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万見
- EMDB-13855: Structure of respiratory syncytial virus matrix layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13855
タイトルStructure of respiratory syncytial virus matrix layer
マップデータSub-tomogram average of the envelope and matrix layer of respiratory syncytial virus
試料
  • 複合体: Matrix layer of respiratory syncytial virus
キーワードMatrix / VIRAL PROTEIN
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Conley MJ / Vijayakrishnan S / Bhella D
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M000451/1 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI113321 英国
Wellcome Trust102463/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust099786/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Helical ordering of envelope-associated proteins and glycoproteins in respiratory syncytial virus.
著者: Michaela J Conley / Judith M Short / Andrew M Burns / James Streetley / Joshua Hutchings / Saskia E Bakker / B Joanne Power / Hussain Jaffery / Joanne Haney / Giulia Zanetti / Pablo R Murcia ...著者: Michaela J Conley / Judith M Short / Andrew M Burns / James Streetley / Joshua Hutchings / Saskia E Bakker / B Joanne Power / Hussain Jaffery / Joanne Haney / Giulia Zanetti / Pablo R Murcia / Murray Stewart / Rachel Fearns / Swetha Vijayakrishnan / David Bhella /
要旨: Human respiratory syncytial virus (RSV) causes severe respiratory illness in children and the elderly. Here, using cryogenic electron microscopy and tomography combined with computational image ...Human respiratory syncytial virus (RSV) causes severe respiratory illness in children and the elderly. Here, using cryogenic electron microscopy and tomography combined with computational image analysis and three-dimensional reconstruction, we show that there is extensive helical ordering of the envelope-associated proteins and glycoproteins of RSV filamentous virions. We calculated a 16 Å resolution sub-tomogram average of the matrix protein (M) layer that forms an endoskeleton below the viral envelope. These data define a helical lattice of M-dimers, showing how M is oriented relative to the viral envelope. Glycoproteins that stud the viral envelope were also found to be helically ordered, a property that was coordinated by the M-layer. Furthermore, envelope glycoproteins clustered in pairs, a feature that may have implications for the conformation of fusion (F) glycoprotein epitopes that are the principal target for vaccine and monoclonal antibody development. We also report the presence, in authentic virus infections, of N-RNA rings packaged within RSV virions. These data provide molecular insight into the organisation of the virion and the mechanism of its assembly.
履歴
登録2021年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13855.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13855.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of the envelope and matrix layer of respiratory syncytial virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 457.216 Å		1.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 457.216 Å		1.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 457.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.786 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-7.3722153 - 10.689105
平均 (標準偏差)-0.06423064 (±1.3936826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 457.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7861.7861.786
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.216457.216457.216
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-7.37210.689-0.064

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13855_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 (not gold-standard)

ファイルemd_13855_half_map_1.map
注釈Half-map 2 (not gold-standard)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1 (not gold-standard)

ファイルemd_13855_half_map_2.map
注釈Half-map 1 (not gold-standard)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Matrix layer of respiratory syncytial virus

全体名称: Matrix layer of respiratory syncytial virus
要素
  • 複合体: Matrix layer of respiratory syncytial virus

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超分子 #1: Matrix layer of respiratory syncytial virus

超分子名称: Matrix layer of respiratory syncytial virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Sub tomogram averaging was performed focusing on the envelope of filamentous virions propagated directly on the cryo-EM grid.
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Virions were propagated in A549 cells, grown on gold quantifoil cryo-EM grids that had been pre-treated with laminin.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
詳細: Data collected at the UK electron bioimaging centre at Diamond Light Source (eBIC) on a Thermo-Fisher Scientific Titan Krios microscope equipped with a Gatan BioQuantum K2 energy filtered ...詳細: Data collected at the UK electron bioimaging centre at Diamond Light Source (eBIC) on a Thermo-Fisher Scientific Titan Krios microscope equipped with a Gatan BioQuantum K2 energy filtered direct detection camera. Dose-symmetric tilt-series collection was performed using SerialEM. Energy-filtered images were collected with a slit-width of 20eV and an applied defocus of between -2 and -4.5 microns. One second exposures were recorded with an electron exposure of 2 electrons/A2, partitioned over five movie frames. A total of 41 images were recorded per tilt-series at 3 degree intervals from -60 to +60, thus a total exposure of 82 electrons/A2 was applied per tilt-series. Tilt-series were recorded at a nominal column magnification of 81k corresponding to a calibrated pixel size of 1.79 A at the specimen scale.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Individual movies were corrected for drift and beam induced motion using MotionCor2. Motion corrected images were then compiled into an angle ordered stack file using a perl script to extract the correct files and tilt angles from the SerialEM metadata files (mdoc), creating the final tilt-series using the IMOD command new-stack. Tilt-series alignment and reconstruction by weighted back projection was then accomplished using the IMOD package
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo
詳細: Half-maps generated using Dynamo and resolution assessment, low-pass filtering performed using Relion.
使用したサブトモグラム数: 30082
抽出トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 30088 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
詳細: Selected using crop on rings along path model in Dynamo
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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