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- EMDB-13881: CS-TV2-reconstructed tomogram of a C. crescentus stalk covered by... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13881
タイトルCS-TV2-reconstructed tomogram of a C. crescentus stalk covered by an S-layer
マップデータCS-TV2 reconstruction of a C. crescentus stalk covered by an S-layer of RsaA hexamers. The tomogram was cropped and rotated to reduce file size. Contrast may require manual adjustment.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: C. crescentus stalk
キーワードS-layer / C. crescentus / RsaA / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bharat TAM / Boehning J / Collins SM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Compressed sensing for electron cryotomography and high-resolution subtomogram averaging of biological specimens.
著者: Jan Böhning / Tanmay A M Bharat / Sean M Collins /
要旨: Cryoelectron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) allow direct visualization and structural studies of biological macromolecules in their native cellular environment, in situ. Often, ...Cryoelectron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) allow direct visualization and structural studies of biological macromolecules in their native cellular environment, in situ. Often, low signal-to-noise ratios in tomograms, low particle abundance within the cell, and low throughput in typical cryo-ET workflows severely limit the obtainable structural information. To help mitigate these limitations, here we apply a compressed sensing approach using 3D second-order total variation (CS-TV) to tomographic reconstruction. We show that CS-TV increases the signal-to-noise ratio in tomograms, enhancing direct visualization of macromolecules, while preserving high-resolution information up to the secondary structure level. We show that, particularly with small datasets, CS-TV allows improvement of the resolution of STA maps. We further demonstrate that the CS-TV algorithm is applicable to cellular specimens, leading to increased visibility of molecular detail within tomograms. This work highlights the potential of compressed sensing-based reconstruction algorithms for cryo-ET and in situ structural biology.
履歴
登録2021年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_13881.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CS-TV2 reconstruction of a C. crescentus stalk covered by an S-layer of RsaA hexamers. The tomogram was cropped and rotated to reduce file size. Contrast may require manual adjustment.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.47 Å/pix.
x 71 pix.
= 317.157 Å		4.47 Å/pix.
x 1001 pix.
= 4471.467 Å		4.47 Å/pix.
x 3600 pix.
= 16081.2 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.467 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大0.0 - 0.004115206
平均 (標準偏差)0.000043299762 (±0.00010632376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin578458-124
サイズ1001360071
Spacing3600100171
セルA: 16081.2 Å / B: 4471.467 Å / C: 317.157 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.4674.4674.467
M x/y/z3600100171
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16081.2004471.467317.157
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS458578-124
NC/NR/NS3600100171
D min/max/mean0.0000.0040.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C. crescentus stalk

全体名称: C. crescentus stalk
要素
  • 細胞器官・細胞要素: C. crescentus stalk

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超分子 #1: C. crescentus stalk

超分子名称: C. crescentus stalk / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: C. crescentus stalk, covered by an S-layer of RsaA hexamers.
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: CB15 / 細胞中の位置: Stalk

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Please see Bharat et al, Nature Microbiology 2017
Cryo protectantNone
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: CMC Utrecht / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.578 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: CS-TV2 reconstruction algorithm as described in manuscript was used.
使用した粒子像数: 121

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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