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- EMDB-13248: cryoFIB milling/cryoET of amoeba infected with Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13248
タイトルcryoFIB milling/cryoET of amoeba infected with Legionella pneumophila
マップデータDictyostelium discoideum infected with Legionella pneumophila JR32
試料
  • 細胞: Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Boeck D / Huesler D
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research Council (ERC) スイス
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: The Polar Icm/Dot T4SS Establishes Distinct Contact Sites with the Pathogen Vacuole Membrane.
著者: Désirée Böck / Dario Hüsler / Bernhard Steiner / João M Medeiros / Amanda Welin / Katarzyna A Radomska / Wolf-Dietrich Hardt / Martin Pilhofer / Hubert Hilbi /
要旨: Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' disease, is a facultative intracellular pathogen that survives inside phagocytic host cells by establishing a protected replication niche, ...Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' disease, is a facultative intracellular pathogen that survives inside phagocytic host cells by establishing a protected replication niche, termed the "-containing vacuole" (LCV). To form an LCV and subvert pivotal host pathways, L. pneumophila employs a type IV secretion system (T4SS), which translocates more than 300 different effector proteins into the host cell. The L. pneumophila T4SS complex has been shown to span the bacterial cell envelope at the bacterial poles. However, the interactions between the T4SS and the LCV membrane are not understood. Using cryo-focused ion beam milling, cryo-electron tomography, and confocal laser scanning fluorescence microscopy, we show that up to half of the intravacuolar L. pneumophila bacteria tether their cell pole to the LCV membrane. Tethering coincides with the presence and function of T4SSs and likely promotes the establishment of distinct contact sites between T4SSs and the LCV membrane. Contact sites are characterized by indentations in the limiting LCV membrane and localize juxtaposed to T4SS machineries. The data are in agreement with the notion that effector translocation occurs by close membrane contact rather than by an extended pilus. Our findings provide novel insights into the interactions of the L. pneumophila T4SS with the LCV membrane . Legionnaires' disease is a life-threatening pneumonia, which is characterized by high fever, coughing, shortness of breath, muscle pain, and headache. The disease is caused by the amoeba-resistant bacterium L. pneumophila found in various soil and aquatic environments and is transmitted to humans via the inhalation of small bacteria-containing droplets. An essential virulence factor of L. pneumophila is a so-called "type IV secretion system" (T4SS), which, by injecting a plethora of "effector proteins" into the host cell, determines pathogen-host interactions and the formation of a distinct intracellular compartment, the "-containing vacuole" (LCV). It is unknown how the T4SS makes contact to the LCV membrane to deliver the effectors. In this study, we identify indentations in the host cell membrane in close proximity to functional T4SSs localizing at the bacterial poles. Our work reveals first insights into the architecture of -LCV contact sites.
履歴
登録2021年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月27日-
マップ公開2021年10月27日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_13248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 220.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Dictyostelium discoideum infected with Legionella pneumophila JR32
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.14 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)6.5730047 (±32.463284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1617130
サイズ928960260
Spacing960928260
セルA: 16454.398 Å / B: 15905.92 Å / C: 4456.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z17.13999791666717.1417.14
M x/y/z960928260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16454.39815905.9204456.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS17-16130
NC/NR/NS960928260
D min/max/mean-128.000127.0006.573

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32

全体名称: Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32
要素
  • 細胞: Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32

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超分子 #1: Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32

超分子名称: Acanthamoeba castellanii infected with Legionella pneumophila JR32
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Legionella-containing vacuole (LCV) at 2 hpi in the amoeba host A. castellanii
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) / 株: JR32

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細cryoFIB milling of plunge-frozen infected amoeba and subsequent cryoET of the resulting lamellae
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.025 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 120 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios NanoLab600i. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios NanoLab600i. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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