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- EMDB-1357: Structure of the mitochondrial ATP synthase by electron cryomicro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1357
タイトルStructure of the mitochondrial ATP synthase by electron cryomicroscopy.
マップデータ3-D model of detergent solubilized bovine ATP synthase
試料
  • 試料: Bovine mitochondrial ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: x 15種
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Rubinstein JL / Walker JE / Henderson R
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Structure of the mitochondrial ATP synthase by electron cryomicroscopy.
著者: John L Rubinstein / John E Walker / Richard Henderson /
要旨: We have determined the structure of intact ATP synthase from bovine heart mitochondria by electron cryomicroscopy of single particles. Docking of an atomic model of the F1-c10 subcomplex into a major ...We have determined the structure of intact ATP synthase from bovine heart mitochondria by electron cryomicroscopy of single particles. Docking of an atomic model of the F1-c10 subcomplex into a major segment of the map has allowed the 32 A resolution density to be interpreted as the F1-ATPase, a central and a peripheral stalk and an FO membrane region that is composed of two domains. One domain of FO corresponds to the ring of c-subunits, and the other probably contains the a-subunit, the transmembrane portion of the b-subunit and the remaining integral membrane proteins of FO. The peripheral stalk wraps around the molecule and connects the apex of F1 to the second domain of FO. The interaction of the peripheral stalk with F1-c10 implies that it binds to a non-catalytic alpha-beta interface in F1 and its inclination where it is not attached to F1 suggests that it has a flexible region that can serve as a stator during both ATP synthesis and ATP hydrolysis.
履歴
登録2007年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年5月9日-
マップ公開2007年5月9日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.167303869
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.167303869
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1qo1
  • 表面レベル: 0.167303869
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1357.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3-D model of detergent solubilized bovine ATP synthase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0799 / ムービー #1: 0.1673039
最小 - 最大-0.14835 - 0.899798
平均 (標準偏差)0.01476 (±0.0974465)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1480.9000.015

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine mitochondrial ATP synthase

全体名称: Bovine mitochondrial ATP synthase
要素
  • 試料: Bovine mitochondrial ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: alpha
  • タンパク質・ペプチド: beta
  • タンパク質・ペプチド: gamma
  • タンパク質・ペプチド: delta
  • タンパク質・ペプチド: epsilon
  • タンパク質・ペプチド: a
  • タンパク質・ペプチド: b
  • タンパク質・ペプチド: c
  • タンパク質・ペプチド: d
  • タンパク質・ペプチド: e
  • タンパク質・ペプチド: f
  • タンパク質・ペプチド: g
  • タンパク質・ペプチド: F6
  • タンパク質・ペプチド: OSCP
  • タンパク質・ペプチド: A6L

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超分子 #1000: Bovine mitochondrial ATP synthase

超分子名称: Bovine mitochondrial ATP synthase / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Kept in solution with Brij-35 detergent / 集合状態: multisubunit complex / Number unique components: 15
分子量理論値: 660 KDa

+
分子 #1: alpha

分子名称: alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 3 copies / 集合状態: Multiprotein complex / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow / 組織: Bovine Heart / Organelle: Mitochondrial / 細胞中の位置: Inner mitochondrial membrane
分子量実験値: 54.39 KDa / 理論値: 54.39 KDa

+
分子 #2: beta

分子名称: beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: 3 copies / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 51.705 KDa / 理論値: 51.705 KDa

+
分子 #3: gamma

分子名称: gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 30.256 KDa / 理論値: 30.256 KDa

+
分子 #4: delta

分子名称: delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 15.065 KDa / 理論値: 15.065 KDa

+
分子 #5: epsilon

分子名称: epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 5.652 KDa / 理論値: 5.652 KDa

+
分子 #6: a

分子名称: a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 24.788 KDa / 理論値: 24.788 KDa

+
分子 #7: b

分子名称: b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 24.669 KDa / 理論値: 24.669 KDa

+
分子 #8: c

分子名称: c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: 9-12 copies / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 7.608 KDa / 理論値: 7.608 KDa

+
分子 #9: d

分子名称: d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 18.561 KDa / 理論値: 18.561 KDa

+
分子 #10: e

分子名称: e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 8.321 KDa / 理論値: 8.321 KDa

+
分子 #11: f

分子名称: f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 10.166 KDa / 理論値: 10.166 KDa

+
分子 #12: g

分子名称: g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 11.286 KDa / 理論値: 11.286 KDa

+
分子 #13: F6

分子名称: F6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 8.958 KDa / 理論値: 8.958 KDa

+
分子 #14: OSCP

分子名称: OSCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 20.96 KDa / 理論値: 20.96 KDa

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分子 #15: A6L

分子名称: A6L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 7.937 KDa / 理論値: 7.937 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: Tris-HCl, 20 mM Sucrose, 50 mM Magnesium Sulfate, 2 mM EDTA, 1 mM ADP, 2 mM Brij-35, 0.05%(w/v)
グリッド詳細: 400 mesh grid coated with a perforated carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Talmon plunger. Carried out in coldroom
手法: Sample applied from one side and blotted from same side

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 175kx magnification
詳細Digitized with Zeiss SCAI scanner
日付2003年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 101 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles manually selected.
CTF補正詳細: See publication
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN, ROTAN / 使用した粒子像数: 5984

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: Eye. Multiple pdb files fit. See publication.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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