[日本語] English
万見
- EMDB-13808: 30S-head SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Esche... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13808
タイトル30S-head SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
マップデータ30S-head SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
試料
  • 複合体: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
    • 複合体: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome
    • 複合体: streptococcal mRNA and MsrDL nascent chain
キーワードRibosome / protein synthesis / antibiotic resistance / ARE ABC-F protein family / leader peptide / cryo-EM
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fostier CR / Ousalem F / Soufari H / Leroy EC / Saravuth N / Innis A / Hashem Y / Boel G
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE35-0010 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-ACHN-0027 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Regulation of the macrolide resistance ABC-F translation factor MsrD.
著者: Corentin R Fostier / Farès Ousalem / Elodie C Leroy / Saravuth Ngo / Heddy Soufari / C Axel Innis / Yaser Hashem / Grégory Boël /
要旨: Antibiotic resistance ABC-Fs (ARE ABC-Fs) are translation factors that provide resistance against clinically important ribosome-targeting antibiotics which are proliferating among pathogens. Here, we ...Antibiotic resistance ABC-Fs (ARE ABC-Fs) are translation factors that provide resistance against clinically important ribosome-targeting antibiotics which are proliferating among pathogens. Here, we combine genetic and structural approaches to determine the regulation of streptococcal ARE ABC-F gene msrD in response to macrolide exposure. We show that binding of cladinose-containing macrolides to the ribosome prompts insertion of the leader peptide MsrDL into a crevice of the ribosomal exit tunnel, which is conserved throughout bacteria and eukaryotes. This leads to a local rearrangement of the 23 S rRNA that prevents peptide bond formation and accommodation of release factors. The stalled ribosome obstructs the formation of a Rho-independent terminator structure that prevents msrD transcriptional attenuation. Erythromycin induction of msrD expression via MsrDL, is suppressed by ectopic expression of mrsD, but not by mutants which do not provide antibiotic resistance, showing correlation between MsrD function in antibiotic resistance and its action on this stalled complex.
履歴
登録2021年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_13808.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈30S-head SSU focused-refinement of the erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.038185477 - 0.095746
平均 (標準偏差)0.00007377734 (±0.0015197647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 414.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptoco...

全体名称: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
要素
  • 複合体: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
    • 複合体: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome
    • 複合体: streptococcal mRNA and MsrDL nascent chain

-
超分子 #1: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptoco...

超分子名称: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#56

-
超分子 #2: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome

超分子名称: Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #3: streptococcal mRNA and MsrDL nascent chain

超分子名称: streptococcal mRNA and MsrDL nascent chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6tbv

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る