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- EMDB-13577: Alpha-synuclein amyloid fibres incubated with DNAJB1, Hsc70, and ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13577
タイトルAlpha-synuclein amyloid fibres incubated with DNAJB1, Hsc70, and ATP
マップデータAlpha-synuclein incubated with DNAJB1, Hsc70, and ATP. Small clusters of chaperones bound to the fibres are interspersed with sparse decoration.
試料
  • 複合体: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Monistrol J / Saibil HR
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Cooperative amyloid fibre binding and disassembly by the Hsp70 disaggregase.
著者: Joseph George Beton / Jim Monistrol / Anne Wentink / Erin C Johnston / Anthony John Roberts / Bernd Gerhard Bukau / Bart W Hoogenboom / Helen R Saibil /
要旨: Although amyloid fibres are highly stable protein aggregates, a specific combination of human Hsp70 system chaperones can disassemble them, including fibres formed of α-synuclein, huntingtin, or Tau. ...Although amyloid fibres are highly stable protein aggregates, a specific combination of human Hsp70 system chaperones can disassemble them, including fibres formed of α-synuclein, huntingtin, or Tau. Disaggregation requires the ATPase activity of the constitutively expressed Hsp70 family member, Hsc70, together with the J domain protein DNAJB1 and the nucleotide exchange factor Apg2. Clustering of Hsc70 on the fibrils appears to be necessary for disassembly. Here we use atomic force microscopy to show that segments of in vitro assembled α-synuclein fibrils are first coated with chaperones and then undergo bursts of rapid, unidirectional disassembly. Cryo-electron tomography and total internal reflection fluorescence microscopy reveal fibrils with regions of densely bound chaperones, preferentially at one end of the fibre. Sub-stoichiometric amounts of Apg2 relative to Hsc70 dramatically increase recruitment of Hsc70 to the fibres, creating localised active zones that then undergo rapid disassembly at a rate of ~ 4 subunits per second. The observed unidirectional bursts of Hsc70 loading and unravelling may be explained by differences between the two ends of the polar fibre structure.
履歴
登録2021年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Alpha-synuclein incubated with DNAJB1, Hsc70, and ATP. Small clusters of chaperones bound to the fibres are interspersed with sparse decoration.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.52 Å/pix.
x 241 pix.
= 2053.32 Å		8.52 Å/pix.
x 1368 pix.
= 11655.36 Å		8.52 Å/pix.
x 1022 pix.
= 8707.44 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-4567.2305 - 3084.7988
平均 (標準偏差)96.82991 (±101.19708)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin183-210142
サイズ13681022241
Spacing10221368241
セルA: 8707.44 Å / B: 11655.36 Å / C: 2053.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones

全体名称: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones
要素
  • 複合体: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones

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超分子 #1: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones

超分子名称: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1 and Hsc70 chaperones
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mmol/LHEPES
50.0 mmol/LKClpotassium chloride
5.0 mmol/LMgCl2magnesium chloride
2.0 mmol/LDTT1,4-Dithiothreitol
5.0 mmol/LATPadenosine 5'-triphosphate
6.0 mmol/LPEPphosphoenol-pyruvate
20.0 ng/uLpyruvate kinase
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 150.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.0) / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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