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- EMDB-13093: Immature 60S Ribosomal Subunit from C. thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13093
タイトルImmature 60S Ribosomal Subunit from C. thermophilum
マップデータImmature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Main Map
試料
  • 複合体: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex
    • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 20種
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.52 Å
データ登録者Skalidis I / Kastritis PL
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM and artificial intelligence visualize endogenous protein community members.
著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Grzegorz Chojnowski / Panagiotis L Kastritis /
要旨: Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and ...Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and thioesters of coenzyme-A synthesis. Metabolons are highly heterogeneous due to their function, making their analysis particularly challenging. Here, we simultaneously characterize metabolon-embedded architectures of a 60S pre-ribosome, fatty acid synthase, and pyruvate/oxoglutarate dehydrogenase complex E2 cores de novo. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstructions are resolved at 3.84-4.52 Å resolution by collecting <3,000 micrographs of a single cellular fraction. After combining cryo-EM with artificial intelligence-based atomic modeling and de novo sequence identification methods, at this resolution range, polypeptide hydrogen bonding patterns are discernible. Residing molecular components resemble their purified counterparts from other eukaryotes but also exhibit substantial conformational variation with potential functional implications. Our results propose an integrated tool, boosted by machine learning, that opens doors for structural systems biology spearheaded by cryo-EM characterization of native cell extracts.
履歴
登録2021年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Immature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Main Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5678 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-0.99596155 - 3.4253058
平均 (標準偏差)0.008825258 (±0.18437766)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 401.3568 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.567800781251.567800781251.56780078125
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.357401.357401.357
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.9963.4250.009

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添付データ

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追加マップ: Signature 4 Map

ファイルemd_13093_additional_1.map
注釈Signature 4 Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Immature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Half-Map A

ファイルemd_13093_half_map_1.map
注釈Immature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Half-Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Immature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Half-Map B

ファイルemd_13093_half_map_2.map
注釈Immature 60S Ribosomal Subunit from C.thermophilum, Half-Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex

全体名称: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex
要素
  • 複合体: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex
    • タンパク質・ペプチド: uL13
  • タンパク質・ペプチド: eL21
  • タンパク質・ペプチド: eL13
  • タンパク質・ペプチド: eL15
  • タンパク質・ペプチド: eL18
  • タンパク質・ペプチド: uL15
  • タンパク質・ペプチド: eL36
  • タンパク質・ペプチド: eL32
  • タンパク質・ペプチド: eL20
  • タンパク質・ペプチド: uL22
  • タンパク質・ペプチド: eL8
  • タンパク質・ペプチド: uL29
  • タンパク質・ペプチド: uL6
  • タンパク質・ペプチド: eL6
  • タンパク質・ペプチド: uL5
  • タンパク質・ペプチド: uL18
  • タンパク質・ペプチド: eL14
  • タンパク質・ペプチド: uL30
  • タンパク質・ペプチド: eL33
  • タンパク質・ペプチド: uL24
  • タンパク質・ペプチド: uL4

+
超分子 #1: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex

超分子名称: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 3 MDa

+
分子 #1: uL13

分子名称: uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MSSFESVVVI DGKGHLLGRL ASIVAKQLLS GQKIVVVRCE ALNISGEFFR AKLKYHAYLR KMTRYNPTRG GPFHFRAPSR IFYKAVRGMI PHKTARGAAA LERLKVFEGV PPPYDKKKKM VVPQALRVLR LQPGRKYCTV GRLSHEVGWK YQDVVARLEE RRKAKGAAYY ...文字列:
MSSFESVVVI DGKGHLLGRL ASIVAKQLLS GQKIVVVRCE ALNISGEFFR AKLKYHAYLR KMTRYNPTRG GPFHFRAPSR IFYKAVRGMI PHKTARGAAA LERLKVFEGV PPPYDKKKKM VVPQALRVLR LQPGRKYCTV GRLSHEVGWK YQDVVARLEE RRKAKGAAYY ERKKLAARQL SEAKKAAAAK VDPKVSEALA AYGY

