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- EMDB-13790: Structure of the mouse CPLANE-RSG1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13790
タイトルStructure of the mouse CPLANE-RSG1 complex
マップデータFull Map
試料
  • 複合体: CPLANE complex
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein inturned
    • タンパク質・ペプチド: Protein fuzzy homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ciliogenesis and planar polarity effector 2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


auditory receptor cell morphogenesis / axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 ...auditory receptor cell morphogenesis / axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / establishment of planar polarity / spinal cord dorsal/ventral patterning / motile cilium assembly / circulatory system development / cilium organization / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cell division / positive regulation of cilium assembly / regulation of exocytosis / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / camera-type eye development / motile cilium / regulation of establishment of cell polarity / limb development / neural tube development / regulation of focal adhesion assembly / smoothened signaling pathway / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / roof of mouth development / exocytosis / axoneme / cilium assembly / regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / vesicle-mediated transport / keratinocyte differentiation / negative regulation of cell migration / ciliary basal body / kidney development / neural tube closure / establishment of protein localization / cilium / regulation of protein localization / protein transport / nervous system development / cytoskeleton / GTPase activity / GTP binding / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain ...Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Small GTPase / Ras family / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / Protein fuzzy homolog / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Langousis G / Cavadini S
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex.
著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias /
要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13790.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.16326806 - 0.34118095
平均 (標準偏差)-0.000040316358 (±0.011359473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened with Locscale

ファイルemd_13790_additional_1.map
注釈Sharpened with Locscale
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_13790_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_13790_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CPLANE complex

全体名称: CPLANE complex
要素
  • 複合体: CPLANE complex
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein inturned
    • タンパク質・ペプチド: Protein fuzzy homolog
    • タンパク質・ペプチド: Ciliogenesis and planar polarity effector 2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: CPLANE complex

超分子名称: CPLANE complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fr...

分子名称: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 86.286477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGSFCLT ELHLWSLKST LHIADRDIGV YQYYDKKDPS VSATEHGNL EEKQRLAESR DYPWTLKNRR PEKLRDSLKE LEELMQSSPC VLSKWKSKYI CQLLFGSGVL VSLSLSGPQL E KVVIDRSL ...文字列:
MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGSFCLT ELHLWSLKST LHIADRDIGV YQYYDKKDPS VSATEHGNL EEKQRLAESR DYPWTLKNRR PEKLRDSLKE LEELMQSSPC VLSKWKSKYI CQLLFGSGVL VSLSLSGPQL E KVVIDRSL VGKLISDTIS DALLTDSFII LSFLAQNKLC FIQFTKKMDS LDGNKRLEKL SALDLKISYY DIPGPANRTI DR HLAVNST QDLVVCWWPL VSDDVWPWTP VSSEKDRANM LLLGFTQGGL EVLSFVRTEW SPLDVHFGTK QPYQVFTVEC SVS VDKEPM ADSCIYESVR NKLHCVSVTR IPLRSKAISC CRNSTEDKLI VGCEDSSVIL YEAHRGVTLL AQAELRPSLI SCHP SGAIL LVGSNQGELQ IFDIALSPIN IQLLAEDYSP KETLQFKKFF DVSSSLVQMQ WMAPPVVFQK PKRGEICDLL FLRFN KGPL GVLLFKLGIL TRGQLGLVDL ILQYIHYSEV YEAISILRSM DWDTLGQQCL IGMGTIVNHL LRQRLTPERE AQLEAS LGT FYAPTRPLLD TTILEYREPV SKYARRLFHH LLRYKRFEKA FLLAVDIGAR DLFMDIHYLA LDMGELALAE VARRRAH DI DVESVSSGVE LLGPLDRRDM LNEGFASSAL MPEGENKFPG LLPSIGSTHM QTLQQKIPNG PSSRWAIERR TEEEEEEE E EEEEELCTDS SGATTWNAEG ELKEDQRKQD IGDVGSLRMV HFGLV

