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- EMDB-1326: Minute virus of mice, a parvovirus, in complex with the Fab fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1326
タイトルMinute virus of mice, a parvovirus, in complex with the Fab fragment of a neutralizing monoclonal antibody.
マップデータMinute
試料
  • 試料: VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment of neutralizing monoclonal antibody B7
  • ウイルス: Minute Virus of Mice virus like particles
  • タンパク質・ペプチド: B7 Fab fragment
生物種Mus (ネズミ) / Minute Virus of Mice virus like particles
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Kaufmann B / Lopez-Bueno A / Garcia-Mateu M / Chipman PR / Nelson CDS / Parrish CR / Almendral JM / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2007
タイトル: Minute virus of mice, a parvovirus, in complex with the Fab fragment of a neutralizing monoclonal antibody.
著者: Bärbel Kaufmann / Alberto López-Bueno / Mauricio G Mateu / Paul R Chipman / Christian D S Nelson / Colin R Parrish / José M Almendral / Michael G Rossmann /
要旨: The structure of virus-like particles of the lymphotropic, immunosuppressive strain of minute virus of mice (MVMi) in complex with the neutralizing Fab fragment of the mouse monoclonal antibody (MAb) ...The structure of virus-like particles of the lymphotropic, immunosuppressive strain of minute virus of mice (MVMi) in complex with the neutralizing Fab fragment of the mouse monoclonal antibody (MAb) B7 was determined by cryo-electron microscopy to 7-A resolution. The Fab molecule recognizes a conformational epitope at the vertex of a three-fold protrusion on the viral surface, thereby simultaneously engaging three symmetry-related viral proteins in binding. The location of the epitope close to the three-fold axis is consistent with the previous analysis of MVMi mutants able to escape from the B7 antibody. The binding site close to the symmetry axes sterically forbids the binding of more than one Fab molecule per spike. MAb as well as the Fab molecules inhibits the binding of the minute virus of mice (MVM) to permissive cells but can also neutralize MVM postattachment. This finding suggests that the interaction of B7 with three symmetry-related viral subunits at each spike hinders structural transitions in the viral capsid essential during viral entry.
履歴
登録2007年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月23日-
マップ公開2007年11月15日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.36049481
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 4.36049481
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1326.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Minute
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47371 Å
密度
表面レベル1: 4.56 / ムービー #1: 4.3604948
最小 - 最大-11.138999999999999 - 16.361000000000001
平均 (標準偏差)-1.00496 (±2.4793)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-140-140-140
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 412.64 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.47371428571431.47371428571431.4737142857143
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z412.640412.640412.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-140-140-140
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-140-140-140
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-11.13916.361-1.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment...

全体名称: VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment of neutralizing monoclonal antibody B7
要素
  • 試料: VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment of neutralizing monoclonal antibody B7
  • ウイルス: Minute Virus of Mice virus like particles
  • タンパク質・ペプチド: B7 Fab fragment

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超分子 #1000: VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment...

超分子名称: VLPs of Minute Virus of Mice strain i complexed with Fab fragment of neutralizing monoclonal antibody B7
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: twenty Fab fragments bind to one icosahedral virus particle
Number unique components: 2
分子量理論値: 4.84 MDa

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超分子 #1: Minute Virus of Mice virus like particles

超分子名称: Minute Virus of Mice virus like particles / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: MVMi / 詳細: icosahedral particle / 生物種: Minute Virus of Mice virus like particles / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: MVMi
宿主別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 3.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP2 protein shell / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: B7 Fab fragment

分子名称: B7 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Fab B7 / 詳細: monomer / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ) / 別称: mouse / 細胞: hybridoma cell line
分子量実験値: 50 KDa
組換発現生物種: hybridoma cell line (unknown)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 100mM NaCl
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: guillotine-style plunge freezing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT at 200K
詳細low dose
日付2003年10月28日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 14 / 平均電子線量: 22 e/Å2 / Od range: 1.15 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.198 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.052 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: EUCENTRIC / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMPFT, POR, P3DR
詳細: final map includes data to 6.8 Ang resolution (fsc 0.3 cut-off); magnification of final map standardized to a map calculated from MVMi model coordinates (PDB accession no 1Z1C) resulting in ...詳細: final map includes data to 6.8 Ang resolution (fsc 0.3 cut-off); magnification of final map standardized to a map calculated from MVMi model coordinates (PDB accession no 1Z1C) resulting in final pixel separation of 1.474Ang
使用した粒子像数: 6375

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: EMFIT SR5
詳細Protocol: rigid body. The atomic coordinates of a Fab B7 homology model were fitted into difference map calculated between the MVM-Fab complex and MVM on its own.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: sum of density at each atomic positon, lack of atoms in negative density, distance restraints

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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