+
分子 #2: eL21

分子名称: eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MGHAAGLRSG TRYAFSRGFR KHGQIPLSTY LRTYRVGDIV DIKVNGAVQK GMPHKFYHGK TGVVYNVTKS AVGVIVYKRV KHRYIEKRIN VRIEHVKPSR SREDFLRRVK ENAELKKKAK AEGVPVQLKR QPAMPREAHT VSIADNKPVT LAPVAYETTI

+
分子 #3: eL13

分子名称: eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MAIKHNQQIP NNHFRKHWQR RVRCHFDQPG KKVTRRLARR AKAAALAPRP VDKLRPIVRC PTVKYNRRTR LGRGFTLEEL KAAGIPRLLA PTIGIAVDHR RKNLSEESLA ANVQRLKDYK ARLILFPRKS NKPKKADTPK DQQTAETTTS LRTSFGVEQP LAPGFTEISK ...文字列:
MAIKHNQQIP NNHFRKHWQR RVRCHFDQPG KKVTRRLARR AKAAALAPRP VDKLRPIVRC PTVKYNRRTR LGRGFTLEEL KAAGIPRLLA PTIGIAVDHR RKNLSEESLA ANVQRLKDYK ARLILFPRKS NKPKKADTPK DQQTAETTTS LRTSFGVEQP LAPGFTEISK SEIPAGIEGG AYRALRKARS DARLVGVREK RAKEKAEAEA NKK

+
分子 #4: eL15

分子名称: eL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MGALKYLEEL SKKKQSDVVR FLLRVRCWEY RQLNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRVRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPTNQGVN QLKYQRSLRA TAEERVGRRC SNLRVLNSYW VNQDSTYKYY EVILVDPNHK AIRRDPRINW ICNPVHKHRE CRGLTSTGKK ...文字列:
MGALKYLEEL SKKKQSDVVR FLLRVRCWEY RQLNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRVRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPTNQGVN QLKYQRSLRA TAEERVGRRC SNLRVLNSYW VNQDSTYKYY EVILVDPNHK AIRRDPRINW ICNPVHKHRE CRGLTSTGKK SRGLNKGHRF NKTRAGRRKT WKRHNTLSLW RYR

+
分子 #5: eL18

分子名称: eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MDLVCAFIGP LFAPGARRLN LEEIAAESSS GIDLRWKHVR SSHRKAPKSD NVYLKLLVKL YRFLARRTEA PFNKVVLRRL FMSRINRPPV SLSRIARNLK NGNEKKTVVV VATVTDDNRL LQVPKMEVAA LRFTAKARAR IEAAGGRTLT LDQLALEKPT GANTLLLRGP ...文字列:
MDLVCAFIGP LFAPGARRLN LEEIAAESSS GIDLRWKHVR SSHRKAPKSD NVYLKLLVKL YRFLARRTEA PFNKVVLRRL FMSRINRPPV SLSRIARNLK NGNEKKTVVV VATVTDDNRL LQVPKMEVAA LRFTAKARAR IEAAGGRTLT LDQLALEKPT GANTLLLRGP KNAREAVKHF GFGPHKHKKP YVRSKGRKFE RARGRRRSRG FKV

+
分子 #6: uL15

分子名称: uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MVRQLTSGRF EREMLTFAAY PVFQDKKAPR PRVRRRVGKH RKHPGGRGMA GGQHHHRTNL DKYHPGYFGK VGMRHFHLLR NHYWRPSINI DKLWSLVPSD VREQYLSGQK KDTAPVIDLL SHGYAKLLGK GRLPEIPVVV RARYVSAEAE RKVKEAGGVV ELVA

+
分子 #7: eL36

分子名称: eL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MSEDATPKAP VERTGLIRGL NKGHKTTRRV LKERPSRRKG AQSKRTQFVR SLIREVAGLA PYERRVIELL RNGKDKRARK FSKKKLGTFG RAKRKCEELQ RIIAESRRAH

+
分子 #8: eL32

分子名称: eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MVAAKKHVPI VKKRTKRFMR HQSDRFKCLD SAWRKPKGID NRVRRRFKGN LAMPSIGYGS NKKTKHMMPS GHKAFLVHNV KDVELLLMHN RTYAAEIAHN VSSRKRIDII TRAKQLGVKV TNAKAKVTTE V

+
分子 #9: eL20

分子名称: eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MGRLQEYQVI GRHLPTEANP NPALYRMRIF APNEVVAKSR FWYFLRGLKK VKKATGEIVS VNVISEKHPL KVKNFGIWLR YDSRSGTHNM YKEYRETSRV AAVEAMYADM AARHRARFRS IHILKVVELE KTEDVKRPYI KQLVAKNLSF PLPHRVPKIS TKKIFSAKRP STFS

+
分子 #10: uL22

分子名称: uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MVRYAATEIA PTKSARARGS YLRVSFKNTR ETAQAINGWK LQRALTFLQN VIDKKEAVPM RRYAGSTGRT AQGKQWGVSR ARWPVKSAQF LIGLLKNAEA NADAKGLDTG NLIIKHIQVN QAPKQRRRTY RAHGRINPYM SNPCHIELIL TEAEETVQKS EAVVRDVESH LSSRQRGVRI RRALTAA

+
分子 #11: eL8

分子名称: eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MPPKSGKKVA PAPFPQGKAG AKKAPKNPLL EKRPRNFGIG QDIQPKRNLS RMVKWPEYIR LQRQKKILRM RLKVPPAIAQ FQYTLDKNLA AQAFKLLNKY RPETKQEKKE RLLREATAIK EGKKKEDVSK KPYTVKYGLN HVVGLIENKK ASLVLIANDV DPIELVVFLP ...文字列:
MPPKSGKKVA PAPFPQGKAG AKKAPKNPLL EKRPRNFGIG QDIQPKRNLS RMVKWPEYIR LQRQKKILRM RLKVPPAIAQ FQYTLDKNLA AQAFKLLNKY RPETKQEKKE RLLREATAIK EGKKKEDVSK KPYTVKYGLN HVVGLIENKK ASLVLIANDV DPIELVVFLP ALCRKMGIPY AIIKGKARLG TLVHKKTAAV VAITEVRSED KNELAKLISA VKEGYLEKVE DTRKRWGGGI MGFKAQKREE KRKKSLETAI KV

+
分子 #12: uL29

分子名称: uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MSSNGKVKAG QLWSKNKEEL TKILGELKTE LSQLRIQKIS SSGAKLNKIH DLRKSIARVL TVINAKQRAQ LRLFYKNKKY LPLDLRPKLT RALRRRLSKE DASRVLEKTK KRLTHFPQRK YAVKAATYSE GPALSIYHSH QREARCSLVQ CCTFEPELRE SLLLLPVAAS ...文字列:
MSSNGKVKAG QLWSKNKEEL TKILGELKTE LSQLRIQKIS SSGAKLNKIH DLRKSIARVL TVINAKQRAQ LRLFYKNKKY LPLDLRPKLT RALRRRLSKE DASRVLEKTK KRLTHFPQRK YAVKAATYSE GPALSIYHSH QREARCSLVQ CCTFEPELRE SLLLLPVAAS LKGPNFTRRE RQHRNPSEAT MSAAEPLKLL ASAGKGKSTR SVLRVAILVL IAGAAVASRL FSVIRFESII HEFDPWFNFR ATKYLVANGF YKFWDWFDDR TWHPLGRVTG GTLYPGLMVT SGVIYHLLRF LTVPVDIRNI CVLLAPGFSG LTAIAAYLLT NEMTTSPSAG LLAAAFMGIA PGYISRSVAG SYDNEAIAIF LLVFTFFLWI KALKQGSMLW GALCALFYGY MVASWGGYAF ITCLLPLHSF VLICMGRYST RLYVAYTTWY ALGTLASMQI PFVGFLPVKT SEHMPALGIF GFLQLLAFLD YVRSTISSRQ FQTFLWLFAG GIFGLGLLGL VIATSAGLIA PWSGRFYSLW DTGYAKIHIP IIASVSEHQP TAWPAFFFDL NMLVWLFPVG VYLCFQQLGD EHVFIIVYAL FGSYFAGVMV RLMLTLTPVV CVAAAIAFSS LLDTYLNLKT PNPGQAQATE DAGKKKSGLK AASKPAVGVY ALWGKTMMIS GLTIYLLLFV LHCTWVTSNA YSSPSVVLAS RLPDGSQHII DDYREAYQWL RQNTREDAKI MSWWDYGYQI GGMADRPTLV DNNTWNNTHI ATVGKAMASR EEVSYPIMRQ HEVDYVLVVF GGLLGYSGDD INKFLWMVRI AEGIWPDEVS ERAFFTPRGE YRVDAEATDT MKNSLMYKMC YYNYNNLFPP GQAVDRMRGV RLPEVGPTLN TLEEAFTSEN WIIRIYKVKD LDNLGRDHAS AAAFERGHKK KKATKKRGPR VLRVE

+
分子 #13: uL6

分子名称: uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MRYIHSEETI PVPENGTFRK FRRNDYTFGR TRGREKKRGT TSSKIGELDI NGLKVSIKSR LVTVEGPRGK LQKDLSHIAV NFSVVKKGVI GLEIHHGSRK DVAALRTVRT IINNMIIGVT KGFKYKMRYV YAHFPINVNV EKNAETGCYE VEIRNFIGEK IVRKVVMAPG ...文字列:
MRYIHSEETI PVPENGTFRK FRRNDYTFGR TRGREKKRGT TSSKIGELDI NGLKVSIKSR LVTVEGPRGK LQKDLSHIAV NFSVVKKGVI GLEIHHGSRK DVAALRTVRT IINNMIIGVT KGFKYKMRYV YAHFPINVNV EKNAETGCYE VEIRNFIGEK IVRKVVMAPG VEVEISKAQK DELILSGNSL EAVSQSAADI QQICKVRNKD IRKFLDGIYV SEKGNIVED

+
分子 #14: eL6

分子名称: eL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MSAAPTTKTF GKGTRTVPAP SEKAQKWYPA EDEAQPKKVR KAVRPWTPRK SLQPGTVLIL LAGRFRGKRV VLLKCLDQGV LLVTGPFKIN GVPLRRVNAR YVIATSVKVD LTGVDQAKID EVAQPKYFTA EKAKEKASEE AFFKQGEKPQ KKPVSSTRAA DQKAIDKALI ...文字列:
MSAAPTTKTF GKGTRTVPAP SEKAQKWYPA EDEAQPKKVR KAVRPWTPRK SLQPGTVLIL LAGRFRGKRV VLLKCLDQGV LLVTGPFKIN GVPLRRVNAR YVIATSVKVD LTGVDQAKID EVAQPKYFTA EKAKEKASEE AFFKQGEKPQ KKPVSSTRAA DQKAIDKALI ANIKKVDMLA SYLASSFSLR KGDKPHLMKF

+
分子 #15: uL5

分子名称: uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MSSEKAQNPM RELRIQKLVL NISVGESGDR LTRAAKVLEQ LSGQTPVYSK ARYTVRQFGI RRNEKIAVHV TVRGPKAEEI LERGLKVKEY ELRRRNFSET GNFGFGISEH IDLGIKYDPS IGIYGMDFYC CMTRPGERVA KRRRCKSRIG ASHRITREET IRWFKQRFDG IVR

+
分子 #16: uL18

分子名称: uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGINH GLTNWAAAYA TGLLLARRVL AKLGLDKTFT GVEEPNGEYT LTEAAETEDG ERRPFKAILD VGLARTSTGA RVFGVMKGAS ...文字列:
MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGINH GLTNWAAAYA TGLLLARRVL AKLGLDKTFT GVEEPNGEYT LTEAAETEDG ERRPFKAILD VGLARTSTGA RVFGVMKGAS DGGIFIPHSE NRFPGYDIET EELDTEVLKK YIYGGHVAEY METLADDDEE RYKSQFVKYI EDDVEADSLE ELYAEAHKQI RADPFRKYVS DAPKKSKEEW KAESLKYKKA KLSREERKAR VEAKIKQLLA EQDE

+
分子 #17: eL14

分子名称: eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MAEINVEATS WRRVEVGRVL KLENGSLAAI VEIIDHKRVL ADGPSSDPKL ATPRGIVPLS RALLTPIVIP KLPRGARTGA VKKAWEAYGV DAKWKETNWA KKQLQQERRQ SLTDFDRFKV MRLKKQRRFE ERKALAKIKA AA

+
分子 #18: uL30

分子名称: uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MSSTTVPTQN DILVPETLLK KRKSQEKARA ERAAALEKRK QANKEKRQVI FKRAEKYVKE YREQEREKIR LARIAKQQGS FHIPAEAKLV FVIRIKGINK IPPKPRKILQ LLRLRQINNG VFVKVTKATA EMIKIVEPWV AYGYPNLKSV RELIYKRGYG KVNGQRIPLT ...文字列:
MSSTTVPTQN DILVPETLLK KRKSQEKARA ERAAALEKRK QANKEKRQVI FKRAEKYVKE YREQEREKIR LARIAKQQGS FHIPAEAKLV FVIRIKGINK IPPKPRKILQ LLRLRQINNG VFVKVTKATA EMIKIVEPWV AYGYPNLKSV RELIYKRGYG KVNGQRIPLT DNAIIEENLG KYGIICIEDL IHEIFTVGPN FKQAANFLWP FKLSNPNGGF RPRKFKHFIE GGDLGNREEH INALIRAMN

+
分子 #19: eL33

分子名称: eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MPSEAGHRLY VKGRHLSYQR GRRNTHPKTS LIKIEGVDDT AAANFYLGKR VAYVYRAQKE VRGTKIRVIW GKITRPHGNS GVVRAKFTHP LPARSFGASV RIMLYPSSI

+
分子 #20: uL24

分子名称: uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MKVRPTVSSS RRKARKAHFS APSSVRRVIM SAPLSKELRE KYNVRSIPIR KGDEVQIVRG AHKDKEGKVT SVYRLKYVIH VERVTREKAT GQTVPIGIHP SNVVITKLHL DKDRENILAR IKAGREQVAK AKGKKTAA

+
分子 #21: uL4

分子名称: uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MASRPTVTVF GADGKPTGAT EVLPKVFSAP IRPDIVKHVH TGMAKNKRQP YAVSEKAGHQ TSAESWGTGR AVARIPRVSG GGTHRAGQGA FGNMCRSGRM FAPTKIWRKW HVKINQGQKR FATASALAAS AVAPLLMARG HQVSTVPEVP LVVDSAAVAG DAVAKTAAAY ...文字列:
MASRPTVTVF GADGKPTGAT EVLPKVFSAP IRPDIVKHVH TGMAKNKRQP YAVSEKAGHQ TSAESWGTGR AVARIPRVSG GGTHRAGQGA FGNMCRSGRM FAPTKIWRKW HVKINQGQKR FATASALAAS AVAPLLMARG HQVSTVPEVP LVVDSAAVAG DAVAKTAAAY KLLKAIGAGP DVEKVKKSKK LRAGKGKMRG RRHRQRRGPL IVYSPEHDGK ELVKGFRNIP GVETCPVDAL NLLQLAPGGH LGRFIVWTSA AIKQLDAVYE SKKGFFLPAN IVSQADLSRL INSTEIQSVL RAPKGEARTK RACVQKKNPL RNKQIMLRLN PYASTFAKEK LGEVKAEEGK PPKVPASFKE LLHEA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: For plunging, blot force 0 and blotting time of 4 sec were applied..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 14.7 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2808 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 276399
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7bgj

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 20279
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 256 / 平均メンバー数/クラス: 1000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 2D Classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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