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万見
- EMDB-13764: Structure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with mega... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13764
タイトルStructure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with megabody 177 bound to non-hydrolysable palmitoyl-CoA (Composite Map)
マップデータComposite map generated in Phenix from two focus refined maps.
試料
  • 複合体: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177
    • 複合体: Megabody 177
      • タンパク質・ペプチド: Megabody 177
    • 複合体: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA
      • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PALMITIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
: / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Coupland C / Carrique L / Siebold C
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC20724/A26752European Union
Cancer Research UKC20724/A14414European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T01508X/1European Union
European Research Council (ERC)647278European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure, mechanism, and inhibition of Hedgehog acyltransferase.
著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas ...著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas Lanyon-Hogg / Mark S P Sansom / Edward W Tate / Christian Siebold /
要旨: The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate ...The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate group to the SHH N terminus, catalyzed by the multi-pass transmembrane enzyme Hedgehog acyltransferase (HHAT). We present the high-resolution cryo-EM structure of HHAT bound to substrate analog palmityl-coenzyme A and a SHH-mimetic megabody, revealing a heme group bound to HHAT that is essential for HHAT function. A structure of HHAT bound to potent small-molecule inhibitor IMP-1575 revealed conformational changes in the active site that occlude substrate binding. Our multidisciplinary analysis provides a detailed view of the mechanism by which HHAT adapts the membrane environment to transfer an acyl chain across the endoplasmic reticulum membrane. This structure of a membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) superfamily member provides a blueprint for other protein-substrate MBOATs and a template for future drug discovery.
履歴
登録2021年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13764.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map generated in Phenix from two focus refined maps.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.59 Å		1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.59 Å		1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.59 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1053 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.8
最小 - 最大-31.063755 - 61.287067
平均 (標準偏差)5.131777e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 331.59 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...

全体名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177
要素
  • 複合体: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177
    • 複合体: Megabody 177
      • タンパク質・ペプチド: Megabody 177
    • 複合体: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA
      • タンパク質・ペプチド: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...

超分子名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Megabody 177

超分子名称: Megabody 177 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: WK6 / 組換プラスミド: pMESP23E2

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超分子 #3: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...

超分子名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI-/- / 組換プラスミド: pHR-CMV-TetO2

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分子 #1: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT

分子名称: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.56616 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL ...文字列:
MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL LQFTLTVRCL YYTNFSLELC WQQLPAASTS YSFPWMLAYV FYYPVLHNGP ILSFSEFIKQ MQQQEHDSLK AS LCVLALG LGRLLCWWWL AELMAHLMYM HAIYSSIPLL ETVSCWTLGG LALAQVLFFY VKYLVLFGVP ALLMRLDGLT PPA LPRCVS TMFSFTGMWR YFDVGLHNFL IRYVYIPVGG SQHGLLGTLF STAMTFAFVS YWHGGYDYLW (P1L)WAALNWLGV TVENGVRRL VETPCIQDSL ARYFSPQARR RFHAALASCS TSMLILSNLV FLGGNEVGKT YWNRIFIQGW PWVTLSVLGF L YCYSHVGI AWAQTYATDG TETSQVAPA

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分子 #2: Megabody 177

分子名称: Megabody 177 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 102.601586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLVESG GGLVKEETQS GLNNYARVVE KGQYDSLEIP AQVAASWESG RDDAAVFGFI DKEQLDKYV ANGGKRSDWT VKFAENRSQD GTLLGYSLLQ ESVDQASYMY SDNHYLAEMA TILGKPEEAK RYRQLAQQLA D YINTCMFD ...文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLVESG GGLVKEETQS GLNNYARVVE KGQYDSLEIP AQVAASWESG RDDAAVFGFI DKEQLDKYV ANGGKRSDWT VKFAENRSQD GTLLGYSLLQ ESVDQASYMY SDNHYLAEMA TILGKPEEAK RYRQLAQQLA D YINTCMFD PTTQFYYDVR IEDKPLANGC AGKPIVERGK GPEGWSPLFN GAATQANADA VVKVMLDPKE FNTFVPLGTA AL TNPAFGA DIYWRGRVWV DQFWFGLKGM ERYGYRDDAL KLADTFFRHA KGLTADGPIQ ENYNPLTGAQ QGAPNFSWSA AHL YMLYND FFRKQASGGG SGGGGSGGGG SGNADNYKNV INRTGAPQYM KDYDYDDHQR FNPFFDLGAW HGHLLPDGPN TMGG FPGVA LLTEEYINFM ASNFDRLTVW QDGKKVDFTL EAYSIPGALV QKLTAKDVQV EMTLRFATPR TSLLETKITS NKPLD LVWD GELLEKLEAK EGKPLSDKTI AGEYPDYQRK ISATRDGLKV TFGKVRATWD LLTSGESEYQ VHKSLPVQTE INGNRF TSK AHINGSTTLY TTYSHLLTAQ EVSKEQMQIR DILARPAFYL TASQQRWEEY LKKGLTNPDA TPEQTRVAVK AIETLNG NW RSPGGAVKFN TVTPSVTGRW FSGNQTWPWD TWKQAFAMAH FNPDIAKENI RAVFSWQIQP GDSVRPQDVG FVPDLIAW N LSPERGGDGG NWNERNTKPS LAAWSVMEVY NVTQDKTWVA EMYPKLVAYH DWWLRNRDHN GNGVPEYGAT RDKAHNTES GEMLFTVKKS LRLSCTASGA IFSTYDVSWY RQAPEKPREL VAIITRGGNT HYADTVKGRF TISRDNAKKT VNLQMNSLKP EDTAVYYCH AGVQGAMLGP RNYWGQGTQV TVSSHHHHHH

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #5: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-ph...

分子名称: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl] ...名称: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HD6
分子量理論値: 991.959 Da
Chemical component information

ChemComp-HD6:
[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mM16:0 Ether Coenzyme AC37H77N10O16P3S
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3637 / 平均電子線量: 54.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 977000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.1) / 使用した粒子像数: 238000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 56
得られたモデル

PDB-7q1u:
Structure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with megabody 177 bound to non-hydrolysable palmitoyl-CoA (Composite Map)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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