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万見
- EMDB-13586: Cryo-electron tomography of ASC signalling sites in pyroptotic ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13586
タイトルCryo-electron tomography of ASC signalling sites in pyroptotic cells (2)
マップデータCryo-ET of ASC-mCerulean speck in iBMDMs
試料
  • 細胞: FIB milled iBMDMs
キーワードASC-mCerulean speck / PROTEIN FIBRIL
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Liu Y / Modis Y / Alemayehu H / Hopkins LJ / Borgeaud AC / Heroven C / Howe JD / Boulanger J / Bryant CE / Zhai H
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron tomography of NLRP3-activated ASC complexes reveals organelle co-localization.
著者: Yangci Liu / Haoming Zhai / Helen Alemayehu / Jérôme Boulanger / Lee J Hopkins / Alicia C Borgeaud / Christina Heroven / Jonathan D Howe / Kendra E Leigh / Clare E Bryant / Yorgo Modis /
要旨: NLRP3 induces caspase-1-dependent pyroptotic cell death to drive inflammation. Aberrant activity of NLRP3 occurs in many human diseases. NLRP3 activation induces ASC polymerization into a single, ...NLRP3 induces caspase-1-dependent pyroptotic cell death to drive inflammation. Aberrant activity of NLRP3 occurs in many human diseases. NLRP3 activation induces ASC polymerization into a single, micron-scale perinuclear punctum. Higher resolution imaging of this signaling platform is needed to understand how it induces pyroptosis. Here, we apply correlative cryo-light microscopy and cryo-electron tomography to visualize ASC/caspase-1 in NLRP3-activated cells. The puncta are composed of branched ASC filaments, with a tubular core formed by the pyrin domain. Ribosomes and Golgi-like or endosomal vesicles permeate the filament network, consistent with roles for these organelles in NLRP3 activation. Mitochondria are not associated with ASC but have outer-membrane discontinuities the same size as gasdermin D pores, consistent with our data showing gasdermin D associates with mitochondria and contributes to mitochondrial depolarization.
履歴
登録2021年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 450 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-ET of ASC-mCerulean speck in iBMDMs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.58 Å
密度
最小 - 最大-114.357119999999995 - 93.054665
平均 (標準偏差)0.0029086974 (±16.782791)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin007
サイズ1440102480
Spacing1024144080
セルA: 13905.92 Å / B: 19555.2 Å / C: 1086.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FIB milled iBMDMs

全体名称: FIB milled iBMDMs
要素
  • 細胞: FIB milled iBMDMs

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超分子 #1: FIB milled iBMDMs

超分子名称: FIB milled iBMDMs / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: DMEM medium supplemented with 10% heat-inactivated FBS (Gibco)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 1500 / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: Lamella were made using a Scios DualBeam FIB/SEM (FEI) equipped with a Quorum cryo-stage (PP3010T). Rough milling was performed using 0.5 to 0.1 nA current. Fine ...集束イオンビーム - 詳細: Lamella were made using a Scios DualBeam FIB/SEM (FEI) equipped with a Quorum cryo-stage (PP3010T). Rough milling was performed using 0.5 to 0.1 nA current. Fine milling was done using 50 to 10 pA current..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 121 / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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