UniProtKB: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog

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分子 #2: Protein inturned

分子名称: Protein inturned / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 107.330539 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGAGLARGD SRGRPPELPG DLSSQEEEEE EGDSDAGASS LGSYSSASSD TDVEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETQTANH VNHVRFSDKE VIIEEDDSRE RKKSEPKLRR FTKILKSKSL LPRRHHKKSS S NNGPVSIL ...文字列:
MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGAGLARGD SRGRPPELPG DLSSQEEEEE EGDSDAGASS LGSYSSASSD TDVEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETQTANH VNHVRFSDKE VIIEEDDSRE RKKSEPKLRR FTKILKSKSL LPRRHHKKSS S NNGPVSIL KHQSSQKTGV TVQQRYKDVT VYINPRKLTA IKAREQVKLL EVLVGIIHQT KRSWKRSAKQ ADGERLVVHG LL PGGSAMK SGQVLVGDVL VAVNDVDVTS ENIERVLSCI PGPMQVKLTF ENAYAVKRET AQPQKKKAQS STQDLVKLLC GSE ADAVQH STLSIPHISM YLTLQLQSEA AREEQEILYH YPVSEASQKL KSVRGIFLTL CDMLESVTGT QVTSSSLHLN GKQI HVAYL KESDKLLLIG LPAEEVPLPQ LRNMIEDVAQ TLKFMYGSLD SAFCQVENAP RLDHFFSLFF ERALRPGKLH LSGSP SAQQ YAAASAVLLD NLPGVRWLVL PQELKVELDT ALSDLEAADF EELSEDYYDM RRLYTILGSS LFYKGYMVCS HLPKDD VIE IAAYCRQHCL LPLAAKQRIG QLIIWREVFP RHHLQPPSDS DPEAFQEPEG RYFLLVVGLR HYLLCVLLEA GGCASKA TG NPGPDCIYVD QVRATLHQLE GVDSRIEEQL ATSPGPCLSC ADWFLAAPRE KADSLTTSPI LSRLQGPSKT AASPTCRR T FFSDYSFKAR KPSPSRIGGG REPTEGEESA GLSPHATPDA VRKQRESEGS DDNVALLKLA RKKSTLPNPF HLGTSKKEL SEKELEVYDI MKLTSGPENT LFHYVALETV QGIFITPTHE EVAQLGGSVH SQLIKNFHQC CLSIRAFFQQ TLKEEKKKAL SDGEHSEPT NSVSSLSPVK EHGVLFECSP ENWTDQKKTP PVMSYWVVGR LFLNPKPQEL YVCFHDSVSE IAIEMAFKLF F GLTL

UniProtKB: Protein inturned

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分子 #3: Protein fuzzy homolog

分子名称: Protein fuzzy homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 45.542906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDEGPGSPVH LLCLAASSGV PLFCRSSSGG APSRQQLPFS VIGSLNGVHM FGQNLDVQLN SARTEDTTVV WKNFHDSITL IVLSSEEGT SELRLERMLH MVFGAMVLIV GLEELTNIRN VERLKKELRA SYCLIDSFLG NSELIGDLTQ CVDCVIPPEG S AMQETLSG ...文字列:
MDEGPGSPVH LLCLAASSGV PLFCRSSSGG APSRQQLPFS VIGSLNGVHM FGQNLDVQLN SARTEDTTVV WKNFHDSITL IVLSSEEGT SELRLERMLH MVFGAMVLIV GLEELTNIRN VERLKKELRA SYCLIDSFLG NSELIGDLTQ CVDCVIPPEG S AMQETLSG FAEATGTAFV SLLVSGRVVA ATEGWWRLGM PEAVLLPWLV GSLPPQAARD YPVYLPHGSP TVPHRLLTLT LL RGLELCL LCGPRPPLGQ LDPQLMERWW QPLLEPLRAC LPLGPRALPE GFPLHSDILG LLLLHLELRR CLFTVEPSKD KEP SPEQRR RLLRNFYTLV ATTHFPPEPG PAEKQEDTVY PAQMPRACYL VLGPGMGWQL VAVQLGLRLL LLLLSPHTPT HGLR SLATR TLQALTPLL

UniProtKB: Protein fuzzy homolog

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分子 #4: Ciliogenesis and planar polarity effector 2

分子名称: Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.459801 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARPPMHGSV IVPDWHETVE GKEYLACILR KNRRREFGLL ERPVLPPSVV IDTASYKIFV SGKSGVGKTA LVAKLAGLEV PIVHHETTG IQTTVVFWPA KLKASDCVVM FRFEFWDCGE SALKKFDHML PACKENADAF LFLFSFTDRA SFEDLPGQLT R VAGEAPGL ...文字列:
MARPPMHGSV IVPDWHETVE GKEYLACILR KNRRREFGLL ERPVLPPSVV IDTASYKIFV SGKSGVGKTA LVAKLAGLEV PIVHHETTG IQTTVVFWPA KLKASDCVVM FRFEFWDCGE SALKKFDHML PACKENADAF LFLFSFTDRA SFEDLPGQLT R VAGEAPGL VKIVIGSKFD QYMHTDVPAR DLTAFRQAWE LPLFRVKSVP GRRLADGRTL DGRAGLADTA HVLNGLAEQL WH QDQVAAG LLPSSPESAP G

UniProtKB: Ciliogenesis and planar polarity effector 2

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94157
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る