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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13788 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of S.cerevisiae condensin Ycg1-Brn1 complex on circular DNA | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | condensin / SMC / CELL CYCLE | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee B-G / Rhodes J / Lowe J | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Clamping of DNA shuts the condensin neck gate. 著者: Byung-Gil Lee / James Rhodes / Jan Löwe / 要旨: SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex ...SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex condensin. It forms and enlarges loops in DNA through loop extrusion. Our work resolves the atomic structure of a DNA-bound state of condensin in which ATP has not been hydrolyzed. The DNA is clamped within a compartment that has been reported previously in other structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes, including Rad50, cohesin, and MukBEF. With the caveat of important differences, it means that all SMC complexes cycle through at least some similar states and undergo similar conformational changes in their head modules, while hydrolyzing ATP and translocating DNA. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13788.map.gz | 15 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13788-v30.xml emd-13788.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13788.png | 36 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13788.cif.gz | 3.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13788 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13788_validation.pdf.gz | 309.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13788_full_validation.pdf.gz | 309.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13788_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13788_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13788 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : complex of S.cerevisiae condensin ycg1, Brn1, DNA
全体 | 名称: complex of S.cerevisiae condensin ycg1, Brn1, DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of S.cerevisiae condensin ycg1, Brn1, DNA
超分子 | 名称: complex of S.cerevisiae condensin ycg1, Brn1, DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 120 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 27040 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |