[日本語] English
万見
- EMDB-13149: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13149
タイトルMammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1
マップデータcryoEM reconstruction of T3D orthoreovirus in complex with its neural receptor NgR1
試料
  • 複合体: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1
    • 複合体: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus inner capsid protein lambda1
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus inner capsid protein sigma2
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein lambda2
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein mu1
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein sigma3
    • 複合体: Nogo receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: Nogo receptor 1
キーワードReovirus / NgR1 / complex / receptor / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling ...icosahedral viral capsid / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / negative regulation of axon extension / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / viral outer capsid / corpus callosum development / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of postsynapse assembly / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / axonal growth cone / viral life cycle / positive regulation of GTPase activity / axonogenesis / dendritic shaft / regulation of translation / heparin binding / mRNA guanylyltransferase activity / presynapse / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / perikaryon / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / RNA helicase activity / neuron projection / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / protein-containing complex binding / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) ...Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / : / Inner capsid protein lambda-1/VP3 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / : / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner capsid protein sigma-2 / Outer capsid protein sigma-3 / Outer capsid protein mu-1 / Outer capsid protein lambda-2 / Inner capsid protein lambda-1 / Reticulon-4 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Strebl M / Sutherland DM / Yu X / Hu L / Wang Z / Prasad BVV / Stehle T / Dermody TS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI118887 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: NgR1 binding to reovirus reveals an unusual bivalent interaction and a new viral attachment protein.
著者: Danica M Sutherland / Michael Strebl / Melanie Koehler / Olivia L Welsh / Xinzhe Yu / Liya Hu / Rita Dos Santos Natividade / Jonathan J Knowlton / Gwen M Taylor / Rodolfo A Moreno / Patrick ...著者: Danica M Sutherland / Michael Strebl / Melanie Koehler / Olivia L Welsh / Xinzhe Yu / Liya Hu / Rita Dos Santos Natividade / Jonathan J Knowlton / Gwen M Taylor / Rodolfo A Moreno / Patrick Wörz / Zachery R Lonergan / Pavithra Aravamudhan / Camila Guzman-Cardozo / Sukhleen Kour / Udai Bhan Pandey / David Alsteens / Zhao Wang / B V Venkataram Prasad / Thilo Stehle / Terence S Dermody /
要旨: Nogo-66 receptor 1 (NgR1) binds a variety of structurally dissimilar ligands in the adult central nervous system to inhibit axon extension. Disruption of ligand binding to NgR1 and subsequent ...Nogo-66 receptor 1 (NgR1) binds a variety of structurally dissimilar ligands in the adult central nervous system to inhibit axon extension. Disruption of ligand binding to NgR1 and subsequent signaling can improve neuron outgrowth, making NgR1 an important therapeutic target for diverse neurological conditions such as spinal crush injuries and Alzheimer's disease. Human NgR1 serves as a receptor for mammalian orthoreovirus (reovirus), but the mechanism of virus-receptor engagement is unknown. To elucidate how NgR1 mediates cell binding and entry of reovirus, we defined the affinity of interaction between virus and receptor, determined the structure of the virus-receptor complex, and identified residues in the receptor required for virus binding and infection. These studies revealed that central NgR1 surfaces form a bridge between two copies of viral capsid protein σ3, establishing that σ3 serves as a receptor ligand for reovirus. This unusual binding interface produces high-avidity interactions between virus and receptor to prime early entry steps. These studies refine models of reovirus cell-attachment and highlight the evolution of viruses to engage multiple receptors using distinct capsid components.
履歴
登録2021年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_13149.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM reconstruction of T3D orthoreovirus in complex with its neural receptor NgR1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.74 Å/pix.
x 960 pix.
= 1670.4 Å		1.74 Å/pix.
x 960 pix.
= 1670.4 Å		1.74 Å/pix.
x 960 pix.
= 1670.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-5.2009287 - 5.2649045
平均 (標準偏差)0.00057333807 (±0.37876755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ960960960
Spacing960960960
セルA=B=C: 1670.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: odd half map

ファイルemd_13149_half_map_1.map
注釈odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: even hald map

ファイルemd_13149_half_map_2.map
注釈even hald map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1

全体名称: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1
要素
  • 複合体: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1
    • 複合体: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus inner capsid protein lambda1
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus inner capsid protein sigma2
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein lambda2
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein mu1
      • タンパク質・ペプチド: T3SA- reovirus outer capsid protein sigma3
    • 複合体: Nogo receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: Nogo receptor 1

-
超分子 #1: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1

超分子名称: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex with the neural receptor NgR1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
超分子 #2: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex

超分子名称: Mammalian orthoreovirus T3SA- in complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)

-
超分子 #3: Nogo receptor 1

超分子名称: Nogo receptor 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: T3SA- reovirus inner capsid protein lambda1

分子名称: T3SA- reovirus inner capsid protein lambda1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MKRIPRKTKG KSSGKGNDST ERADDGSSQL RDKQNNKAGP ATTEPGTSNR EQYKARPGIA SVQRATESAE MPMKNNDEGT PDKKGNTKGD LVNEHSEAKD EADEATKKQA KDTDKSKAQV TYSDTGINNA NELSRSGNVD NEGGSNQKPM STRIAEATSA IVSKHPARVG ...文字列:
MKRIPRKTKG KSSGKGNDST ERADDGSSQL RDKQNNKAGP ATTEPGTSNR EQYKARPGIA SVQRATESAE MPMKNNDEGT PDKKGNTKGD LVNEHSEAKD EADEATKKQA KDTDKSKAQV TYSDTGINNA NELSRSGNVD NEGGSNQKPM STRIAEATSA IVSKHPARVG LPPTASSGHG YQCHVCSAVL FSPLDLDAHV ASHGLHGNMT LTSSDIQRHI TEFISSWQNH PIVQVSADVE NKKTAQLLHA DTPRLVTWDA GLCTSFKIVP IVPAQVPQDV LAYTFFTSSY AIQSPFPEAA VSRIVVHTRW ASNVDFDRDS SVIMAPPTEN NIHLFKQLLN TETLSVRGAN PLMFRANVLH MLLEFVLDNL YLNRHTGFSQ DHTPFTEGAN LRSLPGPDAE KWYSIMYPTR MGTPNVSKIC NFVASCVRNR VGRFDRAQMM NGAMSEWVDV FETSDALTVS IRGRWMARLA RMNINPTEIE WALTECAQGY VTVTSPYAPI VNRLMPYRIS NAERQISQII RIMNIGNNAT VIQPVLQDIS VLLQRISPLQ IDPTIISNTM STVSESTTQT LSPASSILGK LRPSNSDFSS FRVALAGWLY NGVVTTVIDD SSYPKDGGSV TSLENLWDFF ILALALPLTT DPCAPVKAFM TLANMMVGFE TIPMDNQIYT QSRRASAFST PHTWPRCFMN IQLISPIDAP ILRQWAEIIH RYWPNPSQIR YGAPNVFGSA NLFTPPEVLL LPIDHQPANV TTPTLDFTNE LTNWRARVCE LMKNLVDNQR YQPGWTQSLV SSMRGTLDKL KLIKSMTPMY LQQLAPVELA VIAPMLPFPP FQVPYVRLDR DRVPTMVGVT RQSRDTITQP ALSLSTTNTT VGVPLALDAR AITVALLSGK YPPDLVTNVW YADAIYPMYA DTEVFSNLQR DMITCEAVQT LVTLVAQISE TQYPVDRYLD WIPSLRASAA TAATFAEWVN TSMKTAFDLS DMLLEPLLSG DPRMTQLAIQ YQQYNGRTFN IIPEMPGSVI ADCVQLTAEV FNHEYNLFGI ARGDIIIGRV QSTHLWSPLA PPPDLVFDRD TPGVHIFGRD CRISFGMNGA APMIRDETGL MVPFEGNWIF PLALWQMNTR YFNQQFDAWI KTGELRIRIE MGAYPYMLHY YDPRQYANAW NLTSAWLEEI TPTSIPSVPF MVPISSDHDI SSAPAVQYII STEYNDRSLF CTNSSSPQTI AGPDKHIPVE RYNILTNPDA PPTQIQLPEV VDLYNVVTRY AYETPPITAV VMGVP

UniProtKB: Inner capsid protein lambda-1

-
分子 #2: T3SA- reovirus inner capsid protein sigma2

分子名称: T3SA- reovirus inner capsid protein sigma2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MARAAFLFKT VGFGGLQNVP INDELSSHLL RAGNSPWQLT QFLDWISLGR GLATSALVPT AGSRYYQMSC LLSGTLQIPF RPNHRWGDIR FLRLVWSAPT LDGLVVAPPQ VLAQPALQAQ ADRVYDCDDY PFLARDPRFK HRVYQQLSAV TLLNLTGFGP ISYVRVDEDM ...文字列:
MARAAFLFKT VGFGGLQNVP INDELSSHLL RAGNSPWQLT QFLDWISLGR GLATSALVPT AGSRYYQMSC LLSGTLQIPF RPNHRWGDIR FLRLVWSAPT LDGLVVAPPQ VLAQPALQAQ ADRVYDCDDY PFLARDPRFK HRVYQQLSAV TLLNLTGFGP ISYVRVDEDM WSGDVNQLLM NYFGHTFAEI AYTLCQASAN RPWEYDGTYA RMTQIVLSLF WLSYVGVIHQ QNTYRTFYFQ CNRRGDAAEV WILSCSLNHS AQIRPGNRSL FVMPTSPDWN MDVNLILSST LTGCLCSGSQ LPLIDNNSVP AVSRNIHGWT GRAGNQLHGF QVRRMVTEFC DRLRRDGVMT QAQQNQVEAL ADQTQQFKRD KLETWAREDD QYNQAHPNST MFRTKPFTNA QWGRGNTGAT SAAIAALI

UniProtKB: Inner capsid protein sigma-2

-
分子 #3: T3SA- reovirus outer capsid protein lambda2

分子名称: T3SA- reovirus outer capsid protein lambda2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREKL RVLKYEVLRI YPISNYSNEH VNVFVANALV GAFLSNQAFY DLLPLLIIND TMIGDLLGTG ASLSQFFQSH GDVLEVAAGR ...文字列:
MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREKL RVLKYEVLRI YPISNYSNEH VNVFVANALV GAFLSNQAFY DLLPLLIIND TMIGDLLGTG ASLSQFFQSH GDVLEVAAGR KYLQMENYSN DDDDPPLFAK DLSDYAKAFY SDTYEVLDRF FWTHDSSAGV LVHYDKPTNG HHYLLGTLTQ MVSAPPYIIN ATDAMLLESC LEQFSANVRA RPAQPVTRLD QCYHLRWGAQ YVGEDSLTYR LGVLSLLATN GYQLARPIPR QLTNRWLSSF VSQIMSDGVN ETPLWPQERY VQIAYDSPSV VDGATQYGYV RKNQLRLGMR ISALQSLSDT PSPVQWLPQY TIDQAAMDEG DLMVSRLTQL PLRPDYGNIW VGDALSYYVD YNRSHRVVLS SELPQLPDTY FDGDEQYGRS LFSLARKIGD RSLVKDTAVL KHAYQAIDPN TGKEYLRSRQ SVAYFGASAG HSGADQPLVI EPWIQGKISG VPPPSSVRQF GYDVARGAIV DLARPFPSGD YQFVYSDVDQ VVDGHDDLSI SSGLVESLLS SCMHATAPGG SFVVKINFPT RPVWHYIEQK ILPNITSYML IKPFVTNNVE LFFVAFGVHQ HSSLTWTSGV YFFLVDHFYR YETLSTISRQ LPSFGYVDDG SSVTGIETIS IENPGFSNMT QAARIGISGL CANVGNARKS IAIYESHGAR VLTITSRRSP ASARRKSRLR YLPLIDPRSL EVQARTILPA DPVLFENVSG ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PATSPVTCVD IRPTAQPSGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCML SLGAAAAGKS MTFDAAFQQL IKVLSKSTAN VVLVQVNCPT DVVRSIKGYL EIDSTNKRYR FPKFGRDEPY SDMDALEKIC RTAWPNCSIT WVPLSYDLRW TRLALLESTT LSSASIRIAE LMYKYMPIMR IDIHGLPMEK RGNFIVGQNC SLVIPGFNAQ DVFNCYFNSA LAFSTEDVNA AMIPQVSAQF DATKGEWTLD MVFSDAGIYT MQALVGSNAN PVSLGSFVVD SPDVDITDAW PAQLDFTIAG TDVDITVNPY YRLMTFVRID GQWQIANPDK FQFFSSASGT LVMNVKLDIA DKYLLYYIRD VQSRDVGFYI QHPLQLLNTI TLPTNEDLFL SAPDMREWAV KESGNTICIL NSQGFVLPQD WDVLTDTISW SPSIPTYIVP PGDYTLTPL

