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万見
- EMDB-1327: Reconfiguration of yeast 40S ribosomal subunit domains by the tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1327
タイトルReconfiguration of yeast 40S ribosomal subunit domains by the translation initiation multifactor complex.
マップデータReconstruction of the 43S preinitiation complex from S. cerevisiae.
試料
  • 試料: Eukaryotic translation preinitiation complex 43S
  • 複合体: Small subunit
  • RNA: tRNA
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 2
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 1
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 1A
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Gilbert RJC / Gordiyenko Y / von der Haar T / Sonnen AF-P / Hoffman GW / Nardelli M / Stuart DI / McCarthy JEG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2007
タイトル: Reconfiguration of yeast 40S ribosomal subunit domains by the translation initiation multifactor complex.
著者: Robert J C Gilbert / Yulya Gordiyenko / Tobias von der Haar / Andreas F-P Sonnen / Gregor Hofmann / Maria Nardelli / David I Stuart / John E G McCarthy /
要旨: In the process of protein synthesis, the small (40S) subunit of the eukaryotic ribosome is recruited to the capped 5' end of the mRNA, from which point it scans along the 5' untranslated region in ...In the process of protein synthesis, the small (40S) subunit of the eukaryotic ribosome is recruited to the capped 5' end of the mRNA, from which point it scans along the 5' untranslated region in search of a start codon. However, the 40S subunit alone is not capable of functional association with cellular mRNA species; it has to be prepared for the recruitment and scanning steps by interactions with a group of eukaryotic initiation factors (eIFs). In budding yeast, an important subset of these factors (1, 2, 3, and 5) can form a multifactor complex (MFC). Here, we describe cryo-EM reconstructions of the 40S subunit, of the MFC, and of 40S complexes with MFC factors plus eIF1A. These studies reveal the positioning of the core MFC on the 40S subunit, and show how eIF-binding induces mobility in the head and platform and reconfigures the head-platform-body relationship. This is expected to increase the accessibility of the mRNA channel, thus enabling the 40S subunit to convert to a recruitment-competent state.
履歴
登録2007年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年3月6日-
マップ公開2007年4月6日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 22.408501399
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 22.408501399
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1327.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the 43S preinitiation complex from S. cerevisiae.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 21.699999999999999 / ムービー #1: 22.4085014
最小 - 最大-97.400000000000006 - 200.0
平均 (標準偏差)1.93102 (±13.2256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.333.333.33
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.240426.240426.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-97.400200.0001.931

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Eukaryotic translation preinitiation complex 43S

全体名称: Eukaryotic translation preinitiation complex 43S
要素
  • 試料: Eukaryotic translation preinitiation complex 43S
  • 複合体: Small subunit
  • RNA: tRNA
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 2
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 3
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 1
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic translation initiation factor 1A

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超分子 #1000: Eukaryotic translation preinitiation complex 43S

超分子名称: Eukaryotic translation preinitiation complex 43S / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 40S-Met-tRNA-eIF2-GMP-PNP-eIF3-eIF1-eIF1A / Number unique components: 6
分子量理論値: 1.941 MDa

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超分子 #1: Small subunit

超分子名称: Small subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S / 詳細: S. cerevisiae / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 1.4 MDa / 理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 23 KDa / 理論値: 23 KDa

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分子 #2: eukaryotic translation initiation factor 2

分子名称: eukaryotic translation initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF2 / コピー数: 1 / 集合状態: heterotrimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytosol
分子量実験値: 124 KDa / 理論値: 124 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #3: eukaryotic translation initiation factor 3

分子名称: eukaryotic translation initiation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: eIF3 / コピー数: 1 / 集合状態: Heteropentamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytosol
分子量実験値: 362 KDa / 理論値: 362 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #4: eukaryotic translation initiation factor 1

分子名称: eukaryotic translation initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: eIF1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytosol
分子量実験値: 12 KDa / 理論値: 12 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #5: eukaryotic translation initiation factor 1A

分子名称: eukaryotic translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: eIF1A / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Cytosol
分子量実験値: 17 KDa / 理論値: 17 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 38mM HEPES, 135mM KAc, 3.25mM MgAc2, 5mM beta-mercaptoethanol, 10uM GMP-PNP
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with lacey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home-made plunger
手法: Blot with Whatman number 1 paper for 1-2 seconds prior to plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 100,000 x
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 8.33 µm / 実像数: 70 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 11.685 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.055 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected manually.
CTF補正詳細: Per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: IMAGIC, EMAN, FREALIGN, SPIDER, GAP
詳細: Final maps were computed from CTF-corrected (by phase flipping) images, and scaled in Fourier space to a scattering model of the structure.
使用した粒子像数: 27101
最終 角度割当詳細: SPIDER Euler angle convention

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: GAP
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Real space CC and R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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