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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13403 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of WT ICP1 bacteriophage capsid | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of WT ICP1 bacteriophage capsid | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Vibrio phage ICP1 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Depelteau JS / Briegel A | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: UVC inactivation of pathogenic samples suitable for cryo-EM analysis. 著者: Jamie S Depelteau / Ludovic Renault / Nynke Althof / C Keith Cassidy / Luiza M Mendonça / Grant J Jensen / Guenter P Resch / Ariane Briegel / 要旨: Cryo-electron microscopy has become an essential tool to understand structure and function of biological samples. Especially for pathogens, such as disease-causing bacteria and viruses, insights ...Cryo-electron microscopy has become an essential tool to understand structure and function of biological samples. Especially for pathogens, such as disease-causing bacteria and viruses, insights gained by cryo-EM can aid in developing cures. However, due to the biosafety restrictions of pathogens, samples are often treated by chemical fixation to render the pathogen inert, affecting the ultrastructure of the sample. Alternatively, researchers use in vitro or ex vivo models, which are non-pathogenic but lack the complexity of the pathogen of interest. Here we show that ultraviolet-C (UVC) radiation applied at cryogenic temperatures can be used to eliminate or dramatically reduce the infectivity of Vibrio cholerae and the bacterial virus, the ICP1 bacteriophage. We show no discernable structural impact of this treatment of either sample using two cryo-EM methods: cryo-electron tomography followed by sub-tomogram averaging, and single particle analysis (SPA). Additionally, we applied the UVC irradiation to the protein apoferritin (ApoF), which is a widely used test sample for high-resolution SPA studies. The UVC-treated ApoF sample resulted in a 2.1 Å structure indistinguishable from an untreated published map. This research demonstrates that UVC treatment is an effective and inexpensive addition to the cryo-EM sample preparation toolbox. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13403.map.gz | 179.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13403-v30.xml emd-13403.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13403_fsc.xml | 26.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13403.png | 125.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13403 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13403_validation.pdf.gz | 349.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13403_full_validation.pdf.gz | 348.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13403_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13403_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13403 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of WT ICP1 bacteriophage capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63696 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vibrio phage ICP1
全体 | 名称: Vibrio phage ICP1 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vibrio phage ICP1
超分子 | 名称: Vibrio phage ICP1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 979525 / 生物種: Vibrio phage ICP1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |