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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13546 | |||||||||
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タイトル | Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Isupov MN / Gaines M / Daum B | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Electron cryo-microscopy reveals the structure of the archaeal thread filament. 著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Shamphavi Sivabalasarma / Risat Ul Haque / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Patrick Tripp / Alexander Neuhaus / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum / 要旨: Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal ...Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal gene transfer. The model archaeaon Sulfolobus acidocaldarius assembles three filaments of the type-IV pilus superfamily (archaella, archaeal adhesion pili and UV-inducible pili), as well as a so-far uncharacterised fourth filament, named "thread". Here, we report on the cryo-EM structure of the archaeal thread. The filament is highly glycosylated and consists of subunits of the protein Saci_0406, arranged in a head-to-tail manner. Saci_0406 displays structural similarity, but low sequence homology, to bacterial type-I pilins. Thread subunits are interconnected via donor strand complementation, a feature reminiscent of bacterial chaperone-usher pili. However, despite these similarities in overall architecture, archaeal threads appear to have evolved independently and are likely assembled by a distinct mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13546.map.gz | 181.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13546-v30.xml emd-13546.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13546.png | 43.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13546 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13546 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13546_validation.pdf.gz | 311.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13546_full_validation.pdf.gz | 310.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13546_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13546_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13546 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13546 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pnbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Filament
全体 | 名称: Filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Filament
超分子 | 名称: Filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) |
-分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
分子 | 名称: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament. / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) |
分子量 | 理論値: 22.291539 KDa |
組換発現 | 生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) |
配列 | 文字列: MNKKRLLLLS VFLVSVFVPV LVADVIYYYQ GQITVGNVAP PMYFAIQPNG NAKIGNNSNV PSYINAQPSS GGSGFTAQVN ITNATYNYY FNFMGLAVSK TGYIYLAKVA YSYTATNNPI QNATLYIMNQ QGQIVYKYKL IVNGVVNSTL PSTPLQINSG S YIVSLLIV ...文字列: MNKKRLLLLS VFLVSVFVPV LVADVIYYYQ GQITVGNVAP PMYFAIQPNG NAKIGNNSNV PSYINAQPSS GGSGFTAQVN ITNATYNYY FNFMGLAVSK TGYIYLAKVA YSYTATNNPI QNATLYIMNQ QGQIVYKYKL IVNGVVNSTL PSTPLQINSG S YIVSLLIV PYQGTLPKTP SNDLATITVN FGFSPMTASP PPIPLPSP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6272 / 平均電子線量: 42.33 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 31.649 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -103.234 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 188620 |
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Segment selection | 選択した数: 410270 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) ソフトウェア - 詳細: cryoSPARC filament tracer was used to automatically pick particles |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) |
-原子モデル構築 1
詳細 | Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars and an isopeptide link beween main chain nitrogen of the N-terminal D25 and C gamma of N57 from N-2 monomer in the filament. |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-7pnb: |