+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13691 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of mammalian acylaminoacyl-peptidase | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | acylaminoacyl-peptidase / tetramer / aclypeptide-hydrolase / oxidized protein hydrolase / serine-protease / HYDROLASE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kiss-Szeman AJ / Harmat V | ||||||||||||||||||
資金援助 | ハンガリー, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of acylpeptide hydrolase reveals substrate selection by multimerization and a multi-state serine-protease triad. 著者: Anna J Kiss-Szemán / Pál Stráner / Imre Jákli / Naoki Hosogi / Veronika Harmat / Dóra K Menyhárd / András Perczel / 要旨: The first structure of tetrameric mammalian acylaminoacyl peptidase, an enzyme that functions as an upstream regulator of the proteasome through the removal of terminal -acetylated residues from its ...The first structure of tetrameric mammalian acylaminoacyl peptidase, an enzyme that functions as an upstream regulator of the proteasome through the removal of terminal -acetylated residues from its protein substrates, was determined by cryo-EM and further elucidated by MD simulations. Self-association results in a toroid-shaped quaternary structure, guided by an amyloidogenic β-edge and unique inserts. With a Pro introduced into its central β-sheet, sufficient conformational freedom is awarded to the segment containing the catalytic Ser587 that the serine protease catalytic triad alternates between active and latent states. Active site flexibility suggests that the dual function of catalysis and substrate selection are fulfilled by a novel mechanism: substrate entrance is regulated by flexible loops creating a double-gated channel system, while binding of the substrate to the active site is required for stabilization of the catalytic apparatus - as a second filter before hydrolysis. The structure not only underlines that within the family of S9 proteases homo-multimerization acts as a crucial tool for substrate selection, but it will also allow drug design targeting of the ubiquitin-proteasome system. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13691.map.gz | 11.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-13691-v30.xml emd-13691.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13691.png | 224.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13691.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13691 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13691_validation.pdf.gz | 391 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_13691_full_validation.pdf.gz | 390.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13691_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13691_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7px8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Homotetramer of acylaminoacyl-peptidase
全体 | 名称: Homotetramer of acylaminoacyl-peptidase |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homotetramer of acylaminoacyl-peptidase
超分子 | 名称: Homotetramer of acylaminoacyl-peptidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: liver |
-分子 #1: Acylamino-acid-releasing enzyme
分子 | 名称: Acylamino-acid-releasing enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) |
分子量 | 理論値: 81.324391 KDa |
配列 | 文字列: MERQVLLSEP EEAAALYRGL SRQPALSAAC LGPEVTTQYG GRYRTVHTEW TQRDLERMEN IRFCRQYLVF HDGDSVVFAG PAGNSVETR GELLSRESPS GTMKAVLRKA GGTGTAEEKQ FLEVWEKNRK LKSFNLSALE KHGPVYEDDC FGCLSWSHSE T HLLYVADK ...文字列: MERQVLLSEP EEAAALYRGL SRQPALSAAC LGPEVTTQYG GRYRTVHTEW TQRDLERMEN IRFCRQYLVF HDGDSVVFAG PAGNSVETR GELLSRESPS GTMKAVLRKA GGTGTAEEKQ FLEVWEKNRK LKSFNLSALE KHGPVYEDDC FGCLSWSHSE T HLLYVADK KRPKAESFFQ TKALDVTGSD DEMARTKKPD QAIKGDQFLF YEDWGENMVS KSTPVLCVLD IESGNISVLE GV PESVSPG QAFWAPGDTG VVFVGWWHEP FRLGIRFCTN RRSALYYVDL TGGKCELLSD ESVAVTSPRL SPDQCRIVYL RFP SLVPHQ QCGQLCLYDW YTRVTSVVVD IVPRQLGEDF SGIYCSLLPL GCWSADSQRV VFDSPQRSRQ DLFAVDTQMG SVTS LTAGG SGGSWKLLTI DRDLMVVQFS TPSVPPSLKV GFLPPAGKEQ AVSWVSLEEA EPFPDISWSI RVLQPPPQQE HVQYA GLDF EAILLQPSNS PEKTQVPMVV MPHGGPHSSF VTAWMLFPAM LCKMGFAVLL VNYRGSTGFG QDSILSLPGN VGHQDV KDV QFAVEQVLQE EHFDAGRVAL MGGSHGGFLS CHLIGQYPET YSACVVRNPV INIASMMGST DIPDWCMVEA GFSYSSD CL PDLSVWAAML DKSPIKYAPQ VKTPLLLMLG QEDRRVPFKQ GMEYYRVLKA RNVPVRLLLY PKSTHALSEV EVESDSFM N AVLWLCTHLG S UniProtKB: Acylamino-acid-releasing enzyme |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: TRIS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.015 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1157 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50604 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |