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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13779 | |||||||||
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タイトル | cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.0 | |||||||||
マップデータ | cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.0 | |||||||||
試料 |
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キーワード | tobacco mosaic virus / RNA virus / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sachse C / Leidl ML | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022 タイトル: Single-particle cryo-EM structures from iDPC-STEM at near-atomic resolution. 著者: Ivan Lazić / Maarten Wirix / Max Leo Leidl / Felix de Haas / Daniel Mann / Maximilian Beckers / Evgeniya V Pechnikova / Knut Müller-Caspary / Ricardo Egoavil / Eric G T Bosch / Carsten Sachse / 要旨: In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently ...In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently computationally combined into a high-resolution three-dimensional structure. Here, we apply scanning transmission electron microscopy (STEM) using the integrated differential phase contrast mode also known as iDPC-STEM to two cryo-EM test specimens, keyhole limpet hemocyanin (KLH) and tobacco mosaic virus (TMV). The micrographs show complete contrast transfer to high resolution and enable the cryo-EM structure determination for KLH at 6.5 Å resolution, as well as for TMV at 3.5 Å resolution using single-particle reconstruction methods, which share identical features with maps obtained by CTEM of a previously acquired same-sized TMV data set. These data show that STEM imaging in general, and in particular the iDPC-STEM approach, can be applied to vitrified single-particle specimens to determine near-atomic resolution cryo-EM structures of biological macromolecules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13779.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13779-v30.xml emd-13779.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13779_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13779.png | 120.5 KB | ||
マスクデータ | emd_13779_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13779.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_13779_half_map_1.map.gz emd_13779_half_map_2.map.gz | 80.5 MB 80.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13779_validation.pdf.gz | 809.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13779_full_validation.pdf.gz | 809 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13779_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13779_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13779_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map2
ファイル | emd_13779_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map1
ファイル | emd_13779_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 131 kDa/nm |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare |
分子量 | 理論値: 17.091998 KDa |
配列 | 文字列: SYSITTPSQF VFLSSAWADP IELINLCTNA LGNQFQTQQA RTVVQRQFSE VWKPSPQVTV RFPDSDFKVY RYNAVLDPLV TALLGAFDT RNRIIEVENQ ANPTTAETLD ATRRVDDATV AIRSAINNLI VELIRGTGSY NRSSFESSSG LVWT UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare |
分子量 | 理論値: 958.66 Da |
配列 | 文字列: GAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 90 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot force of +10 and a duration for blotting of 10 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | iDPC-STEM |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |