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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Assembly intermediate of mouse mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RbfA and Mettl15 | ||||||||||||
![]() | Oversampled combined map of local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering | ||||||||||||
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![]() | Assembly intermediate / maturation / biogenesis / small subunit / mitochondrion / RIBOSOME | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / anaphase-promoting complex / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / rRNA base methylation / mitochondrial small ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / anaphase-promoting complex / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / rRNA base methylation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA processing / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||||||||
![]() | Itoh Y / Khawaja A | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation. 著者: Yuzuru Itoh / Anas Khawaja / Ivan Laptev / Miriam Cipullo / Ilian Atanassov / Petr Sergiev / Joanna Rorbach / Alexey Amunts / ![]() ![]() ![]() 要旨: Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) ...Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) intermediates in complex with auxiliary factors, revealing a sequential assembly mechanism. The methyltransferase TFB1M binds to partially unfolded rRNA h45 that is promoted by RBFA, while the mRNA channel is blocked. This enables binding of METTL15 that promotes further rRNA maturation and a large conformational change of RBFA. The new conformation allows initiation factor mtIF3 to already occupy the subunit interface during the assembly. Finally, the mitochondria-specific ribosomal protein mS37 (ref. ) outcompetes RBFA to complete the assembly with the SSU-mS37-mtIF3 complex that proceeds towards mtIF2 binding and translation initiation. Our results explain how the action of step-specific factors modulate the dynamic assembly of the SSU, and adaptation of a unique protein, mS37, links the assembly to initiation to establish the catalytic human mitoribosome. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 652.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 58.1 KB 58.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 13.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 373.7 MB 337.6 MB 337.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pnvMC ![]() 7pntC ![]() 7pnuC ![]() 7pnwC ![]() 7pnxC ![]() 7pnyC ![]() 7pnzC ![]() 7po0C ![]() 7po1C ![]() 7po2C ![]() 7po3C ![]() 7po4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Oversampled combined map of local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.69167 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Combined map of local-masked refined maps without sharpening
ファイル | emd_13553_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Combined map of local-masked refined maps without sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of the overall refinement
ファイル | emd_13553_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of the overall refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of the overall refinement
ファイル | emd_13553_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of the overall refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
+超分子 #1: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
+分子 #1: 12S mitochondrial rRNA
+分子 #2: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
+分子 #3: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
+分子 #4: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
+分子 #5: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
+分子 #6: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
+分子 #7: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
+分子 #8: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
+分子 #9: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
+分子 #10: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
+分子 #11: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
+分子 #12: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
+分子 #13: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
+分子 #14: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
+分子 #15: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
+分子 #16: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
+分子 #17: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
+分子 #18: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
+分子 #19: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
+分子 #20: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
+分子 #21: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
+分子 #22: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
+分子 #23: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
+分子 #24: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
+分子 #25: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
+分子 #26: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
+分子 #27: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
+分子 #28: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
+分子 #29: Aurora kinase A-interacting protein
+分子 #30: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
+分子 #31: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
+分子 #32: 12S rRNA N4-methylcytidine methyltransferase
+分子 #33: MAGNESIUM ION
+分子 #34: POTASSIUM ION
+分子 #35: ZINC ION
+分子 #36: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #37: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #38: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
+分子 #39: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 26468 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |