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- EMDB-13777: III2-IV2 respiratory supercomplex from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13777
タイトルIII2-IV2 respiratory supercomplex from Corynebacterium glutamicum
マップデータ
試料
  • 複合体: The respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 15種
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CRYO-EM / RESPIRATORY SUPERCOMPLEX / ACTINOBACTERIA / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome c / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / Uncharacterized protein / Hypothetical membrane protein / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) / Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kovalova T / Moe A
資金援助 カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation カナダ
Swedish Research Council カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The respiratory supercomplex from C. glutamicum.
著者: Agnes Moe / Terezia Kovalova / Sylwia Król / David J Yanofsky / Michael Bott / Dan Sjöstrand / John L Rubinstein / Martin Högbom / Peter Brzezinski /
要旨: Corynebacterium glutamicum is a preferentially aerobic gram-positive bacterium belonging to the phylum Actinobacteria, which also includes the pathogen Mycobacterium tuberculosis. In these bacteria, ...Corynebacterium glutamicum is a preferentially aerobic gram-positive bacterium belonging to the phylum Actinobacteria, which also includes the pathogen Mycobacterium tuberculosis. In these bacteria, respiratory complexes III and IV form a CIIICIV supercomplex that catalyzes oxidation of menaquinol and reduction of dioxygen to water. We isolated the C. glutamicum supercomplex and used cryo-EM to determine its structure at 2.9 Å resolution. The structure shows a central CIII dimer flanked by a CIV on two sides. A menaquinone is bound in each of the Q and Q sites in each CIII and an additional menaquinone is positioned ∼14 Å from heme b. A di-heme cyt. cc subunit electronically connects each CIII with an adjacent CIV, with the Rieske iron-sulfur protein positioned with the iron near heme b. Multiple subunits interact to form a convoluted sub-structure at the cytoplasmic side of the supercomplex, which defines a path for proton transfer into CIV.
履歴
登録2021年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.54
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.54
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7q21
  • 表面レベル: 0.54
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 310 pix.
= 328.6 Å		1.06 Å/pix.
x 310 pix.
= 328.6 Å		1.06 Å/pix.
x 310 pix.
= 328.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.541 / ムービー #1: 0.54
最小 - 最大-2.3948393 - 4.3314905
平均 (標準偏差)0.016408637 (±0.12276882)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 328.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.600328.600328.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-2.3954.3310.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The respiratory supercomplex

全体名称: The respiratory supercomplex
要素
  • 複合体: The respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)
    • タンパク質・ペプチド: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical membrane protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
  • リガンド: TRIDECANE
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
  • リガンド: DOCOSANE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: HEME-AS
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C

+
超分子 #1: The respiratory supercomplex

超分子名称: The respiratory supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

+
分子 #1: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)

分子名称: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA (AscD)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 8.188084 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 22.457217 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MTSAVGNTGM AAPQRVAALN RPNMVSVGTI VFLSQELMFF AGLFAMYFVS RANGLANGSW GEQTDHLNVP YALLITVILV SSSVTCQFG VFAAERGDVY GLRKWFLVTI ILGSIFVIGQ GYEYITLVGH GLTIQSSVYG SAFFITTGFH ALHVIAGVMA F VVVLMRIH ...文字列:
MTSAVGNTGM AAPQRVAALN RPNMVSVGTI VFLSQELMFF AGLFAMYFVS RANGLANGSW GEQTDHLNVP YALLITVILV SSSVTCQFG VFAAERGDVY GLRKWFLVTI ILGSIFVIGQ GYEYITLVGH GLTIQSSVYG SAFFITTGFH ALHVIAGVMA F VVVLMRIH KSKFTPAQAT AAMVVSYYWH FVDVVWIGLF ITIYFIQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #3: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211

分子名称: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 16.385588 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MAGSSHTIEP EIYRGVSTLD EPSAAWGWHG LKRNTIQLAG WISVLFMLGY NFGNHKGHVE TIWLLVITAL LVIGLLIHLF EPKLSQVRT ITSRNKPVGH VEPDWTYDQA TLTGTWGNLT DSQLRSVNIE PSRVAHLRAA DSAKELDN

UniProtKB: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 15.557285 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MKSSAKLMYG PTVFMAAMAV IYIFATMHVS DGGSVKGVEW VGSVALVLSA GLTLMLGVYL HFTEVRVDVL PEDWEEAEVA DKAGTLGFF SPSSIWPAAM SGAVGFLAFG VVYFHYWMIA VGLMLLIFTI TKLNLQYGVP KEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 39.665562 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MEQQNKRGLK RKALLGGVLG LGGLAMAGCE VAPPGGVLGD FLRMGWPDGI TPEAVAMGNF WSWVWVAAWI IGIIMWGLFL TAIFAWGAK RAEKRGEGEF PKQLQYNVPL ELVLTIVPII IVMVLFFFTV QTQDKVTALD KNPEVTVDVT AYQWNWKFGY S EIDGSLAP ...文字列:
MEQQNKRGLK RKALLGGVLG LGGLAMAGCE VAPPGGVLGD FLRMGWPDGI TPEAVAMGNF WSWVWVAAWI IGIIMWGLFL TAIFAWGAK RAEKRGEGEF PKQLQYNVPL ELVLTIVPII IVMVLFFFTV QTQDKVTALD KNPEVTVDVT AYQWNWKFGY S EIDGSLAP GGQDYQGSDP ERQAAAEASK KDPSGDNPIH GNSKSDVSYL EFNRIETLGT TDEIPVMVLP VNTPIEFNLA SA DVAHSFW VPEFLFKRDA YAHPEANKSQ RVFQIEEITE EGAFVGRCAE MCGTYHAMMN FELRVVDRDS FAEYISFRDS NPD ATNAQA LEHIGQAPYA TSTSPFVSDR TATRDGENTQ SNA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 66.340164 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MTAVAPRVDG HVAPQRPEPT GHARKGSKAW LMMTTTDHKQ LGIMYIIMSF SFFFLGGLMA LLIRAELFTP GLQFLSNEQF NQLFTMHGT VMLLLYGTPI VWGFANYVLP LQIGAPDVAF PRLNAFGFWI TTVGGVAMLT GFLTPGGAAD FGWTMYSPLS D AIHSPGLG ...文字列:
MTAVAPRVDG HVAPQRPEPT GHARKGSKAW LMMTTTDHKQ LGIMYIIMSF SFFFLGGLMA LLIRAELFTP GLQFLSNEQF NQLFTMHGT VMLLLYGTPI VWGFANYVLP LQIGAPDVAF PRLNAFGFWI TTVGGVAMLT GFLTPGGAAD FGWTMYSPLS D AIHSPGLG SDMWIVGVGA TGIGSVASAI NMLTTILCLR APGMTMFRMP IFTWNIFVVS VLALLIFPLL LAAALGVLYD RK LGGHLYD PANGGSLLWQ HLFWFFGHPE VYVLALPFFG IVSEIIPVFS RKPMFGYVGL IFATLSIGAL SMAVWAHHMF VTG AVLLPF FSFMTFLISV PTGVKFFNWV GTMWKGHITW ETPMIWSVGF MATFLFGGLT GIMLASPPLD FHLADSYFLI AHFH YTLFG TVVFASCAGV YFWFPKMTGR MMDERLGKIH FWLTFVGFHG TFLIQHWVGN MGMPRRYADY LDSDGFTIYN QISTV FSFL LGLSVIPFIW NVFKSWRYGE LVTVDDPWGY GNSLEWATSC PPPRHNFASL PRIRSERPAF ELHYPHMIER MRAEAH TGH HDDINAPELG TAPALASDSS RAAWSHPQFE K

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #7: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 45.232207 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MSNNNDKQYT TQELNAMSNE DLARLGTELD DVTIAYRKER FPIANDPAEK RAARAVTFWL VLGIIGGLGF LATYIFWPWE YKAHGDEGL LAYTLYTPML GITSGLCILS LGFAVVLYVK KFIPEEIAVQ RRHDGPSEEV DRRTIVALLN DSWQTSTLGR R KLIMGLAG ...文字列:
MSNNNDKQYT TQELNAMSNE DLARLGTELD DVTIAYRKER FPIANDPAEK RAARAVTFWL VLGIIGGLGF LATYIFWPWE YKAHGDEGL LAYTLYTPML GITSGLCILS LGFAVVLYVK KFIPEEIAVQ RRHDGPSEEV DRRTIVALLN DSWQTSTLGR R KLIMGLAG GGAVLAGLTI IAPMGGMIKN PWNPKEGPMD VQGDGTLWTS GWTLVENDVK VYLGRDTAAI AESHTDATGE HW STTGVSR LVRMRPEDLA AASMETVFPL PAEMVNDGAE YDPAKDVYEH QMHSVHGPRN AVMLIRLRTA DAEKVIEREG QES FHYGDY YAYSKICTHI GCPTSLYEAQ TNRILCPCHQ SQFDALHYGK PVFGPAARAL PQLPITVDEE GYLIAAGNFI EPLG PAFWE RKS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

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分子 #8: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949

分子名称: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 20.02575 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MEDESVKSLN LAARRGALVT VAAASALALA SCSAGQITQT SSQVAAVDGN QAGSANDPVL VRDVTVHLTT DGEAGVKFTA INQDTSHTS HTLESVTVDG EEVELDDAEP IERNCSLVAD IQSELDLIEE PEVGCIQHVA TSLENPGFAY GGVVPVEFVF D TGAITIDA ...文字列:
MEDESVKSLN LAARRGALVT VAAASALALA SCSAGQITQT SSQVAAVDGN QAGSANDPVL VRDVTVHLTT DGEAGVKFTA INQDTSHTS HTLESVTVDG EEVELDDAEP IERNCSLVAD IQSELDLIEE PEVGCIQHVA TSLENPGFAY GGVVPVEFVF D TGAITIDA TVSAPVLESG VENREVGGDT AEASHH

UniProtKB: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949

+
分子 #9: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 59.863699 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MSLATVGNNL DSRYTMASGI RRQINKVFPT HWSFMLGEIA LYSFIVLLLT GVYLTLFFDP SITKVIYDGG YLPLNGVEMS RAYATALDI SFEVRGGLFI RQMHHWAALL FVVSMLVHML RIFFTGAFRR PREANWIIGV VLIILGMAEG FMGYSLPDDL L SGVGLRIM ...文字列:
MSLATVGNNL DSRYTMASGI RRQINKVFPT HWSFMLGEIA LYSFIVLLLT GVYLTLFFDP SITKVIYDGG YLPLNGVEMS RAYATALDI SFEVRGGLFI RQMHHWAALL FVVSMLVHML RIFFTGAFRR PREANWIIGV VLIILGMAEG FMGYSLPDDL L SGVGLRIM SAIIVGLPII GTWMHWLIFG GDFPSDLMLD RFYIAHVLII PAILLGLIAA HLALVWYQKH TQFPGAGRTE NN VIGIRIM PLFAVKAVAF GLIVFGFLAL LAGVTTINAI WNLGPYNPSQ VSAGSQPDVY MLWTDGAARV MPAWELYLGN YTI PAVFWV AVMLGILVVL LVTYPFIERK FTGDDAHHNL LQRPRDVPVR TSLGVMALVF YILLTVSGGN DVYAMQFHVS LNAM TWIGR IGLIVGPAIA YFITYRLCIG LQRSDREVLE HGIETGIIKQ MPNGAFIEVH QPLGPVDDHG HPIPLPYAGA AVPKQ MNQL GYAEVETRGG FFGPDPEDIR AKAKEIEHAN HIEEANTLRA LNEANIERDK NEGKN

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #10: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 29.89885 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MAKPSAKKVK NRRKVRRTVA GALALTIGLS GAGILATAIT PDAQVATAQR DDQALISEGK DLYDVACITC HGVNLQGVED RGPSLVGVG EGAVYFQVHS GRMPILRNEA QAERKAPRYT EAQTLAIAAY VAANGGGPGL VYNEDGTLAM EELRGENYDG Q ITSADVAR ...文字列:
MAKPSAKKVK NRRKVRRTVA GALALTIGLS GAGILATAIT PDAQVATAQR DDQALISEGK DLYDVACITC HGVNLQGVED RGPSLVGVG EGAVYFQVHS GRMPILRNEA QAERKAPRYT EAQTLAIAAY VAANGGGPGL VYNEDGTLAM EELRGENYDG Q ITSADVAR GGDLFRLNCA SCHNFTGRGG ALSSGKYAPN LDAANEQEIY QAMLTGPQNM PKFSDRQLSA DEKKDIIAFI KS TKETPSP GGYSLGSLGP VAEGLFMWVF GILVLVAAAM WIGSRS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #11: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)

分子名称: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 1.823254 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
C(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #12: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE)

分子名称: Co-purified unknown peptide built as polyALA (AscE) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 1.908359 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
C(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)

分子名称: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 8.373271 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MFPEFERMYD MANVEKKHFV DPAWPEHNPA DGHVVTELIS KVAGASSPWG DDKEFPVSAE ETGYVHPYTR INR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Hypothetical membrane protein

分子名称: Hypothetical membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 6.628905 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MYMGKSFALL VLGAIILAGG VWYTIEVGYS VMAIVAALIM AAGGGIITWG LAVAADVNSP TSHKI

UniProtKB: Hypothetical membrane protein

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 14 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

分子名称: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 16 / 式: 7PH
分子量理論値: 564.732 Da
Chemical component information

ChemComp-7PH:
(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

+
分子 #17: TRIDECANE

分子名称: TRIDECANE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 18 / 式: TRD
分子量理論値: 184.361 Da
Chemical component information

ChemComp-TRD:
TRIDECANE / トリデカン

+
分子 #18: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

分子名称: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: 9XX
分子量理論値: 594.992 Da
Chemical component information

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

+
分子 #19: DOCOSANE

分子名称: DOCOSANE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: TWT
分子量理論値: 310.601 Da
Chemical component information

ChemComp-TWT:
DOCOSANE / ドコサン

+
分子 #20: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #22: HEME-AS

分子名称: HEME-AS / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: HAS
分子量理論値: 920.954 Da
Chemical component information

ChemComp-HAS:
HEME-AS

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #25: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 6 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #26: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

+
分子 #27: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #28: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #29: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65391
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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