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- EMDB-13564: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13564
タイトルHuman coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
マップデータHuman coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
試料
  • 複合体: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
    • 複合体: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein
    • 複合体: 37F1 antibody Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: 37F1 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 37F1 antibody light chain
キーワードCoronavirus / Glycoprotein / Antibody / Spike / VIRAL PROTEIN
生物種Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hesketh EL / Townend S / Ranson NA / Hurdiss DL
資金援助 オランダ, 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentLSHM19136 オランダ
Other governmentCSC201708620178 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Antigenic structure of the human coronavirus OC43 spike reveals exposed and occluded neutralizing epitopes.
著者: Chunyan Wang / Emma L Hesketh / Tatiana M Shamorkina / Wentao Li / Peter J Franken / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Sarah Townend / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Neil A ...著者: Chunyan Wang / Emma L Hesketh / Tatiana M Shamorkina / Wentao Li / Peter J Franken / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Sarah Townend / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Neil A Ranson / Joost Snijder / Raoul J de Groot / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch /
要旨: Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus ...Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus on viral glycoprotein S, the target for neutralizing antibodies, and provide an in-depth analysis of its antigenic structure. Neutralizing antibodies are directed to the sialoglycan-receptor binding site in S1 domain, but, remarkably, also to S1. The latter block infection yet do not prevent sialoglycan binding. While two distinct neutralizing S1 epitopes are readily accessible in the prefusion S trimer, other sites are occluded such that their accessibility must be subject to conformational changes in S during cell-entry. While non-neutralizing antibodies were broadly reactive against a collection of natural OC43 variants, neutralizing antibodies generally displayed restricted binding breadth. Our data provide a structure-based understanding of protective immunity and adaptive evolution for this endemic coronavirus which emerged in humans long before SARS-CoV-2.
履歴
登録2021年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0015638045 - 1.2310252
平均 (標準偏差)0.001800218 (±0.021110939)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 340.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_13564_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_13564_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_13564_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex w...

全体名称: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
要素
  • 複合体: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
    • 複合体: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein
    • 複合体: 37F1 antibody Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: 37F1 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 37F1 antibody light chain

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超分子 #1: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex w...

超分子名称: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
株: USA/1967
分子量理論値: 583 KDa

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超分子 #2: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain

超分子名称: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 37F1 antibody Fab fragment

超分子名称: 37F1 antibody Fab fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein

分子名称: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)
株: USA/1967
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMAL KGSVLLSRLW FKPPFLSDFI NGIFAKVKNT KVIKDRVMYS EFPAITIGST FVNTSYSVVV QPRTINSTQD GDNKLQGLLE ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMAL KGSVLLSRLW FKPPFLSDFI NGIFAKVKNT KVIKDRVMYS EFPAITIGST FVNTSYSVVV QPRTINSTQD GDNKLQGLLE VSVCQYNMCE YPQTICHPNL GNHRKELWHL DTGVVSCLYK RNFTYDVNAD YLYFHFYQEG GTFYAYFTDT GVVTKFLFNV YLGMALSHYY VMPLTCNSKL TLEYWVTPLT SRQYLLAFNQ DGIIFNAVDC MSDFMSEIKC KTQSIAPPTG VYELNGYTVQ PIADVYRRKP NLPNCNIEAW LNDKSVPSPL NWERKTFSNC NFNMSSLMSF IQADSFTCNN IDAAKIYGMC FSSITIDKFA IPNGRKVDLQ LGNLGYLQSF NYRIDTTATS CQLYYNLPAA NVSVSRFNPS TWNKRFGFIE DSVFKPRPAG VLTNHDVVYA QHCFKAPKNF CPCKLNGSCV GSGPGKNNGI GTCPAGTNYL TCDNLCTPDP ITFTGTYKCP QTKSLVGIGE HCSGLAVKSD YCGGNSCTCR PQAFLGWSAD SCLQGDKCNI FANFILHDVN SGLTCSTDLQ KANTDIILGV CVNYDLYGIL GQGIFVEVNA TYYNSWQNLL YDSNGNLYGF RDYITNRTFM IRSCYSGRVS AAFHANSSEP ALLFRNIKCN YVFNNSLTRQ LQPINYFDSY LGCVVNAYNS TAISVQTCDL TVGSGYCVDY SKNGGSGGAI TTGYRFTNFE PFTVNSVNDS LEPVGGLYEI QIPSEFTIGN MVEFIQTSSP KVTIDCAAFV CGDYAACKSQ LVEYGSFCDN INAILTEVNE LLDTTQLQVA NSLMNGVTLS TKLKDGVNFN VDDINFSPVL GCLGSECSKA SSRSAIEDLL FDKVKLSDVG FVEAYNNCTG GAEIRDLICV QSYKGIKVLP PLLSENQFSG YTLAATSASL FPPWTAAAGV PFYLNVQYRI NGLGVTMDVL SQNQKLIANA FNNALYAIQE GFDATNSALV KIQAVVNANA EALNNLLQQL SNRFGAISAS LQEILSRLDA LEAEAQIDRL INGRLTALNA YVSQQLSDST LVKFSAAQAM EKVNECVKSQ SSRINFCGNG NHIISLVQNA PYGLYFIHFS YVPTKYVTAR VSPGLCIAGD RGIAPKSGYF VNVNNTWMYT GSGYYYPEPI TENNVVVMST CAVNYTKAPY VMLNTSIPNL PDFKEELDQW FKNQTSVAPD LSLDYINVTF LDLLIKRMKQ IEDKIEEIES KQKKIENEIA RIKKIKLVPR GSLEWSHPQF EK

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分子 #2: 37F1 antibody heavy chain

分子名称: 37F1 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSGTLSL TCAVSGGSIS STYNWWSWVR QPPGKGLEWI GEIYHSGNTN YNPSLKSRVT ISVDKSKNQF SLKLSSVTAA DTAVYYCARE DFDWLRDYYY GLDVWGQGTT VTVSS

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分子 #3: 37F1 antibody light chain

分子名称: 37F1 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGIA SFLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYFCQQ LNSYPYTFGQ GTKLEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified OC43 spike ectodomain and the antibody Fab fragments were incubated together for 5 minutes at a 1:1 molar ratio

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細A 30 degree stage tilt was employed during data collection to increase the number of side views visualised due to preferential orientation.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 759 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 635273
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 23452
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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