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万見
- EMDB-13787: Cryo-EM map of clamped S.cerevisiae condensin complex on circular DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13787
タイトルCryo-EM map of clamped S.cerevisiae condensin complex on circular DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 on circular DNA
キーワードcondensin / SMC / CELL CYCLE
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.75 Å
データ登録者Lee B-G / Rhodes J / Lowe J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Clamping of DNA shuts the condensin neck gate.
著者: Byung-Gil Lee / James Rhodes / Jan Löwe /
要旨: SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex ...SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex condensin. It forms and enlarges loops in DNA through loop extrusion. Our work resolves the atomic structure of a DNA-bound state of condensin in which ATP has not been hydrolyzed. The DNA is clamped within a compartment that has been reported previously in other structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes, including Rad50, cohesin, and MukBEF. With the caveat of important differences, it means that all SMC complexes cycle through at least some similar states and undergo similar conformational changes in their head modules, while hydrolyzing ATP and translocating DNA.
履歴
登録2021年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å		1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å		1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.23461027 - 0.984153
平均 (標準偏差)0.063318335 (±0.16317537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ162162162
Spacing162162162
セルA=B=C: 173.34001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 ...

全体名称: complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 on circular DNA
要素
  • 複合体: complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 on circular DNA

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超分子 #1: complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 ...

超分子名称: complex of condensin tetraner (smc2, smc4, brn1, ycs4), ADP-BeF3 on circular DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 515 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 36588
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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