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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1346 | |||||||||
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タイトル | The eukaryotic translation initiation factors eIF1 and eIF1A induce an open conformation of the 40S ribosome. | |||||||||
![]() | Apo 40S | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
![]() | Passmore LA / Schmeing TM / Maag D / Applefield DJ / Acker MG / Algire MA / Lorsch JR / Ramakrishnan V | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The eukaryotic translation initiation factors eIF1 and eIF1A induce an open conformation of the 40S ribosome. 著者: Lori A Passmore / T Martin Schmeing / David Maag / Drew J Applefield / Michael G Acker / Mikkel A Algire / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / ![]() 要旨: Initiation of translation is the process by which initiator tRNA and the start codon of mRNA are positioned in the ribosomal P site. In eukaryotes, one of the first steps involves the binding of two ...Initiation of translation is the process by which initiator tRNA and the start codon of mRNA are positioned in the ribosomal P site. In eukaryotes, one of the first steps involves the binding of two small factors, eIF1 and eIF1A, to the small (40S) ribosomal subunit. This facilitates tRNA binding, allows scanning of mRNA, and maintains fidelity of start codon recognition. Using cryo-EM, we have obtained 3D reconstructions of 40S bound to both eIF1 and eIF1A, and with each factor alone. These structures reveal that together, eIF1 and eIF1A stabilize a conformational change that opens the mRNA binding channel. Biochemical data reveal that both factors accelerate the rate of ternary complex (eIF2*GTP*Met-tRNA(i)(Met)) binding to 40S but only eIF1A stabilizes this interaction. Our results suggest that eIF1 and eIF1A promote an open, scanning-competent preinitiation complex that closes upon start codon recognition and eIF1 release to stabilize ternary complex binding and clamp down on mRNA. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 199.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 198.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apo 40S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae Apo 40S
全体 | 名称: S. cerevisiae Apo 40S |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. cerevisiae Apo 40S
超分子 | 名称: S. cerevisiae Apo 40S / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-超分子 #1: 40S
超分子 | 名称: 40S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: small ribosomal subunit / 詳細: Purified from Saccharomyces cerevisiae. / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 1.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 7.4, 100 mM potassium acetate, 2.5 mM magnesium acetate, 2 mM DTT |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R2/2, 200 mesh, Cu/Rh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: Samples were diluted to a final concentration of 50 nM or 75 nM immediately before freezing. 4 ul was applied to one side of a glow-discharged grid, blotted on both sides and flash frozen in liquid ethane. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200 000X magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 89 / 平均電子線量: 15 e/Å2 詳細: Micrographs were digitized using a KZA scanner (MRC, Cambridge). |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Particles were manually selected using Ximdisp. |
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CTF補正 | 詳細: Phase flipping |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 29588 |
最終 2次元分類 | クラス数: 490 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 1s1h |
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ソフトウェア | 名称: Situs |
詳細 | Protocol: rigid body. A model of S. cerevisiae 40S (PDB 1S1H) was manually placed in the density using Chimera and refined as a rigid structure using Situs. |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation |