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- EMDB-12959: Cryo-tomogram of the K5/K14 keratin network in a keratinocyte gho... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12959
タイトルCryo-tomogram of the K5/K14 keratin network in a keratinocyte ghost cell
マップデータCryo-tomogram of the K5/K14 keratin network in a keratinocyte ghost cell.
試料
  • 細胞: Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Weber MS / Eibauer M / Medalia O
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A, 179418 スイス
University of ZurichFK-18-041 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural heterogeneity of cellular K5/K14 filaments as revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Miriam S Weber / Matthias Eibauer / Suganya Sivagurunathan / Thomas M Magin / Robert D Goldman / Ohad Medalia /
要旨: Keratin intermediate filaments are an essential and major component of the cytoskeleton in epithelial cells. They form a stable yet dynamic filamentous network extending from the nucleus to the cell ...Keratin intermediate filaments are an essential and major component of the cytoskeleton in epithelial cells. They form a stable yet dynamic filamentous network extending from the nucleus to the cell periphery, which provides resistance to mechanical stresses. Mutations in keratin genes are related to a variety of epithelial tissue diseases. Despite their importance, the molecular structure of keratin filaments remains largely unknown. In this study, we analyzed the structure of keratin 5/keratin 14 filaments within ghost mouse keratinocytes by cryo-electron microscopy and cryo-electron tomography. By averaging a large number of keratin segments, we have gained insights into the helical architecture of the filaments. Two-dimensional classification revealed profound variations in the diameter of keratin filaments and their subunit organization. Computational reconstitution of filaments of substantial length uncovered a high degree of internal heterogeneity along single filaments, which can contain regions of helical symmetry, regions with less symmetry and regions with significant diameter fluctuations. Cross-section views of filaments revealed that keratins form hollow cylinders consisting of multiple protofilaments, with an electron dense core located in the center of the filament. These findings shed light on the complex and remarkable heterogenic architecture of keratin filaments, suggesting that they are highly flexible, dynamic cytoskeletal structures.
履歴
登録2021年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_12959.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 318.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-tomogram of the K5/K14 keratin network in a keratinocyte ghost cell.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.00289 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 126.0
平均 (標準偏差)-89.95236 (±6.2312665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ928960375
Spacing960928375
セルA: 6722.7695 Å / B: 6498.6772 Å / C: 2626.0818 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z7.00288541666677.00288469827597.0028853333333
M x/y/z960928375
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6722.7706498.6772626.082
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS960928375
D min/max/mean-128.000126.000-89.952

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell

全体名称: Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell
要素
  • 細胞: Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell

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超分子 #1: Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell

超分子名称: Keratin network in a detergent permeabilized K5/K14_1 cell
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Skin / 組織: Epidermis

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: Cells were grown on grids overnight at 32 degree and 5% CO2 and permeabilized and plunge frozen on the next day.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion, Netherlands / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 2.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 28571
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.10.51) / 使用した粒子像数: 41
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.10.51)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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