+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13856 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Tomogram of respiratory syncytial virus filamentous virion | ||||||||||||||||||
マップデータ | Representative tomogram of filamentous respiratory syncytial virus | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | Virion / VIRUS | ||||||||||||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Conley MJ / Vijayakrishnan S / Bhella D | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Helical ordering of envelope-associated proteins and glycoproteins in respiratory syncytial virus. 著者: Michaela J Conley / Judith M Short / Andrew M Burns / James Streetley / Joshua Hutchings / Saskia E Bakker / B Joanne Power / Hussain Jaffery / Joanne Haney / Giulia Zanetti / Pablo R Murcia ...著者: Michaela J Conley / Judith M Short / Andrew M Burns / James Streetley / Joshua Hutchings / Saskia E Bakker / B Joanne Power / Hussain Jaffery / Joanne Haney / Giulia Zanetti / Pablo R Murcia / Murray Stewart / Rachel Fearns / Swetha Vijayakrishnan / David Bhella / 要旨: Human respiratory syncytial virus (RSV) causes severe respiratory illness in children and the elderly. Here, using cryogenic electron microscopy and tomography combined with computational image ...Human respiratory syncytial virus (RSV) causes severe respiratory illness in children and the elderly. Here, using cryogenic electron microscopy and tomography combined with computational image analysis and three-dimensional reconstruction, we show that there is extensive helical ordering of the envelope-associated proteins and glycoproteins of RSV filamentous virions. We calculated a 16 Å resolution sub-tomogram average of the matrix protein (M) layer that forms an endoskeleton below the viral envelope. These data define a helical lattice of M-dimers, showing how M is oriented relative to the viral envelope. Glycoproteins that stud the viral envelope were also found to be helically ordered, a property that was coordinated by the M-layer. Furthermore, envelope glycoproteins clustered in pairs, a feature that may have implications for the conformation of fusion (F) glycoprotein epitopes that are the principal target for vaccine and monoclonal antibody development. We also report the presence, in authentic virus infections, of N-RNA rings packaged within RSV virions. These data provide molecular insight into the organisation of the virion and the mechanism of its assembly. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13856.map.gz | 51.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-13856-v30.xml emd-13856.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13856.png | 184.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13856.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13856 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13856_validation.pdf.gz | 227.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_13856_full_validation.pdf.gz | 227.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13856_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13856_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13856 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 56 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Representative tomogram of filamentous respiratory syncytial virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.79 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Respiratory syncytial virus A2
全体 | 名称: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Respiratory syncytial virus A2
超分子 | 名称: Respiratory syncytial virus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Sub tomogram averaging was performed focusing on the envelope of filamentous virions propagated directly on the cryo-EM grid. ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Budding RSV Virion
超分子 | 名称: Budding RSV Virion / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Grids were sterilised in EtOH and pretreated with laminin. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Virions were propagated in A549 cells, grown on gold quantifoil cryo-EM grids that had been pre-treated with laminin. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: BBI / 直径: 5 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 詳細: Data collected at the UK electron bioimaging centre at Diamond Light Source (eBIC) on a Thermo-Fisher Scientific Titan Krios microscope equipped with a Gatan BioQuantum K2 energy filtered ...詳細: Data collected at the UK electron bioimaging centre at Diamond Light Source (eBIC) on a Thermo-Fisher Scientific Titan Krios microscope equipped with a Gatan BioQuantum K2 energy filtered direct detection camera. Dose-symmetric tilt-series collection was performed using SerialEM. Energy-filtered images were collected with a slit-width of 20eV and an applied defocus of between -2 and -4.5 microns. One second exposures were recorded with an electron exposure of 2 electrons/A2, partitioned over five movie frames. A total of 41 images were recorded per tilt-series at 3 degree intervals from -60 to +60, thus a total exposure of 82 electrons/A2 was applied per tilt-series. Tilt-series were recorded at a nominal column magnification of 81k corresponding to a calibrated pixel size of 1.79 A at the specimen scale. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Individual movies were corrected for drift and beam induced motion using MotionCor2. Motion corrected images were then compiled into an angle ordered stack file using a perl script to extract the correct files and tilt angles from the SerialEM metadata files (mdoc), creating the final tilt-series using the IMOD command new-stack. Tilt-series alignment and reconstruction by weighted back projection was then accomplished using the IMOD package |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41 |