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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13795 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TDP43 core peptide amyloid fiber | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | TDP-43 (TAR DNA結合タンパク質43) / Amyloid (アミロイド) / Neurodegeneration (神経変性疾患) / Helical / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing / negative regulation of protein phosphorylation / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein stability / regulation of circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / positive regulation of protein import into nucleus / rhythmic process / 遺伝子発現の調節 / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Nazarov S / Lashuel H | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Neurosci / 年: 2023 タイトル: Seeding the aggregation of TDP-43 requires post-fibrillization proteolytic cleavage. 著者: Senthil T Kumar / Sergey Nazarov / Sílvia Porta / Niran Maharjan / Urszula Cendrowska / Malek Kabani / Francesco Finamore / Yan Xu / Virginia M-Y Lee / Hilal A Lashuel / 要旨: Despite the strong evidence linking the transactive response DNA-binding protein 43 (TDP-43) aggregation to the pathogenesis of frontotemporal lobar degeneration with TDP-43, amyotrophic lateral ...Despite the strong evidence linking the transactive response DNA-binding protein 43 (TDP-43) aggregation to the pathogenesis of frontotemporal lobar degeneration with TDP-43, amyotrophic lateral sclerosis and several neurodegenerative diseases, our knowledge of the sequence and structural determinants of its aggregation and neurotoxicity remains incomplete. Herein, we present a new method for producing recombinant full-length TDP-43 filaments that exhibit sequence and morphological features similar to those of brain-derived TDP-43 filaments. We show that TDP-43 filaments contain a β-sheet-rich helical amyloid core that is fully buried by the flanking structured domains of the protein. We demonstrate that the proteolytic cleavage of TDP-43 filaments and exposure of this amyloid core are necessary for propagating TDP-43 pathology and enhancing the seeding of brain-derived TDP-43 aggregates. Only TDP-43 filaments with exposed amyloid core efficiently seeded the aggregation of endogenous TDP-43 in cells. These findings suggest that inhibiting the enzymes mediating cleavage of TDP-43 aggregates represents a viable disease-modifying strategy to slow the progression of amyotrophic lateral sclerosis and other TDP-43 proteinopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13795.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13795-v30.xml emd-13795.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13795_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13795.png | 1 MB | ||
マスクデータ | emd_13795_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13795.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_13795_additional_1.map.gz emd_13795_half_map_1.map.gz emd_13795_half_map_2.map.gz | 6.1 MB 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13795 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q3uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13795_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Post-processed and symmetrized map of the first (one...
ファイル | emd_13795_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Post-processed and symmetrized map of the first (one protofilament) conformation of TDP-43 CP fibrils | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13795_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13795_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical filament from TDP43 core peptide
全体 | 名称: Helical filament from TDP43 core peptide |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical filament from TDP43 core peptide
超分子 | 名称: Helical filament from TDP43 core peptide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: TAR DNA-binding protein 43
分子 | 名称: TAR DNA-binding protein 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 8.042687 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: NPGGFGNQGG FGNSRGGGAG LGNNQGSNMG GGMNFGAFSI NPAMMAAAQA ALQSSWGMMG MLASQQNQSG PSGNNQNQGN MQ UniProtKB: TAR DNA結合タンパク質43 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3171 / 平均露光時間: 3.99 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 103 |
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得られたモデル | PDB-7q3u: |