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- EMDB-1320: Direct visualization of the putative portal in the Kaposi's sarco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1320
タイトルDirect visualization of the putative portal in the Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus capsid by cryoelectron tomography.
マップデータThis is a MRC density map averaged from KSHV A-capsid tomograms. 5-fold symmetry is applied along the unique vertex.
試料
  • 試料: KSHV
  • ウイルス: Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Deng B / O'Connor CM / Kedes DH / Zhou ZH
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2007
タイトル: Direct visualization of the putative portal in the Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus capsid by cryoelectron tomography.
著者: Binbin Deng / Christine M O'Connor / Dean H Kedes / Z Hong Zhou /
要旨: Genetic and biochemical studies have suggested the existence of a bacteriophage-like, DNA-packaging/ejecting portal complex in herpesviruses capsids, but its arrangement remained unknown. Here, we ...Genetic and biochemical studies have suggested the existence of a bacteriophage-like, DNA-packaging/ejecting portal complex in herpesviruses capsids, but its arrangement remained unknown. Here, we report the first visualization of a unique vertex in the Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) capsid by cryoelectron tomography, thus providing direct structural evidence for the existence of a portal complex in a gammaherpesvirus. This putative KSHV portal is an internally localized, umbilicated structure and lacks all of the external machineries characteristic of portals in DNA bacteriophages.
履歴
登録2007年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月5日-
マップ公開2007年6月12日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1320.gif

emd_1320.tif

emd_1320_1.tif

emd_1320_2.tif

emd_1320_3.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a MRC density map averaged from KSHV A-capsid tomograms. 5-fold symmetry is applied along the unique vertex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.86 Å/pix.
x 168 pix.
= 1320.144 Å		7.86 Å/pix.
x 168 pix.
= 1320.144 Å		7.86 Å/pix.
x 168 pix.
= 1320.144 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.858 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.47 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-2.84971 - 4.91305
平均 (標準偏差)0.0705704 (±1.05499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-84-84
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 1320.14 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.8587.8587.858
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1320.1441320.1441320.144
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-84-84-84
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-2.8504.9130.071

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KSHV

全体名称: KSHV
要素
  • 試料: KSHV
  • ウイルス: Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: KSHV

超分子名称: KSHV / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 8

超分子名称: Human herpesvirus 8 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Kaposis sarcoma-associated herpesvirus / NCBI-ID: 37296 / 生物種: Human herpesvirus 8 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Kaposis sarcoma-associated herpesvirus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド詳細: holey carbon 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: plunger / 手法: Blot for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
詳細Tilted from -70 to +70 with 2 degree interval.
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 23000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PROJALIGN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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