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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12992 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike subtomogram average from intracelullar viruses | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 spike subtomogram average from intracelullar viruses | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mendonca L / Zhang P | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Correlative multi-scale cryo-imaging unveils SARS-CoV-2 assembly and egress. 著者: Luiza Mendonça / Andrew Howe / James B Gilchrist / Yuewen Sheng / Dapeng Sun / Michael L Knight / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Anna-Sophia Krebs / Long Chen / Julika Radecke / ...著者: Luiza Mendonça / Andrew Howe / James B Gilchrist / Yuewen Sheng / Dapeng Sun / Michael L Knight / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Anna-Sophia Krebs / Long Chen / Julika Radecke / Vivian D Li / Tao Ni / Ilias Kounatidis / Mohamed A Koronfel / Marta Szynkiewicz / Maria Harkiolaki / Marisa L Martin-Fernandez / William James / Peijun Zhang / 要旨: Since the outbreak of the SARS-CoV-2 pandemic, there have been intense structural studies on purified viral components and inactivated viruses. However, structural and ultrastructural evidence on how ...Since the outbreak of the SARS-CoV-2 pandemic, there have been intense structural studies on purified viral components and inactivated viruses. However, structural and ultrastructural evidence on how the SARS-CoV-2 infection progresses in the native cellular context is scarce, and there is a lack of comprehensive knowledge on the SARS-CoV-2 replicative cycle. To correlate cytopathic events induced by SARS-CoV-2 with virus replication processes in frozen-hydrated cells, we established a unique multi-modal, multi-scale cryo-correlative platform to image SARS-CoV-2 infection in Vero cells. This platform combines serial cryoFIB/SEM volume imaging and soft X-ray cryo-tomography with cell lamellae-based cryo-electron tomography (cryoET) and subtomogram averaging. Here we report critical SARS-CoV-2 structural events - e.g. viral RNA transport portals, virus assembly intermediates, virus egress pathway, and native virus spike structures, in the context of whole-cell volumes revealing drastic cytppathic changes. This integrated approach allows a holistic view of SARS-CoV-2 infection, from the whole cell to individual molecules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12992.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12992-v30.xml emd-12992.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12992.png | 51.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12992 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12992_validation.pdf.gz | 285.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12992_full_validation.pdf.gz | 285.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12992_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12992_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12992 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10753 (タイトル: Tilt-series taken from SARS-CoV-2 infected Vero cells. Data size: 52.7 Data #1: Tilt-series taken on the periphery of SARS-CoV-2 infected Vero cells [tilt series] Data #2: Tilt-series taken on cryolamella of SARS-CoV-2 infected Vero cells [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 spike subtomogram average from intracelullar viruses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 4% parafolmaldehyde in phosphate buffered saline |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity / 使用したサブトモグラム数: 856 |
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抽出 | トモグラム数: 2 / 使用した粒子像数: 856 |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.5.3.03) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |