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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13796 | |||||||||
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タイトル | 2021-10-18 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mitochondria / DNA dependent RNA polymerase / 7S RNA / TRANSCRIPTION | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Das H / Hallberg BM | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Non-coding 7S RNA inhibits transcription via mitochondrial RNA polymerase dimerization. 著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin ...著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin Hällberg / Maria Falkenberg / 要旨: The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA ...The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA molecule known as 7S RNA is transcribed from a region immediately downstream of the light strand promoter in mammalian cells, and its levels change rapidly in response to physiological conditions. Here, we report that 7S RNA has a regulatory function, as it controls levels of mitochondrial transcription both in vitro and in cultured human cells. Using cryo-EM, we show that POLRMT dimerization is induced by interactions with 7S RNA. The resulting POLRMT dimer interface sequesters domains necessary for promoter recognition and unwinding, thereby preventing transcription initiation. We propose that the non-coding 7S RNA molecule is a component of a negative feedback loop that regulates mitochondrial transcription in mammalian cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13796.map.gz | 51.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13796-v30.xml emd-13796.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13796.png | 59 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13796 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13796 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13796_validation.pdf.gz | 443.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13796_full_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13796_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13796_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13796 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13796 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT)
全体 | 名称: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT) |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT)
超分子 | 名称: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 274 KDa |
-分子 #1: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT)
分子 | 名称: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase (POLRMT) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQM GAKDATPVPC GRWAKILEKD KRTQQMRMQR LKAKLQMPFQ SGEFKALTRR LQVEPRLLSK QMAGCLEDCT RQAPESPWEE ...文字列: MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQM GAKDATPVPC GRWAKILEKD KRTQQMRMQR LKAKLQMPFQ SGEFKALTRR LQVEPRLLSK QMAGCLEDCT RQAPESPWEE QLARLLQEAP GKLSLDVEQA PSGQHSQAQL SGQQQRLLAF FKCCLLTDQL PLAHHLLVVH HGQRQKRKLL TLDMYNAVML GWARQGAFKE LVYVLFMVKD AGLTPDLLSY AAALQCMGRQ DQDAGTIERC LEQMSQEGLK LQALFTAVLL SEEDRATVLK AVHKVKPTFS LPPQLPPPVN TSKLLRDVYA KDGRVSYPKL HLPLKTLQCL FEKQLHMELA SRVCVVSVEK PTLPSKEVKH ARKTLKTLRD QWEKALCRAL RETKNRLERE VYEGRFSLYP FLCLLDEREV VRMLLQVLQA LPAQGESFTT LARELSARTF SRHVVQRQRV SGQVQALQNH YRKYLCLLAS DAEVPEPCLP RQYWEELGAP EALREQPWPL PVQMELGKLL AEMLVQATQM PCSLDKPHRS SRLVPVLYHV YSFRNVQQIG ILKPHPAYVQ LLEKAAEPTL TFEAVDVPML CPPLPWTSPH SGAFLLSPTK LMRTVEGATQ HQELLETCPP TALHGALDAL TQLGNCAWRV NGRVLDLVLQ LFQAKGCPQL GVPAPPSEAP QPPEAHLPHS AAPARKAELR RELAHCQKVA REMHSLRAEA LYRLSLAQHL RDRVFWLPHN MDFRGRTYPC PPHFNHLGSD VARALLEFAQ GRPLGPHGLD WLKIHLVNLT GLKKREPLRK RLAFAEEVMD DILDSADQPL TGRKWWMGAE EPWQTLACCM EVANAVRASD PAAYVSHLPV HQDGSCNGLQ HYAALGRDSV GAASVNLEPS DVPQDVYSGV AAQVEVFRRQ DAQRGMRVAQ VLEGFITRKV VKQTVMTVVY GVTRYGGRLQ IEKRLRELSD FPQEFVWEAS HYLVRQVFKS LQEMFSGTRA IQHWLTESAR LISHMGSVVE WVTPLGVPVI QPYRLDSKVK QIGGGIQSIT YTHNGDISRK PNTRKQKNGF PPNFIHSLDS SHMMLTALHC YRKGLTFVSV HDCYWTHAAD VSVMNQVCRE QFVRLHSEPI LQDLSRFLVK RFCSEPQKIL EASQLKETLQ AVPKPGAFDL EQVKRSTYFF S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 42131 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |