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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13420 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / extracellular region / 細胞膜 / Type 1 encapsulin shell protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Woodward JD | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin 著者: Woodward JD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13420.map.gz | 288.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13420-v30.xml emd-13420.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13420_fsc.xml | 15.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13420.png | 209.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13420 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13420 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7phmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Empty encapsulin nanocompartment
全体 | 名称: Empty encapsulin nanocompartment |
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要素 |
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-超分子 #1: Empty encapsulin nanocompartment
超分子 | 名称: Empty encapsulin nanocompartment / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-28a(+) |
分子量 | 理論値: 1.73 MDa |
-分子 #1: 29 kDa antigen CFP29
分子 | 名称: 29 kDa antigen CFP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv |
分子量 | 理論値: 29.554072 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP ...文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP YSVLLSADVY TKVSETSDHG YPIREHLNRL VDGDIIWAPA IDGAFVLTTR GGDFDLQLGT DVAIGYASHD TD TVRLYLQ ETLTFLCYTA EASVALSHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Eluted in: 50mM Tris-HCl, 350mM NaCl, 10mM Imidazol, 10% v/v glycerol at pH 7.4 and diluted 1:2 in distilled water. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.5 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa 詳細: Glow-discharged using an EMS100X in air: 25 mA at 20 Pa for 30 seconds. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | C-flat 2/2 holey carbon film supported by a standard copper TEM grid and coated with an ultrathin (2-3 nm) continuous carbon film. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14133 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: Data collected in super-resolution mode at 0.53 A/pixel and down-sampled during motion correction to 1.06 A/pixel. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Model was generated ab initio using Buccaneer within the CCPEM package and manually corrected using Coot before being refined using Isolde within ChimeraX and Phenix Real Space Refinement within the CCPEM package. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-7phm: |