EMDB-13585: Cryo-electron tomography of ASC signalling sites in pyroptotic cells

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-13585

タイトル

Cryo-electron tomography of ASC signalling sites in pyroptotic cells

マップデータ

試料

細胞: FIB milled iBMDMs

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Liu Y / Zhai H / Alemayehu H / Hopkins LJ / Borgeaud AC / Heroven C / Howe JD / Boulanger J / Bryant CE / Modis Y

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron tomography of ASC signalling sites in pyroptotic cells
著者: Liu Y / Zhai H / Alemayehu H / Hopkins LJ / Borgeaud AC / Heroven C / Howe JD / Boulanger J / Bryant CE / Modis Y

履歴

登録	2021年9月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年9月28日	-
マップ公開	2022年9月28日	-
更新	2022年9月28日	-
現状	2022年9月28日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_13585.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_13585.map.gz	704.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-13585-v30.xml emd-13585.xml	9.4 KB 9.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_13585.png	190.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13585 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13585	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_13585_validation.pdf.gz	397.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_13585_full_validation.pdf.gz	397.4 KB	表示
XML形式データ	emd_13585_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_13585_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13585 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13585	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_13585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 760.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	13.58 Å/pix. x 148 pix. = 2009.84 Å	13.58 Å/pix. x 1315 pix. = 17857.699 Å	13.58 Å/pix. x 1024 pix. = 13905.92 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 13.58 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-40.850227 - 37.43507
平均 (標準偏差)	0.0003896798 (±5.07909)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : FIB milled iBMDMs

全体	名称: FIB milled iBMDMs
要素	細胞: FIB milled iBMDMs

-
超分子 #1: FIB milled iBMDMs

超分子	名称: FIB milled iBMDMs / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4 詳細: DMEM medium supplemented with 10% heat-inactivated FBS (Gibco)
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 1 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1500 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 nm / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 200 nm 集束イオンビーム - 詳細: Lamella were made using a Scios DualBeam FIB/SEM (FEI) equipped with a Quorum cryo-stage (PP3010T). Rough milling was performed using 0.5 to 0.1 nA current. Fine ...集束イオンビーム - 詳細: Lamella were made using a Scios DualBeam FIB/SEM (FEI) equipped with a Quorum cryo-stage (PP3010T). Rough milling was performed using 0.5 to 0.1 nA current. Fine milling was done using 50 to 10 pA current..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 121 / 平均電子線量: 1.3 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 100
CTF補正	ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.10.20)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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