated to reduce file size. Contrast may require manual adjustment. | |||||||||
試料 |
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キーワード | S-layer / C. crescentus / RsaA / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Bharat TAM / Boehning J / Collins SM | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Compressed sensing for electron cryotomography and high-resolution subtomogram averaging of biological specimens. 著者: Jan Böhning / Tanmay A M Bharat / Sean M Collins / 要旨: Cryoelectron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) allow direct visualization and structural studies of biological macromolecules in their native cellular environment, in situ. Often, ...Cryoelectron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) allow direct visualization and structural studies of biological macromolecules in their native cellular environment, in situ. Often, low signal-to-noise ratios in tomograms, low particle abundance within the cell, and low throughput in typical cryo-ET workflows severely limit the obtainable structural information. To help mitigate these limitations, here we apply a compressed sensing approach using 3D second-order total variation (CS-TV) to tomographic reconstruction. We show that CS-TV increases the signal-to-noise ratio in tomograms, enhancing direct visualization of macromolecules, while preserving high-resolution information up to the secondary structure level. We show that, particularly with small datasets, CS-TV allows improvement of the resolution of STA maps. We further demonstrate that the CS-TV algorithm is applicable to cellular specimens, leading to increased visibility of molecular detail within tomograms. This work highlights the potential of compressed sensing-based reconstruction algorithms for cryo-ET and in situ structural biology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13881.map.gz | 426.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13881-v30.xml emd-13881.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13881.png | 89.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13881.cif.gz | 3.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13881 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13881_validation.pdf.gz | 257.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13881_full_validation.pdf.gz | 257.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13881_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13881_validation.cif.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13881 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CS-TV2 reconstruction of a C. crescentus stalk covered by an S-layer of RsaA hexamers. The tomogram was cropped and rotated to reduce file size. Contrast may require manual adjustment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.467 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : C. crescentus stalk
全体 | 名称: C. crescentus stalk |
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要素 |
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-超分子 #1: C. crescentus stalk
超分子 | 名称: C. crescentus stalk / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: C. crescentus stalk, covered by an S-layer of RsaA hexamers. |
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由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: CB15 / 細胞中の位置: Stalk |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Please see Bharat et al, Nature Microbiology 2017 |
Cryo protectant | None |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: CMC Utrecht / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.578 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD 詳細: CS-TV2 reconstruction algorithm as described in manuscript was used. 使用した粒子像数: 121 |
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-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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