UniProtKB: Outer capsid protein lambda-2

-
分子 #4: T3SA- reovirus outer capsid protein mu1

分子名称: T3SA- reovirus outer capsid protein mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MGNASSIVQT INVTGDGNVF KPSAETSSTA VPSLSLSPGM LNPGGVPWIA VGDETSVTSP GALRRMTSKD IPETAIINTD NSSGAVPSES ALVPYIDEPL VVVTEHAITN FTKAEMALEF NREFLDKMRV LSVSPKYSDL LTYVDCYVGV SARQALNNFQ KQVPVITPTR ...文字列:
MGNASSIVQT INVTGDGNVF KPSAETSSTA VPSLSLSPGM LNPGGVPWIA VGDETSVTSP GALRRMTSKD IPETAIINTD NSSGAVPSES ALVPYIDEPL VVVTEHAITN FTKAEMALEF NREFLDKMRV LSVSPKYSDL LTYVDCYVGV SARQALNNFQ KQVPVITPTR QTMYVDSIQA ALKALEKWEI DLRVAQTLLP TNVPIGEVSC PMQSVVKLLD DQLPDDSLIR RYPKEAAVAL AKRNGGIQWM DVSEGTVMNE AVNAVAASAL APSASAPPLE EKSKLTEQAM DLVTAAEPEI IASLAPVPAP VFAIPPKPAD YNVRTLRIDE ATWLRMIPKS MNTPFQIQVT DNTGTNWHLN LRGGTRVVNL DQIAPMRFVL DLGGKSYKET SWDPNGKKVG FIVFQSKIPF ELWTAASQIG QATVVNYVQL YAEDSSFTAQ SIIATTSLAY NYEPEQLNKT DPEMNYYLLA TFIDSAAITP TNMTQPDVWD ALLTMSPLSA GEVTVKGAVV SEVVPADLIG SYTPESLNAS LPNDAARCMI DRASKIAEAI KIDDDAGPDE YSPNSVPIQG QLAISQLETG YGVRIFNPKG ILSKIASRAM QAFIGDPSTI ITQAAPVLSD KNNWIALAQG VKTSLRTKSL SAGVKTAVSK LSSSESIQNW TQGFLDKVSA HFPAPKPDCP TSGDSGESSN RRVKRDSYAG VVKRGYTR

UniProtKB: Outer capsid protein mu-1

-
分子 #5: T3SA- reovirus outer capsid protein sigma3

分子名称: T3SA- reovirus outer capsid protein sigma3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFADR VTAHWKRGML SFVAQMHEMM NDVSPDDLDR VRTEGGSLVE LNWLQVDPNS MFRSIHSSWT DPLQVVDDLD TKLDQYWTAL ...文字列:
MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFADR VTAHWKRGML SFVAQMHEMM NDVSPDDLDR VRTEGGSLVE LNWLQVDPNS MFRSIHSSWT DPLQVVDDLD TKLDQYWTAL NLMIDSSDLI PNFMMRDPSH AFNGVKLGGD ARQTQFSRTF DSRSSLEWGV MVYDYSELEH DPSKGRAYRK ELVTPARDFG HFGLSHYSRA TTPILGKMPA VFSGMLTGNC KMYPFIKGTA KLKTVRKLVE AVNHAWGVEK IRYALGPGGM TGWYNRTMQQ APIVLTPAAL TMFPDTIKFG DLNYPVMIGD PMILG

UniProtKB: Outer capsid protein sigma-3

-
分子 #6: Nogo receptor 1

分子名称: Nogo receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRASAGGSR LLAWVLWLQA WQVAAPCPGA CVCYNEPKVT TSCPQQGLQA VPVGIPAASQ RIFLHGNRIS HVPAASFRAC RNLTILWLHS NVLARIDAAA FTGLALLEQL DLSDNAQLRS VDPATFHGLG RLHTLHLDRC GLQELGPGLF RGLAALQYLY LQDNALQALP ...文字列:
MKRASAGGSR LLAWVLWLQA WQVAAPCPGA CVCYNEPKVT TSCPQQGLQA VPVGIPAASQ RIFLHGNRIS HVPAASFRAC RNLTILWLHS NVLARIDAAA FTGLALLEQL DLSDNAQLRS VDPATFHGLG RLHTLHLDRC GLQELGPGLF RGLAALQYLY LQDNALQALP DDTFRDLGNL THLFLHGNRI SSVPERAFRG LHSLDRLLLH QNRVAHVHPH AFRDLGRLMT LYLFANNLSA LPTEALAPLR ALQYLRLNDN PWVCDCRARP LWAWLQKFRG SSSEVPCSLP QRLAGRDLKR LAANDLQGCA HHHHHHH

UniProtKB: Reticulon-4 receptor

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 27.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 7182
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.31) / 使用した粒子像数: 1648
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る