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万見
- EMDB-13608: Focused reconstruction of Haliangium ochraceum encapsulated ferri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13608
タイトルFocused reconstruction of Haliangium ochraceum encapsulated ferritin cargo within the encapsulin nano compartment
マップデータCryroSPARC map
試料
  • 複合体: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
    • 複合体: Encapsulin nano compartment
      • タンパク質・ペプチド: Haliangium ochraceum encapsulin
      • タンパク質・ペプチド: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Marles-Wright J / Basle A / Ross J / Clarke DJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N005570/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Pore dynamics and asymmetric cargo loading in an encapsulin nanocompartment.
著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / ...著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / Kevin J Waldron / Marcus D Wilson / C Logan Mackay / Arnaud Baslé / David J Clarke / Jon Marles-Wright /
要旨: Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin ...Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin complex using cryo-electron microscopy and hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to gain insight into the structural relationship between the encapsulin shell and its protein cargo. An asymmetric single-particle reconstruction reveals four encapsulated ferritin decamers in a tetrahedral arrangement within the encapsulin nanocompartment. This leads to a symmetry mismatch between the protein cargo and the icosahedral encapsulin shell. The encapsulated ferritin decamers are offset from the interior face of the encapsulin shell. Using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry, we observed the dynamic behavior of the major fivefold pore in the encapsulin shell and show the pore opening via the movement of the encapsulin A-domain. These data will accelerate efforts to engineer the encapsulation of heterologous cargo proteins and to alter the permeability of the encapsulin shell via pore modifications.
履歴
登録2021年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2022年8月3日-
現状2022年8月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryroSPARC map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.652 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.07714641 - 0.2058275
平均 (標準偏差)0.0004760953 (±0.0051814537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 312.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13608_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_13608_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_13608_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_13608_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulat...

全体名称: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
要素
  • 複合体: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
    • 複合体: Encapsulin nano compartment
      • タンパク質・ペプチド: Haliangium ochraceum encapsulin
      • タンパク質・ペプチド: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin

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超分子 #1: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulat...

超分子名称: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Complex produced by co-expression in E. coli
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 1.8 MDa

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超分子 #2: Encapsulin nano compartment

超分子名称: Encapsulin nano compartment / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: Haliangium ochraceum encapsulin

分子名称: Haliangium ochraceum encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDLLKRHLAP IVPDAWSAID EEAKEIFQGH LAGRKLVDFR GPFGWEYAAV NTGELRPIDD TPEDVDMKL RQVQPLAEVR VPFTLDVTEL DSVARGATNP DLDDVARAAE RMVEAEDSAI F HGWAQAGI KGIVDSTPHE ALAVASVSDF PRAVLSAADT LRKAGVTGPY ...文字列:
MDLLKRHLAP IVPDAWSAID EEAKEIFQGH LAGRKLVDFR GPFGWEYAAV NTGELRPIDD TPEDVDMKL RQVQPLAEVR VPFTLDVTEL DSVARGATNP DLDDVARAAE RMVEAEDSAI F HGWAQAGI KGIVDSTPHE ALAVASVSDF PRAVLSAADT LRKAGVTGPY ALVLGPKAYD DL FAATQDG YPVAKQVQRL VVDGPLVRAN ALAGALVMSM RGGDYELTVG QDLSIGYAFH DRS KVELFV AESFTFRVLE PGAAVHLRYA

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分子 #2: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin

分子名称: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSSEQLHEPA ELLSEETKNM HRALVTLIEE LEAVDWYQQR ADACSEPGLH DVLIHNKNEE VEHAMMTLE WIRRRSPVFD AHMRTYLFTE RPILELEEED TGSSSSVAAS PTSAPSHGSL G IGSLRQEG KED

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHEPES

詳細: Solutions were prepared with MilliQ water and filtered using a 0.22 um filter.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot force -5, wait time 10 seconds and blot time of 3 seconds.
詳細Sample mono disperse as determined by SEC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8109 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.509 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 335921
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), cryoSPARC (ver. 3.2))
詳細: CTF correction after motion correction followed by CFT refinement after 3D Refinement.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
詳細: Homogeneous masked 3D refinementment in CryoSPARC on D2 symmetry expanded particle set
使用した粒子像数: 13335780
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 詳細: Five initial models produced in CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 60000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Heterogeneous refinement of five ab initio models
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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