[日本語] English
万見
- EMDB-1299: Electron cryomicroscopy comparison of the architectures of the en... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1299
タイトルElectron cryomicroscopy comparison of the architectures of the enveloped bacteriophages phi6 and phi8.
マップデータEM density map of phi8 virion.
試料
  • 試料: Bacteriophage Phi8 virion
  • ウイルス: Phi8 virion
生物種Phi8 virion
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Jaalinoja HT / Huiskonen JT / Butcher SJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Electron cryomicroscopy comparison of the architectures of the enveloped bacteriophages phi6 and phi8.
著者: Harri T Jäälinoja / Juha T Huiskonen / Sarah J Butcher /
要旨: The enveloped dsRNA bacteriophages phi6 and phi8 are the two most distantly related members of the Cystoviridae family. Their structure and function are similar to that of the Reoviridae but their ...The enveloped dsRNA bacteriophages phi6 and phi8 are the two most distantly related members of the Cystoviridae family. Their structure and function are similar to that of the Reoviridae but their assembly can be conveniently studied in vitro. Electron cryomicroscopy and three-dimensional icosahedral reconstruction were used to determine the structures of the phi6 virion (14 A resolution), phi8 virion (18 A resolution), and phi8 core (8.5 A resolution). Spikes protrude 2 nm from the membrane bilayer in phi6 and 7 nm in phi8. In the phi6 nucleocapsid, 600 copies of P8 and 72 copies of P4 interact with the membrane, whereas in phi8 it is only P4 and 60 copies of a minor protein. The major polymerase complex protein P1 forms a dodecahedral shell from 60 asymmetric dimers in both viruses, but the alpha-helical fold has apparently diverged. These structural differences reflect the different host ranges and entry and assembly mechanisms of the two viruses.
履歴
登録2006年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年11月27日-
マップ公開2007年3月19日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6820.364485981
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6820.364485981
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1299.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈EM density map of phi8 virion.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル1: 9270.0 / ムービー #1: 6820.364486
最小 - 最大-26260.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)212.661000000000001 (±4534.319999999999709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ381381381
Spacing381381381
セルA=B=C: 1066.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z381381381
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1066.8001066.8001066.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS381381381
D min/max/mean-26260.00032443.000212.661

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Bacteriophage Phi8 virion

全体名称: Bacteriophage Phi8 virion
要素
  • 試料: Bacteriophage Phi8 virion
  • ウイルス: Phi8 virion

-
超分子 #1000: Bacteriophage Phi8 virion

超分子名称: Bacteriophage Phi8 virion / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: complete virion / Number unique components: 1

-
超分子 #1: Phi8 virion

超分子名称: Phi8 virion / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Cystovirus Phi8 virion / 生物種: Phi8 virion / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Cystovirus Phi8 virion
宿主生物種: Pseudomonads syringae / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Polymerase complex / 直径: 500 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液詳細: 10mM potassium phosphate pH 7.5, 1 mM MgCl2, 20 mM NaCl
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, Quantifoil R2/2 holey
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: EMBL design
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 94 K / 平均: 93 K
詳細Low Dose Conditions
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 60 / 詳細: Final sampling 2.8 ?? / pixel / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49300 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each particle, wiener factor 0.2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: pft2, em3dr2, POR, P3DR / 使用した粒子像数: 992

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る