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- EMDB-13185: Helical structure of the toxin MakA from Vibrio cholera -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13185
タイトルHelical structure of the toxin MakA from Vibrio cholera
マップデータ
試料
  • 複合体: Vibrio cholera MakA filament
    • タンパク質・ペプチド: MakA tetramer
キーワードPore-forming toxin / Vibrio cholerae / TOXIN
機能・相同性Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / : / membrane / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) / Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Berg A / Nadeem A
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
European Research Council (ERC)948655European Union
Swedish Research Council2018-02914 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01720 スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Protein-lipid interaction at low pH induces oligomerization of the MakA cytotoxin from .
著者: Aftab Nadeem / Alexandra Berg / Hudson Pace / Athar Alam / Eric Toh / Jörgen Ådén / Nikola Zlatkov / Si Lhyam Myint / Karina Persson / Gerhard Gröbner / Anders Sjöstedt / Marta Bally / ...著者: Aftab Nadeem / Alexandra Berg / Hudson Pace / Athar Alam / Eric Toh / Jörgen Ådén / Nikola Zlatkov / Si Lhyam Myint / Karina Persson / Gerhard Gröbner / Anders Sjöstedt / Marta Bally / Jonas Barandun / Bernt Eric Uhlin / Sun Nyunt Wai /
要旨: The α-pore-forming toxins (α-PFTs) from pathogenic bacteria damage host cell membranes by pore formation. We demonstrate a remarkable, hitherto unknown mechanism by an α-PFT protein from . As part ...The α-pore-forming toxins (α-PFTs) from pathogenic bacteria damage host cell membranes by pore formation. We demonstrate a remarkable, hitherto unknown mechanism by an α-PFT protein from . As part of the MakA/B/E tripartite toxin, MakA is involved in membrane pore formation similar to other α-PFTs. In contrast, MakA in isolation induces tube-like structures in acidic endosomal compartments of epithelial cells in vitro. The present study unravels the dynamics of tubular growth, which occurs in a pH-, lipid-, and concentration-dependent manner. Within acidified organelle lumens or when incubated with cells in acidic media, MakA forms oligomers and remodels membranes into high-curvature tubes leading to loss of membrane integrity. A 3.7 Å cryo-electron microscopy structure of MakA filaments reveals a unique protein-lipid superstructure. MakA forms a pinecone-like spiral with a central cavity and a thin annular lipid bilayer embedded between the MakA transmembrane helices in its active α-PFT conformation. Our study provides insights into a novel tubulation mechanism of an α-PFT protein and a new mode of action by a secreted bacterial toxin.
履歴
登録2021年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p3r
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7p3r
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 460 pix.
= 479.32 Å		1.04 Å/pix.
x 460 pix.
= 479.32 Å		1.04 Å/pix.
x 460 pix.
= 479.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.042 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.052981388 - 0.09457739
平均 (標準偏差)0.0002856373 (±0.0043610274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 479.32004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0421.0421.042
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z479.320479.320479.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.0530.0950.000

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添付データ

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追加マップ: additional map 1

ファイルemd_13185_additional_1.map
注釈additional map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: hafl map 2

ファイルemd_13185_half_map_1.map
注釈hafl map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: hafl map 1

ファイルemd_13185_half_map_2.map
注釈hafl map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vibrio cholera MakA filament

全体名称: Vibrio cholera MakA filament
要素
  • 複合体: Vibrio cholera MakA filament
    • タンパク質・ペプチド: MakA tetramer

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超分子 #1: Vibrio cholera MakA filament

超分子名称: Vibrio cholera MakA filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

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分子 #1: MakA tetramer

分子名称: MakA tetramer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
分子量理論値: 39.028582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQQVTQLNP TQQTTQSAFL ATTVITAQCH AILNTQFTPP TVKPDWFDDL SKKLDSAKLV AKQWIDDLGP QVSASIPSSV INFDATFQA SIDAIHELYK ADPTASGKDN TTVQQASQIM TALSSQVSGI EATVKGMNKE LSDWGVKMQA AHDDLVNGAT N IQKTIIDL ...文字列:
MSQQVTQLNP TQQTTQSAFL ATTVITAQCH AILNTQFTPP TVKPDWFDDL SKKLDSAKLV AKQWIDDLGP QVSASIPSSV INFDATFQA SIDAIHELYK ADPTASGKDN TTVQQASQIM TALSSQVSGI EATVKGMNKE LSDWGVKMQA AHDDLVNGAT N IQKTIIDL QTDIESMNNA IDNNRAAIEK LNKDLVYAQV AVGVGIFMLV AGVALTVATA GTAAAVSGGI AAVGAASIIA GG VTWGVLQ NQIDDDYDSI AQEQKQKAED QQQIIALQGL SNASSAVVSA IETSTSVLSD FETTWTVFGN ELDDVVTKLN NGA SMQSII MEKVMSDAAK NEWDDAVELA KQLASAKIAI ETKELAPAVK QAA

UniProtKB: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.5 / 構成要素 - 濃度: 120.0 mM / 構成要素 - 名称: Sodium Citrate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2476 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.84149 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 48.5901 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 65485
Segment selection選択した数: 95603 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: featureless cylinder, created using the helix toolbox in RELION-3.1
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ezv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7p3r:
Helical structure of the toxin MakA from Vibrio cholera

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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